kvadry<-read.delim("clipboard",header = T)    # Načtení dat z clipboardu (po použití Ctrl-C), ale načte to v nevhodném formátu, je nutná ještě nějaká úprava

head(kvadry)                                  # Zobrazení prvních 6 řádků dat s hlavičkou
names(kvadry)                                 # Zobrazení názvů proměnných

data(package="psych")                         # Výpis datových souborů v knihovně "psych"

install.packages("psych")
library(psych)      # Aktivace knihovny "psych"
data(bfi)           # Načtení datového soubory bfi

rm(bfi)             # Vyhození datového souboru bfi (pouze z pracovní plochy)

install.packages("readxl")        # Instalace knihovny načítající Excel
library(readxl)                     # Aktivace knihovny

kvadry.xls<-as.data.frame(read_excel("Kvadry.FA.xlsx",range="A1:O101"))   # Načtení z aktivního listu Excelu

getwd()             # Vypsání aktivního pracovního adresáře
setwd()             # Nastavení aktivního pracovního adresáře

head(kvadry)

cor(kvadry.xls)

kvadry[1,5]
kvadry[,5]
kvadry[4,]

class(kvadry[4])
typeof(kvadry[4])

pca.kvadry<-princomp(na.omit(kvadry.xls[,5:15]),cor=T)   # Analýza hlavních komponent sloupců 5-15, výsledek uložen do objektu pca.kvadry
plot(pca.kvadry,type="lines")
fa.parallel(kvadry.xls[,5:15],n.obs=100)

?fa.parallel   # Vyhledání nápovědy v R
??fa.parallel  # Vyhledání nápovědy na webu

summary(pca.kvadry)
loadings(pca.kvadry)

library(GPArotation)

pca.kvadry.rot<-principal(kvadry.xls[,5:15],nfactors=3,rotate="varimax")
summary(pca.kvadry.rot)
loadings(pca.kvadry.rot)

head(bfi)
cor(na.omit(bfi[,1:25]))

bfidat<-na.omit(bfi[,1:25])

fa.parallel(bfidat,n.obs=2436)
bfi.pca<-princomp(bfidat)

bfi.pca.rot<-principal(bfidat,nfactors=5,rotate="varimax")
loadings(bfi.pca.rot)

?loadings
?cutoff

print(loadings(bfi.pca.rot),digits=3,cutoff=0)

##############################################
# Sezení 24. 5. 2021 - ukázka konfirmační FA #
##############################################

library(psych)    # Načtení knihovny psych obsahující data bfi
data(bfi)           # Načtení datového souboru bfi

bfi.dat<-as.data.frame(bfi)   # Načtení dat bfi do objektu bfi.dat

install.packages("lavaan")    # Instalace knihovny lavaan - LAtent VAriable ANalysis
library(lavaan)               # Aktivace knihovny lavaan

bfi.model <- '
agree =~ A1 + A2 + A3 + A4 + A5
consc =~ C1 + C2 + C3 + C4 + C5
extra =~ E1 + E2 + E3 + E4 + E5
neuro =~ N1 + N2 + N3 + N4 + N5
opene =~ O1 + O2 + O3 + O4 + O5
'

bfi.model

bfi.cfa <- cfa(bfi.model, data=bfi.dat[,1:25])    # Spuštění konfirmační analýzy

summary(bfi.cfa)      # Souhrn výsledků

summary(bfi.cfa, fit.measures = T, standardized = T)    # Podrobnější souhrn výsledků - statistiky fitu (shody) a standardizované řešení

# Test statistic                              4165.467
# Degrees of freedom                               265
# P-value (Chi-square)                           0.000

?modificationIndices

modindices(bfi.cfa)

# 119 extra =~  N4 200.790  0.487   0.448    0.285    0.285

bfi.model2 <- '
agree =~ A1 + A2 + A3 + A4 + A5
consc =~ C1 + C2 + C3 + C4 + C5
extra =~ E1 + E2 + E3 + E4 + E5 + N4
neuro =~ N1 + N2 + N3 + N4 + N5
opene =~ O1 + O2 + O3 + O4 + O5
'

bfi.cfa2 <- cfa(bfi.model2, data=bfi.dat[,1:25])    # Spuštění konfirmační analýzy s modifikovaným modelem
summary(bfi.cfa2)      # Souhrn výsledků pro modifikovaný model

# Test statistic                              3955.489
# Degrees of freedom                               264
# P-value (Chi-square)                           0.000

4165.467-3955.489