Úkol 1 Jakými aminokyselinami jsou tvořené následující peptidy? a) User-defined peptide image b) User-defined peptide image c) User-defined peptide image Úkol 2 Jakou jednopísmennou a třípísmennou zkratkou se označují následující aminokyseliny? Selenocystein Glutamin Pyrrolysin Asparagin Valin Úkol 3 Odhadněte, který peptid bude mít nejvyšší extinkční koeficient. a) CMKLSYPFEE YSQRQNGTMW VVKDHATIFN b) WWSWLWMVFP WYEWCFWRNK HGAW c) VCLVQPEKWA ESGFVSATLL DENMSIKQTG HIWRNGLYDA Úkol 4 Predikujte extinkční koeficient u peptidů z předcházejícího úkolu. Úkol 5 Molekulová hmotnost následujícího proteinu byla experimentálně určena na 64,5 kDa. Porovnejte tuto hodnotu s teoretickou molekulovou hmotností a vysvětlete případné nesrovnalosti. SFWGWATIKL SYFGNAYRQL LGGFSLKMKL YVEGKKNIFF QYRRAAAVIL KTIDPDVAHL SIFFCPGLKK EIQEPVAVLA SHGEAALAGA GASCTVDVIV KLLASNPSCQ EVLGDIEKEA SRGSNEEVTI LPSNPVYDDD IMTHSERNTR LTDGKVQMNK VPTVFTKGQF IGMDARTVAT QVRDLAIRKG GASARTLREL DLTQMVTRDV FSSDWIPELH NDNFRENQCS LLKAHIGPRY NVFMLLETGA ALRPRSEPLH QPEKEALQSA PPRYIYSGQI GIDYELVHIV SDKEENGTLM Úkol 6 Jaká je funkce předcházejícího proteinu? Úkol 7 Který z těchto bakteriálních proteinů je membránový? a) DPIALTAAVGADLLGDGRPETLWLGIGTLLMLIGTFYFIVKGWGVTDKEAREYYSITILVPGIASAAYLSMFFGIGLTEVQVGSEMLDIYYARYADWLF TTPLLLLDLALLAKVDRVSIGTLVGVDALMIVTGLVGALSHTPLARYTWWLFSTICMIVVLYFLATSLRAAAKERGPEVASTFNTLTALVLVLWTAYPI LWIIGTEGAGVVGLGIETLLFMVLDVTAKVGFGFILLRSRAILGDTEAPEPSAGAEASAAD b) KLAVYSTKQYDKKYLQQVNESFGFELEFFDFLLTEKTAKTANGCEAVCIFVNDDGSRPVLEELKKHGVKYIALRCAGFNNVDLDAAKELGLKVVRVPAY DPEAVAEHAIGMMMTLNRRIHRAYQRTRDANFSLEGLTGFTMYGKTAGVIGTGKIGVAMLHILKGFGMRLLAFDPYPSAAALELGVEYVDLPTLFSESD VISLHCPLTPENYHLLNEAAFDQMKNGVMIVNTSRGALIDSQAAIEALKNQKIGSLGMDVYENERDLFFEDKSNDVIQDDVFRRLSACHNVLFTGHQAF LTAEALTSISQTTLQNLSNLEKGETCPNELV Úkol 8 Pochází protein b) z předcházejícího úkolu z grampozitivní nebo gramnegativní bakterie? Jaký je základní rozdíl mezi těmito typy bakterií? Úkol 9 Očekávali byste u předcházejících proteinů možnou přítomnost posttranslačních modifikací? Může u prokaryot vůbec docházet k posttranslačním modifikacím? Může u prokaryot docházet ke glykosylaci proteinů (naprosto běžná PTM u eukaryot)? Svůj názor podpořte odbornou literaturou. Úkol 10 Jaká jsou funkce sacharidů v organismu? Mohou sacharidy fungovat jako informační molekuly? Úkol 11 Identifikujte proteiny kódované následujícími sekvencemi DNA. Proteiny porovnejte. a) atggatggcctggcgtttatgttttttaccgatcagtatgaacgcatgggcattctgagcggcctgctgaccgaaaaacgcctgggcgcgcagccggaa gatccgaacattgcggcggatccgctgaaagtgtttggcgaacgccattataccgaagcgcgccatctgcgcagctggggccgcaacgcgcgcgatgaa gataccaccgcgcagaaaggcattaaagcgccgctgccgtgcccgtggggcgatcatgtgtataacaaatttattaaagtgaaacagagcagcggctgc aacagcattgcgaaccaggtgaaagcgtttcaggaactggtgctggatatgagcagcgaaagcattggcgtgatggcgaccggcgaaagcctggaagtg