Metagenomika - Metatranskriptomika
Petra Vídeňská, Ph.D.


Metatranskriptomika
•Zkoumá odpověď mikroorganismů na změny prostředí •Sleduje se genová exprese = aktivita
mikroorganismů
•

Metatranskriptomika
•Diverzita exprimovaných genů
•Abundance exprimovaných genů – nejvíce exprimované geny – nejpotřebnější metabolické dráhy v daném
prostředí (genová exprese je velice rozdílná (foldy), nutná velká prosekvenovanost) •Rozdíl v
expresi při různých podmínkách (hledání biomarkerů)

Jak šel čas
•Příprava cDNA knihoven pomocí klonování, Sangerovo sekvenování
•Microarraye
•RNA-seq
⚡Presentation "Advancing Science with DNA Sequence Metatranscriptomics: Challenges and Progress
Shaomei He and Edward Kirton DOE Joint Genome Institute AUG." - Mozilla Firefox

Metatranskriptomika
•Kódující - mRNA
•Nekódující - rRNA, tRNA, regulační RNA…
⚡Presentation "Advancing Science with DNA Sequence Metatranscriptomics: Challenges and Progress
Shaomei He and Edward Kirton DOE Joint Genome Institute AUG." - Mozilla Firefox

Metatranskritpomika - problémy
•Málo RNA ve vzorcích
•Nestabilita RNA – rozkládá se v minutách
•mRNA tvoří pouze 1-5%, zbytek většinou rRNA
•
•

Postup
•Nejčastěji se používají Ribo-Zero magnetické kuličky •Odstraní se bakteriální rRNA a následně
eukaryontní rRNA (záleží na vzorku)
•

Efektivita odstranění rRNA
⚡Presentation "Advancing Science with DNA Sequence Metatranscriptomics: Challenges and Progress
Shaomei He DOE Joint Genome Institute AUG." - Mozilla Firefox

Ribo-Zero kuličky - bakterie
Ribo-Zero rRNA Removal Kit | Magnetic kit for bacteria - Mozilla Firefox


Ribo-Zero rRNA Removal Kit | Magnetic kit for bacteria - Mozilla Firefox
Postup odstranění rRNA pomocí Ribo-Zero kuliček - 4 kroky


Postup odstranění rRNA pomocí Ribo-Zero kuliček - 4 kroky
Ribo-Zero rRNA Removal Kit | Magnetic kit for bacteria - Mozilla Firefox Ribo-Zero rRNA Removal Kit
| Magnetic kit for bacteria - Mozilla Firefox

Celkový postup
•Vzorkování
–Správný odběr vzorku
–Stabilizace vzorku (např. RNA later)
–Uskladnění (-80°C)
•Příprava knihovny
–Izolace RNA, např. MoBio (speciální na RNA, popř. RNA +DNA)
–Odstranění DNA (DNáza)
–Odstranění rRNA (bakteriální, eukaryotické – Ribo-Zero)
–Syntéza cDNA, odstranění RNA
–Připojení adaptorů, kontrola knihovny
–
•

Kombinace meta technik
Combining metagenomics, metatranscriptomics and viromics to explore novel microbial interactions:
towards a systems-level understanding of human microbiome - 1-s2.0-S2001037015000318-main.pdf -
Mozilla Firefox

Combining metagenomics, metatranscriptomics and viromics to explore novel microbial interactions:
towards a systems-level understanding of human microbiome - 1-s2.0-S2001037015000318-main.pdf -
Mozilla Firefox
Kombinace meta technik

Combining metagenomics, metatranscriptomics and viromics to explore novel microbial interactions:
towards a systems-level understanding of human microbiome - 1-s2.0-S2001037015000318-main.pdf -
Mozilla Firefox
Kombinace meta technik

Combining metagenomics, metatranscriptomics and viromics to explore novel microbial interactions:
towards a systems-level understanding of human microbiome - 1-s2.0-S2001037015000318-main.pdf -
Mozilla Firefox
Kombinace meta technik

Combining metagenomics, metatranscriptomics and viromics to explore novel microbial interactions:
towards a systems-level understanding of human microbiome - 1-s2.0-S2001037015000318-main.pdf -
Mozilla Firefox
Kombinace meta technik