Sylabus praktických cvičení k předmětu

                           „Speciální metody analýzy mikroorganismů I.“

     Charakteristika bakterií z izolovaných kolonií metodou PCR a sekvenováním

Cvičení č. 1:

a)      Příprava bakteriálních lyzátů z kultur čeledi Pasteurellaceae (Pasteurella, Mannheimia,
Actinobacillus, Moraxella)

b)      Amplifikace tří specifických genů

Cvičení č. 2:

a)      Elektroforéza výsledku, purifikace PCR produktů

Cvičení č. 3:

a)      Elektroforéza po purifikaci, kvantifikace a příprava vzorku pro odeslání k sekvenování

b)      Počítačová analýza výsledku sekvenování

     Izolace bakteriální DNA z tekuté kultury, charakteristika izolátu

Cvičení č. 4:

a)      Izolace genomové DNA z bakteriální kultury Escherichia coli

b)      Stanovení koncentrace a čistoty DNA spektrofotometricky

     Detekce bakteriální DNA v biologickém materiálu

Cvičení č. 5:

a)      Izolace genomové DNA ze vzorku s obsahem Chlamydia trachomatis

b)      Orientační stanovení koncentrace a čistoty DNA spektrofotometricky

c)       Polymerázová řetězová reakce systémem end-point

Cvičení č. 6:

a)      Vyhodnocení cvičení č. 4 elektroforézou

b)      Real-time PCR pro Chlamydia trachomatis

       Izolace DNA z kvasinek, PCR a štěpení PCR produktu (Rotková)

1.       Izolace DNA z kvasinek (fenol)

2.       Kontrola DNA elektroforeticky, měření koncentrace DNA (Nanodrop)

3.       PCR ITS regionu

4.       Elektroforéza PCR produktů

5.       Štěpení PCR produktu enzymem HaeIII

6.       Elektroforéza štěpení

Bakterie – Bartoš, Rotková; Kvasinky – Rotková

21. února: kvasinky cvičení 1

28. února: kvasinky cvičení 2+3

7. března: kvasinky cvičení 4

21. března: kvasinky cvičení 5

28. března: kvasinky cvičení 6

4. dubna: bakterie cvičení 1

11. dubna: bakterie cvičení 2

18. dubna: bakterie cvičení 3

25. dubna: bakterie cvičení 4

2. května: bakterie cvičení 5

9. května: bakterie cvičení 6

16. května – odevzdání protokolů