ccgattcgcaccaccgcgaaatatgtgaacctgctgagcattgtgctggtgattctgtga b) tcacagaatcaccagcacaatgctcagcaggttcacatatttcgcggtggtgcgaatcggcacttccaggctttcgccggtcgccatcacgccaatgct ttcgctgctcatatccagcaccagttcctgaaacgctttcacctggttcgcaatgctgttgcagccgctgctctgtttcactttaataaatttgttata cacatgatcgccccacgggcacggcagcggcgctttaatgcctttctgcgcggtggtatcttcatcgcgcgcgttgcggccccagctgcgcagatggcg cgcttcggtataatggcgttcgccaaacactttcagcggatccgccgcaatgttcggatcttccggctgcgcgcccaggcgtttttcggtcagcaggcc gctcagaatgcccatgcgttcatactgatcggtaaaaaacataaacgccaggccatccat Úkol 12 Následující proteinové sekvence jsou z člověka (a) a z krysy (b). Mělo by se jednat o protein se stejnou funkcí. Určete, o který protein se jedná, a proveďte alignment. a) MADNFSLHDALSGSGNPNPQGWPGAWGNQPAGAGGYPGASYPGAYPGQAPPGAYPGQAPPGAYPGAPGAY PGAPAPGVYPGPPSGPGAYPSSGQPSATGAYPATGPYGAPAGPLIVPYNLPLPGGVVPRMLITILGTVKP NANRIALDFQRGNDVAFHFNPRFNENNRRVIVCNTKLDNNWGREERQSVFPFESGKPFKIQVLVEPDHFK VAVNDAHLLQYNHRVKKLNEISKLGISGDIDLTSASYTMI b) MADGFSLNDALAGSGNPNPRGWPGAWGNQPGAGGYPGASYPGAYPGQAPPGGYPGQAPPSAYPGPTGPSA YPGPTAPGAYPGPTAPGAFPGQPGGPGAYPSAPGAYPSAPGAYPATGPFGAPTGPLTVPYDMPLPGGVMP RMLITIIGTVKPNANSITLNFKKGNDIAFHFNPRFNENNRRVIVCNTKQDNNWGREERQSAFPFESGKPF KIQVLVEADHFKVAVNDVHLLQYNHRMKNLREISQLGIIGDITLTSASHAMI Úkol 13 Je lepší alignment na proteinové nebo na genové úrovni? Úkol 14 Jaké znáte nástroje (programy) pro predikci sekundární, terciární a kvarterní struktury proteinů? Která z nich se predikuje nejhůře? Úkol 15 Může záměna jedné aminokyseliny výrazně ovlivnit funkci proteinu? Úkol 16 Jak je možné predikovat funkci proteinu, který nemá žádné (ani vzdálené) homology? Úkol 17 Jaký je význam disulfidických můstků pro strukturu proteinu? Lze je predikovat? Tvoří se disulfidické můstky v prokaryotách? Úkol 18 Jak univerzální je ve skutečnosti genetický kód? Co jsou to alternativní iniciační kodony? Co jsou vzácné kodony? Úkol 19 Identifikujte v následující sekvenci DNA restrikční místa. TACAAAGGAATGAAATTTAACCAATAGTTTACATATAGAAGCATTGTCTCTGAGCTTTAATATCACACTGGATTTTGCAGTTAAATCCTTTTAAAAATC TAGGTTACCATATTTAAATAATATATATTTTCTTCGTTAGATTACTGGGTTTTAAGTTCATCAATTCATAATAAGACTTTTATTTAAAGGGTCACATGC TTGTGACTCCACACAAGATTAAGGTGTTGGATTGCTCTCACAAGAACTCTATGTGGATTACAAAATAAGTTAATGGGTAAATAAAATGGGCCATAATGG CAAAAGAAATGATCTTTAAAAAGCAAGTTACATAAAAGCAAGAAGAGCTGAAGCTGTACCACAGAGCTCATCGTGAGCTGAGAGATTGGAGGAGTTCTG GAGCGCAGCCTGAGAAGGAAGGAGCACCCTTCCAAACCGACTGGAAAAAAAATTCTGGGAAATCTGCATGCAAATACAGTTCCTGGAAAGCTTGTCCCT CGCTGTTCTCAACTGAAAATTCAGACTTGGCCTCGTGTTGGTGAGCACAGGCTGAAATTTCTTCCCCATATTACCAGGAGGAGGTTTGGATGCCGGCAA TGCGCACTCCTCAGGCAGGTGTGTGTGGTGAACGCCATCCTCCGACCAGTTTGCTCTCTGCCCCACTGCCTGCTTTTCCTTCAGTTAAACGGCAGGGAT GGCAGCTCCCTCTCAAGCCACCGTGTGCCTGGGCACCTTCAAGGACAGGGATTGCTGATGGGAAAAGGGGGA Úkol 20 Pro protein s pdb kódem 2VNV najděte strukturní homology.