Interakce makromolekul s ligandy


Separace vázaného a volného ligandu


-         rovnovážná dialýza


-         GPC


-         Centrifugace





Analýza vazby bez separace


-         spektrální metody


-         piezzoelektrické stanovení komplexu


-         jiné specifické metody










Rovnocenná nezávislá vazná místa – Scatchard



M[f] + L[f]                  ML = L[b]


K[as] = [L[b]] / [M[f]] . [L[f]]  =   [L[b]] / [M[t]](n-n) . [L[f]]


K[as] = [L[b]] / [M[t]](n-n) . [L[f]]                  [L[b]] / [M[t]] = n


K[as] . (n-n)  =  n / [L[f]]             K[as] . n - K[as] . n  =  n / [L[f]]






                                                              n / [L[f]]             K[as] .
n
                                                                                            n  =
0
o                                                         n / [L[f]]  =  K[as] .
n                                                  x
o
                                  x                                                         n /
[L[f]] =  0                                                                           o         -
K[as]                            n   =
n                                                                       x

                    x
o

x

x
                                           x                      o

x       x

x


          n     n

























Kooperující vazná místa – Hill




            M[f] + m.L[f]              ML = L[b]



            K[H] = [L[b]] / [L[f]]^m . [M[f]]  =  [L[b]] / [L[f]]^m . (n - n) . [M]  =  n / (n - n)
. [L[f]]^m


            K[H ]. (n - n) =  n / [L[f]]^m


            K[H] . [L[f]]^m =  n / (n - n)            log K[H] + m.log [L[f]]  =  log  (n / (n -
n))




                                              n[L[f]]

                                                       log  (n / (n -
n))


m=0,5



                      m=1 (Scatchard)



m
m=4
                                                                  }log
K[H]

                                   n
                  log [L[f]]






















NNEM (nearest neighbour exclusion model)



Typické pro interkalaci ligandů do šroubovice DNA



                                                                        L

L




N[0]=2                     L                           N[0] =
3


     L


                              L




n[0]/[L[f]] = K[0].(1-N[0] n[0]).[ (1-N[0] n[0])/ (1-(N[0] – 1) n[0]]^N[0]^-1


pro n[0]          0  n[0]/[L[f]] = K[0]


pro n[0]/[L[f]]            0    n[0] = 1/N[0]



K[0] – vazebná konstanta pro isolované vazné místo


n[0] = c vázaného ligandu / c párů bazí


N[0] = rozsah vyloučení, minimální počet párů bazí mezi ligandy






n[0]/[L[f]]

















                                                                         0,33
0,5                         1
n[0]                                                                               n[0] =
1/N[0]