POKYNY PRO VYPRACOVÁNÍ BAKALÁŘSKÉ PRÁCE pro program Experimentální a molekulární biologie, specializace Molekulární biologie a genetika a pro program Lékařská genetika a molekulární diagnostika (platné od 1.3.2020) Tento dokument popisuje požadavky na zpracování textu bakalářské práce (BP) pro program Experimentální a molekulární biologie, specializace Molekulární biologie a genetika a program Lékařská genetika a molekulární diagnostika. Nesplnění požadavků může být důvodem k nedoporučení práce k obhajobě. Studenti III. ročníku zpracují kompilační BP na základě vlastní literární rešerše k zadaným aktuálním tématům z různých oblastí výzkumu genetiky a molekulární biologie virů, prokaryot a eukaryot, včetně člověka. Téma bude zpracováno na základě současných poznatků, tak aby student prokázal schopnost zorientovat se v problematice a vypracovat ucelené dílo na zadané téma.Není přípustné, aby jakoukoli součástí BP byly i vlastní experimentální výsledky. Zásady pro vypracování BP: Student řeší zpracování BP v součinnosti s vedoucím BP. Vedoucí se účastní prezentace svého studenta na oborových nebo laboratorních seminářích. Ke zpracování student používá odbornou literaturu zejména z recenzovaných vědeckých časopisů evidovaných v literárních databázích Medline, Scopus nebo Web of Science, odborné knihy, vědecké monografie nebo elektronické vědecké databáze (pouze primární zdroje). Použité informační zdroje musí být opakovaně dohledatelné. Nepřípustné je čerpání informací z internetových zdrojů typu wikipedie nebo jiných encyklopedií nebo populárně vědeckých zdrojů či učebnic (výjimky je třeba konzultovat s vedoucím práce). Všechny zdroje budou řádně citovány podle níže uvedených pravidel. U všech převzatých informací a závěrů uvede student odpovídající citaci zdroje. Text formuluje svými slovy, a důsledně se vyhýbá opisování celých odstavců nebo dokonce stránek – - práce jsou kontrolovány na plagiátorství. Student by měl ve své BP nejen shrnout současný stav poznání v dané oblasti, ale i poukázat na nové trendy a možnosti řešení problémů, které vyplynou z jeho rešerše. Standardním jazykem práce je čeština. V případě zájmu o vypracování práce ve slovenském jazyce je potřeba tuto skutečnost uvést v oficiálním Zadání bakalářské práce a zažádat si o Výjimku psát práci v jiném než českém jazyce prostřednictvím aplikace v ISu. O výjimce rozhodne Pedagogický zástupce ředitele ÚEB. Latinské rodové a druhové názvy organizmů a názvy genů se píší kurzívou. Je požadováno, aby práce byla bez pravopisných a gramatických chyb. V gramatice a pravopise cizích i běžných slov se student může řídit například Novým akademickým slovníkem cizích slov (Academia, Praha 2005), Slovníkem spisovné jazyka českého (http://ssjc.ujc.cas.cz/) a Pravidly českého pravopisu (Academia, Praha 2010; http://prirucka.ujc.cas.cz/). Struktura práce a další pokyny: První strany Bakalářské práce (až po kapitolu Obsah) se řídí fakultními unifikovanými pravidly, která jsou zakotvena v Opatření děkana č. 3/2019 (https://is.muni.cz/auth/do/sci/normy/OD/OD- 2019_3/OD_3_2019_-_Pokyny_pro_vypracovani_bc._dipl._a_rigor.praci.pdf) a odráží se v doporučené šabloně (https://is.muni.cz/auth/do/sci/stud/ZP/sablony/), věnujte prosím pozornost také Návodu k šabloně, který najdete pod výše uvedeným odkazem. Od kapitoly Obsah se text Bakalářské práce řídí pravidly Oddělení genetiky a molekulární biologie a sestává z následujících částí: OBSAH: • první viditelně číslovaná strana SEZNAM ZKRATEK: • volitelná položka, doporučena v případě většího počtu zkratek v textu. Každá zkratka musí být vysvětlena při prvním výskytu v textu a následně se již používá výhradně zavedená zkratka. ÚVOD: • v maximálním rozsahu jedné strany pojednává o