Jak se hledají geny?

                                     Hledání genů u prokaryot

•             ORF (otevřené čtecí rámce)

–        start kodon je následován nejméně 60 AK, poté stop kodon

–        homologie se známými ORF



•             Signální sekvence

–        Transkripce - konsensus promotorové a terminační sekvence

–        Translace - vazebné místo na ribozóm: Shine-Dalgarnova

                       sekvence



•             Rozdíly v obsahu bazí mezi kódující a nekódující sekvencemi DNA - obsah GC, tzv.
codon bias

                             Geny prokaryot jsou uspořádány do operonů

                                       Komplikace u eukaryot

•          Složené geny (split genes)

- introny a exony,

- obratlovci - délka genu 30kb/1-2kb je kódující

- např. gen pro dystrophin 2.4 Mb, desítky exonů, introny až 32kb

•          Velké genomy - u rostlin až 110 000 Mb (Fritillaria assyriaca)

•          Většina DNA je nekódující

- introny, regulační oblasti, “junk” DNA

- asi 1.5% kódující (člověk)

•          Složitá regulace genové exprese (modifikace chromatinu, metylace DNA, RNAi, alternativní
sestřih)

•          Regulační sekvence mohou být daleko od start kodonu







                                  Geny v genech a jiné podivnosti









                                     Evoluce genovou duplikací

             Genová duplikace: pseudogenizace, neofunkcionalizace, subfunkcionalizace



                                Vznik nového genu na příkladu AFGP