Biologický Small-Angle X-ray Scattering
v
CF RTG difrakce a bioSAXS,
CEITEC-MU, Brno
Tomáš Klumpler
5A 40A
5A 40A
5A 40A
Ab initio
10% 90%
oligomeric state in solution/hierarchical structures
missing fragments
Ab initio: multi-phase
rigid body modeling
flexible systems
Porod volume
Q =
0
∫
8
q
2
I (q) dq = 2π2
Δρ
2
V
22
I (0) = (Δρ V)
2
V= 2π222 I (0)
Q
Pair distribution function
∫I (q) = 4π
Dmax
0
p(r)
r
2π
dr p(r) =
2
2
0
∫
8
sin (qr)
qr
q
2
I (q)
sin (qr)
qr
dq
q
SAXS modelování tvaru
multi-phase program MONSA
RNA
protein 1
protein 2
UAACAGGGAUUUGGGGAAU
34AA LINKER
#1
#2
60% seq. id.
70% seq. id.
RIGID BODY modeling
programy SASREF, BUNCH, CORAL,...
Flexibilní systémy
program EOM
Flexibilní systémy
program EOM
Flexibilní systémy
program EOM
Ab initio
10% 90%
oligomeric state in solution/hierarchical structures
missing fragments
Ab initio: multi-phase
rigid body modeling
flexible systems
bioSAXS - shrnutí
pokud máme kvalitní data:
1. model independent: - obecné strukturní parametry: Rg, Dmax, Vporod
- stav proteinu: agregace, folding/flexibilita
- ab initio rekonstrukce tvaru
2. model dependent: - validace RTG / NMR struktur
- oligomerní stavy / hierarchické struktury
- kvartérní struktura komplexů
- doplnění chybějících částí v RTG strukturách
- studium flexibilních systémů