Alignment
C2138 – POKROČILÁ BIOINFORMATIKA
Využití alignmentu - opakování
Využití alignmentu - opakování
Využití alignmentu - opakování
Využití alignmentu - opakování
Využití alignmentu - opakování
Rozšíření alignmentu
vZahrnutí dodatečných informací
vPredikce sekundární struktury
vZnámá 3D struktura
vHomologní sekvence se známou 3D strukturou
Rozšíření alignmentu
vPorovnejte výsledky alignmentu sekvencí
vPDB ID: 4FIX, 2FFU
vClustal Omega https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
vExpresso http://tcoffee.crg.cat
vPromals3D http://prodata.swmed.edu/promals3d/promals3d.php
vMASS http://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/MASS/
Metody strojového učení
vData-mining vs. Metody strojového učení
vStatistické modely
vHMM, Neural networks, Support Vector Machines, Geneticke
algoritmy, Bays network...
Markovův řetězec
Markovův model
RRRSSSRRSSRRSS
Markovův model
RRRSSSRRSSRRSS
Skrytý Markovův model
(HMM)
RRRSSSRRSSRRSS
HMM v bioinformatice
HMM v alignmentu
Profilové HMM