Metagenomika – virom a eukaryota Petra Vídeňská, Ph.D. Eukaryota •Problém s velikými rozdíly (dělají se zejména plísně, kvasinky, vyšší houby, paraziti a protozoa) •Lze využít různé markery – 18S rDNA, ITS 1/2, D2… •Která oblast je nejlepší na co – literatura •Nyní se nejvíce využívá celometagenomové sekvenování Ukázka využití genu pro 18S rRNA A novel method to assess the biodiversity of parasites using 18S rDNA Illumina sequencing; parasitome analysis method - 1-s2.0-S1383576916300010-main.pdf - Mozilla Firefox Fig. 1. An illustration to compare the traditional method and the 18S rRNA based metagenome approach using next generation sequencers. With 18S rRNA based metagenomics, parasites can be detected and identified in a high-throughput manner. Ukázka využití genu pro 18S rRNA A novel method to assess the biodiversity of parasites using 18S rDNA Illumina sequencing; parasitome analysis method - Mozilla Firefox Ukázka využití genu pro 18S rRNA A novel method to assess the biodiversity of parasites using 18S rDNA Illumina sequencing; parasitome analysis method - Mozilla Firefox Ukázka využití genu pro 18S rRNA Mikrobiální diverzita na Vitis vinifera MolekMetodySpolecenstva_pomucka_ke_studiu (1).pdf - Adobe Reader •Gryndler, 2013 -sběr zdravých i napadených listů V. vinifera cv Tempranillo -odběr 10x od května do června à T1-T10 -uskladnění listů při -80°C, izolace DNA -příprava knihovny oblasti V6 16S rDNA pro prokaryotickou populaci -příprava knihovny ITS2 a D2 pro eukaryotickou populaci •Rarefakční křivky •Dynamika biodiverzity •Distribuce eukaryontních i prokaryontních společentví v průběhu času •PCA Biplot mikrobiální komunity Virom •Neexistuje univerzální konzervovanou oblast •Není sjednocená metodika •Problém RNA x DNA viry •Ve vzorku je většinou virální DNA/RNA minimum • • • Srovnání metod srep16532.pdf - Adobe Acrobat Pro DC Postup srep16532.pdf - Adobe Acrobat Pro DC Vliv homogenizace srep16532.pdf - Adobe Acrobat Pro DC Vliv centrifugace • srep16532.pdf - Adobe Acrobat Pro DC Vliv filtrace srep16532.pdf - Adobe Acrobat Pro DC Vliv ošetření chloroformem srep16532.pdf - Adobe Acrobat Pro DC Vliv amplifikace s náhodnými hexamery srep16532.pdf - Adobe Acrobat Pro DC Srovnání metod Evaluation of rapid and simple techniques for the enrichment of viruses prior to metagenomic virus discovery - 1-s2.0-S0166093413003820-main.pdf - Mozilla Firefox Evaluation of rapid and simple techniques for the enrichment of viruses prior to metagenomic virus discovery - 1-s2.0-S0166093413003820-main.pdf - Mozilla Firefox Evaluation of rapid and simple techniques for the enrichment of viruses prior to metagenomic virus discovery - 1-s2.0-S0166093413003820-main.pdf - Mozilla Firefox Srovnání metod Evaluation of rapid and simple techniques for the enrichment of viruses prior to metagenomic virus discovery - 1-s2.0-S0166093413003820-main.pdf - Mozilla Firefox Srovnání metod