C6200-Biochemické metody
12_Určování velikosti a tvaru
Petr Zbořil

Možnosti
•Struktura makromolekul – od primární po kvarterní
–Chemické metody stanovení primární struktury – sekvenace
•Bílkoviny – Edmanova, NA – Sangerova aj., propojení
–Vyšší strukturní úrovně – fyzikální (fyz. chem.) metody
–V pevném stavu RTG analýza
•absolutní metoda
•v roztoku – vliv hydratace, iontů, asociace atd.
–hydratační voda – 0,3 dm3.kg-1 u bílkovin, 0,5 u NK
• Stanovení Mr různými metodami – rozdíly Þ lze posoudit vlivy prostředí
•

Tvar částice (molekuly)
•Těleso o 3 rozměrech obecně – 3 osy
•Tvar rotačního elipsoidu
–pouze 2 osy Þ 2 jsou stejné
•r1 = r2 < r3  rotace kolem r3 – prolátní – doutníkový
•r1 < r2 = r3  rotace kolem r1 – oblátní – diskový
•r1 = r2 = r3 koule
–
•
•

Určení velikosti a tvaru
•Aplikace metod separačních a analytických
–Jinde probrané – obecnější aplikace (elfo, chromatografie, NMR)
–Speciální – viz dále
•Metody statické – rovnovážné
–Určení rovnovážné hodnoty měřením – výpočet z termodynamického vztahu
•Metody (hydro)dynamické
–Sledování pohybu nebo orientace molekul vlivem vnější síly – výpočet z kinetického vztahu
•

Metody statické – rovnovážné
•
•
•
•
•
•
•
•
Metoda
Měřená veličina
- vypočtený parametr
Osmometrie
П                   Mr, B
Rozptyl světla
RJ                           Mr, B
RTG rozptyl v malých úhlech
RG                  tvar
Sedimentační rovnováha
dc/dx              Mr

Metody dynamické
•
•
•
Metoda
Měřená veličina
- vypočtený parametr
Sedimetační rychlost
dx/dt          s, Mr
Difusimetrie translační
D               Mr, V
Difusimetrie rotační
Q                a/b
MS
m/z             Mr
Viskosimetrie
hsp              Mr, B, ν