aktuálním stavu problematiky zadaného tématu, s vytýčením hlavního cíle, který bude v práci sledován VLASTNÍ TEXT PRÁCE: • je členěn na jednotlivé tematické kapitoly a představuje přehlednou literární rešerši na zadané téma, informující o výsledcích nejen minulých, ale také aktuálních, vše je podloženo citacemi původních prací (viz. níže Vzory citací) • zahrnuje například: charakteristiku předmětu tématu, historický vývoj řešení dané problematiky, analýzu stavu a metodického přístupu řešení problematiky v celosvětovém měřítku, posouzení závažnosti předmětu tématu v dané oblasti výzkumu a výhledy na další řešení • minimální doporučený rozsah je 15 až 20 normostran vlastního textu mimo stran Obsah, Seznam zkratek, Úvod, legendy obrázků, Závěr a Literatura • zpracováním vlastního textu student prokazuje, že je schopen samostatně získat vědecké informace k tématu na základě relevantních zdrojů, zorientovat se v nich a připravit vhodně strukturovaný odborný a čtivý text ZÁVĚR: • v rozsahu 1-2 stran shrnutí a zhodnocení tématu z hlediska současného významu a dalšího nasměrování výzkumu do budoucnosti LITERATURA: • abecedně seřazené úplné citace veškerých zdrojů citovaných v textu (viz níže Vzory citací) PŘÍLOHY (volitelné): • práce může obsahovat obrázky a tabulky, které mohou být umístěny přímo v textu (co nejblíže za odstavcem, ve kterém je odkaz); všechny tyto grafické prvky musí být číslovány a opatřeny srozumitelným názvem a výstižnou legendou • pokud jsou grafické prvky převzaty z jiných zdrojů musí být opatřeny příslušnou citací a uvedeno jakým způsobem byly modifikovány; jazyk uvnitř grafických prvků je upraven tak, aby byl shodný s jazykem práce • na všechny grafické prvky musí být odkaz v textu (Obr. 1 nebo Tab. 1, atd.) • BP může obsahovat přílohy s tabulkami a obrázky většího rozsahu, sekvenčními protokoly apod. • přílohy budou obsahovat nestránkované listy. opatřené stručnými názvy a pořadovými čísly (zvlášť pro tabulky a zvlášť pro obrázky) • na všechny tabulky a obrázky z Přílohy musí být také odkaz v textu práce (Obr. 1. Příloha) Vzory citací: 1) Citace v textu: a) jeden autor – např. Novák (1998) zjistil, že …… b) dva autoři – např. Novák a Janoušek (1998) zjistili, že …… c) tři a více autorů – uvede se jen první autor a za ním uvádíme kolektiv ve zkratce et al. nebo a kol. nebo a spol. (!!!zvolit a používat vždy jen jeden typ uvádění kolektivu autorů!!!) – např. … bylo zjištěno, že … (Ptáček et al., 2001) 2) Citace v oddíle LITERATURA: • uvádí se úplná citace, tedy všichni autoři, rok publikace, název článku, název časopisu, ročník časopisu, rozsah stran článku nebo elektronické číslo článku • názvy všech časopisů se uvádějí v obvyklých zkratkách a jednotně např. podle ISI Journal Title Abbreviations (https://images.webofknowledge.com/images/help/WOS/0-9_abrvjt.html) • u knih se uvádí všichni autoři, rok publikace, název kapitoly, jména editorů, název knihy, číslo vydání, rozsah stran kapitoly, název vydavatele a místo vydání Příklady: Článek z časopisu, který vychází v tištěné formě s čísly stran: Backes, G., Madsen, L.H., Jaiser, H., Stougaard, J., Herz, M., Mohler, V. and Jahoor, A. 2003. Localisation of genes for resistance against Blumeria graminis f.sp. hordei and Puccinia graminis in a cross between a barley cultivar and wild barley (Hordeum vulgare ssp. spontaneum) line. Theor. Appl. Genet. 106: 353–362. Peters, J. L., Cnops, G., Neyt, P. Zethof, J., Cornelis, K., Van Lijsebettens, M. and Gerats, T. 2003a. An AFLP-based genome-wide mapping startegy. Theor. Appl. Genet. 