1. Retroelementy a retrotranspozice
2. Základní typy retroelementů
3. DNA transposony
4. Chromosomální distribuce transposonů
5. Funkce transposonů
6. Transposony užitečné pro hostitele: Domestikace TE
7. Explosivní amplifikace transposonů v evoluci savců
8. Tandemové repetice
9. Promiskuitní DNA

                  Podstatnou část genomů tvoří opakující se úseky DNA (repetice)





                                           RETROELEMENTY
                                        A RETROTRANSPOZICE

                                      Co jsou retroelementy?

•             Retroelementy = sekvence DNA nebo RNA obsahující gen pro enzym reverzní transkriptázu
(katalyzuje přepis RNA do DNA).

     Širší definice zahrnuje veškeré sekvence vzniklé reverzní transkripcí RNA do DNA.

     Po genomech se  šíří procesem retropozice.



•             Retropozice = přesun genetického materiálu z jednoho místa v genomu do místa jiného
prostřednictvím RNA intermediátu. Má vždy duplikativní charakter.

                            Životní cyklus retrotransposonů a retrovirů

                                       Reverzní transkripce

                                    ZÁKLADNÍ TYPY RETROELEMENTŮ

                                     Retroviry - obecné schéma

                                 Retrotranspozony - obecné schéma

                                            Retropozony
                                   (polyA, nonLTR retroelementy)





                            Retrony - primitivní retroelementy bakterií













                               CHROMOSOMÁLNÍ DISTRIBUCE TRANSPOSONŮ



- výskyt na všech chromozomech (hybridizace in situ)

- místa s vyšší koncentrací retroelementů i bez retroelementů

- retroelementy v heterochromatinu i euchromatinu, hřbitovy RE (targeting nebo selekce?)

- sex chromozomy - akumulace na chromozomu Y:

  u D. miranda, Cannabis sativa, Marchantia polymorpha, Silene latifolia





                                        FUNKCE TRANSPOSONŮ





hypotézy:  parazité x významný činitel v evoluci





                          Aktivace transposonů stresem je běžná u rostlin