logo-IBA-prezentace-pruhledny Kapitola VII Analýza array CGH Výuka IBA logo-IBA-transparent arrayCGH §Typ cDNA microarray § §Založený na CGH – comparatívnej genómovej hybridizácii § §Porovnáva DNA dvoch vzoriek § §Cieľ: zistiť zmeny v počte kópií génov medzi vzorkami logo-IBA-transparent CGH array analysis Bez názvu Trizómia 10q21-10q24 Monozómia 11p12-11p13 XX arrayCGH - princíp §Delecia ~ strata genetickej informácie (monozómia) § §Amplifikácia ~ zisk genetickej informácie (trizómia) § §SNPs – jednonukleotidové polymorfizmy logo-IBA-transparent Analýza arrayCGH dát I. § Genome order amplifikácia = log2(3/2)=0.58 delecia = log2(1/2)=-1 logo-IBA-transparent Analýza arrayCGH dát I. § Genome order amplifikácia = log2(3/2)=0.58 delecia = log2(1/2)=-1 logo-IBA-transparent Analýza arrayCGH dát I. § Genome order amplifikácia = log2(3/2)=0.58 delecia = log2(1/2)=-1 logo-IBA-transparent Analýza arrayCGH dát I. § Genome order amplifikácia = log2(3/2)=0.58 delecia = log2(1/2)=-1 logo-IBA-transparent Rozdelenie metód pre analýzu arrayCGH §Väčšina metód pre analýzu arrayCGH využíva fakt, že v prípade delecií alebo amplifikácií sú obvykle zasiahnuté väčšie časti genómu (hlavne u nádorov) – závislosť na poradí §Sú založené na § §Segmentácii (detekcia zlomov) §Vytvárajú dobre odlíšiteľné segmenty s odlišnými priemernými log2ratio §Klony v danom segmente zdieľajú rovnaký počet kópií §Zhlukovaní §Priame zhlukovanie segmentov do skupín (informácia o poradí inkorporovaná do metriky vzdialeností) §Skrytých Markovových reťazcoch (HMM) §Skryté stavy: úrovne zmeny §Vyhladzovaní §Regresné metódy, snažia sa preložiť grafom čo najviac optimálnu krivku logo-IBA-transparent Princíp segmentačných metód 2. FILTERING, SMOOTHING 3. BREAKPOINTS DETECTION 4. REGION ASSESSMENT figure figure figure figure 1. DATASET logo-IBA-transparent Prístupy k analýze §Jednoprofilové §Aberácie sa zisťujú u každej vzorky individuálne § § § § § § §Viacprofilové §Zisťujeme aberácie ktoré sú špecifické pre danú skupinu Profil 1 Profil 2 Profil n Segmenty 1 Segmenty 2 Segmenty n Porovnanie skupín Profil 1 Profil 2 Profil n Segmenty špecifické pre skupinu logo-IBA-transparent “Ideálna” metóda pre analýzu arrayCGH § §Celková dobrá výkonnosť § §Dobrá výkonnosť i na zašumených dátach § §Schopná detekovať krátke aberácie § §Výpočtovo nenáročná § §Zrozumiteľny algoritmus (dôležité pre nastavenie parametrov) logo-IBA-transparent Porovnanie metód I. §Lai et al. (2005), Willenbrock & Fridlyand (2007),... 1.Segmentačné metódy §+ Celková dobrá výkonnosť §- Nie pre malé regióny a zašumené dáta §- Detekované segmenty sa musia ešte rozdeliť do biologicky relevantných regiónov § 2.Vyhladzovacie metódy §+ Dobrý výkon na zašumených dátach a malých regiónoch §- Výsledkom je len vyhladená krivka §- Nevhodné pre detekciu väčších zmien 3. logo-IBA-transparent Porovnanie metód II. §3. Metódy založené na skrytých Markovových reťazcoch §+ Dobrá výkonnosť len na nezašumených dátach §- Nie pre malé regióny a zašumené dáta §- Výpočtovo náročné § §4. Zhlukovacie metódy §+ Jednoduché na pochopenie §- Neefektívne § logo-IBA-transparent Analýza arrayCGH v R §aCGH (http://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/html/aCGH.html) §GLAD §DNAcopy §cghMCR §BioHMM §