108: 321–327. Peters, J. L., Cnudde, F. and Gerats, T. 2003b. Forward genetics and map-based cloning approaches. Trends Plant Sci. 8: 484–490. Článek z časopisu, který vychází v elektronické formě: Belzunce, I., Belmonte-Mateos, C. and Pujades, C. 2020. The interplay of atoh1 genes in the lower rhombic lip during hindbrain morphogenesis. PLoS ONE 15, e228225, doi: 10.1371/journal.pone.0228225. Mock, J., Pellegrino, C. and Neri, D. 2020. A universal reporter cell line for bioactivity evaluation of engineered cytokine products. Sci. Rep. 10, 3234, doi: 10.1038/s41598-020-60182-4. Kapitola z knihy nebo článek ze sborníku: Rogers, S. O. and Bendich, A. J. 1988. Extraction of DNA from plant tissues. In: Gelvin, S. B. (ed.) Plant Molecular Biology Manual A6, p. 3–10. Kluwer Academic Publishers, Dordrecht. Vojtková, H., Hlavňonová, R. and Babičová, A. 2015. Cadmium-resistant bacteria and their application in bioleaching process. In: Nano, Bio and Green Technologies for a Sustainable Future, Vol. 1, p. 305-310. International Multidisciplinary Scientific GeoConference-SGEM, Albena, Bulgaria. Kniha: Betina, V. 1980. Chemistry, biology and ecology of mycotoxins. Alfa, Bratislava. Elektronické zdroje: Kniha: Kirk-Othmer 2007. Encyclopedia of Chemical Technology, 27 Volume Set, 5th Edition. John Wiley, New York. doi: 10.1002/0471238961. Software: Bushnell, B. BBMap Short-Read Aligner, and Other Bioinformatics Tools. Lawrence Berkeley National Lab., Berkeley, CA, USA [online: http://sourceforge.net/projects/bbmap/ (cit. 1. březen 2019)]. Databáze: Euzéby, J. P. 1997. LPSN - List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature. Leibniz Institute, DSMZ-German Collection of Microorganisms and Cell Cultures, Braunschweig, Germany [online: https://lpsn.dsmz.de/ (cit. 25. prosinec 2019)]. Záznam z databáze: Jault, P. 2014. Evaluation of Phage Therapy for the Treatment of Escherichia coli and Pseudomonas aeruginosa Wound Infections in Burned Patients (PHAGOBURN). Clinical trial NCT02116010. Service de Santé des Armées, Hopital Percy (Clamart, France). ClinicalTrials.gov., U.S. National Library of Medicine [online: https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT02116010 (cit. 4. prosinec 2019)]. Patent: Novak, P. Y., Temnikov, M. V. and Balakin, O. Pharmaceutical composition for improving health, cure abnormalities and degenerative disease, achieve anti-aging effect of therapy and therapeutic effect on mammals and method thereof. Patent US10226484B2 [online: https://patents.google.com/patent/US10226484B2 (cit. 20. září 2019)]. Pokyny pro grafické zpracování textu: - formát A4 - velikost písma 12 - font Times New Roman (Arial - tabulky) - řádkování 1,5 - okraje: vlevo 3 cm vpravo 2,0 cm nahoře 2,5 cm dole 2 cm - psát jednostránkově (respektive tisk jednostránkový) - text zarovnat do bloku Finální zpracování a odevzdání: Bakalářská práce bude vyvázána v pevné vazbě a pevných deskách. Vyvázaná práce se odevzdává opatřena razítkem ze studijního oddělení ve dvou vyhotoveních (jeden výtisk pro vedoucího BP, jeden pro oponenta) v příslušných termínech (obvykle do 10. května) dle pokynů, které obdržíte e-mailem. Nutným předpokladem k odevzdání práce je získání zápočtu od vedoucího BP a uložení elektronické verze práce do Archivu závěrečné práce Informačního systému MU (IS) ve formátu PDF. Práci je nutno vložit do Archivu společně s anotacemi a klíčovými slovy ještě před orazítkováním papírové verze na studijním oddělení. Posudek oponenta bude k dispozici 5 pracovních dnů před obhajobou taktéž v Archivu na ISu. Poznámka: Podrobnější informace je možné získat v rámci přednášky Bi2401 Metody zpracování bakalářské práce z genetiky a molekulární biologie běžící v každém jarním semestru (povinný ve 2. ročníku studia). RNDr. Pavel Lízal, Ph.D. doc. RNDr. Jana Řepková, CSc. doc. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. doc. RNDr. Petr Kuglík, CSc.