Okruhy otázek předmětu Metagenomika

-          Využití Metagenomiky

-          Co je předmětem studia Metagenomiky

-          Rozdíl mezi cíleným a celometagenomovým sekvenováním

-          K čemu lze využít NGS

-          Dostupné technologie NGS

-          Rozdíl mezi Sangerovým sekvenováním a NGS

-          Rozdíl mezi druhou a třetí generací sekvenování

-          Princip pyrosekvenování 454, zkrácený workflow

-          Podrobný princip sekvenování na přístrojích Illumina (vznik klastrů, vysvětlit co je
můstková amplifikace, jak se připojují nukleotidy, co je to base space atd.), jaké přístroje jsou
na trhu

-          Princip Ion Torrent, zkrácený workflow

-          Srovnání platforem - výhody, nevýhody

-          Vyjmenování dostupných platforem 3. generace, zkrácený princip, v čem jsou lepší než 2.
generace a k čemu je lze využít

-          Důležité kroky při odběru vzorků (půda, voda, biologické vzorky)

-          Možné přístupy izolace DNA a cíle izolace DNA

-          Faktory ovlivňující výsledek sekvenace genu pro 16S rRNA

-          Výhody sekvenace genu pro 16S rRNA

-          Strategie přípravy amplikonů

-          Příprava knihoven pro celometagenomové sekvenování – rozdíl mezi enzymatickou a
mechanickou fragmentací, výhody x nevýhody

-          Cíleně obohacené knihovny – multiplexová PCR a obohacení pomocí sond – krátce principy a
na co je který přístup vhodný

-          NGS formáty – názvy, k čemu slouží quality score

-          Analýza dat – workflow, proč se který krok dělá, k čemu slouží

-          Výstupy z analýzy dat (alfa a beta diverzita, OTU tabulka, grafy se složením mikrobiomu,
shluková analýza, korelace)

-          Databáze 16S rRNA genu

-          Nástroje na analýzu metagenomických dat

-          Vysvětlení alfa a beta diverzity

-          Indexy diverzity

-          Metagenomika eukaryot a virom – proč je to problematičtější, jak se může postupovat?

-          Transkriptomika – jak lze postupovat při přípravě knihovny