Fonematická fonologie, o níž jsme dosud mluvili, pokládá za nejmenší zvukovou jednotku jazyka foném. Při zkoumání vztahů ve fonologickém systému však operuje s vlastnostmi fonémů, tj. všímá si i prvků, jejichž simultánní realizací foném vzniká.
Při artikulaci vytváří mluvčí určitou konfiguraci fonologicky relevantních vlastností (úrovázených i vlastnostmi irelevantními) a při percepci tuto konfiguraci chápeme jako určitý foném. Znění realizace je např. výsledkem labiální okluze doplněné zněním hlasu a nazálností (relevantní rysy), navíc je tu jisté napětí svalů, způsob pohybu rtů aj.: tyto simultánně přítomné relevantní rysy interpretuje příslušník našeho jazyka jako /m/; jiný zvuk je vokalický, jeho znění je dáno nízkou vertikální polohou jazyka a je krátký : interpretujeme jej jako /a/ atd.
Část fonologicky relevantních rysů je společná pro řetězec fonémů (ve slově /středa/ místo tvoření a neznělost celé skupiny /stř/), jiné se v průběhu realizace mění (v uvedené skupině /stř/ se mění způsob tvoření). Řečový signál vnímáme vlastně jako proud relevantních složek schopných distinkce a registrujeme jejich přítomnost - nepřítomnost (realizaci - nerealizaci) v jednotlivých časových průřezech.
Subfonematická fonologie (termín volíme podle J. Horeckého, 1978) pokládá za minimální zvukovou jednotku jazyka právě tyto fonologicky relevantní rysy. Vzhledem k tomu, že mají schopnost odlišovat členy opozice, užívá se pro ně termín distinktivní rysy (distinktivní příznaky) fonémů. Podle toho se i celý směr fonologických bádání označuje jako teorie distinktivních rysů. I v tomto pojetí fonologie založené na interpretaci distinktivních příznaků se užívá termínu foném. Foném je tu zkráceným názvem pro určitou konfiguraci distinktivních příznaků sloužících rozlišení významu.
Další výklady o fonologii, různých pojetích problému a fonologických školách, které se ve světové lingvistice rozvinuly, jsou předmětem samostatného kurzu obecné fonologie.