BIOCHEMICKÉ INFORMACE (2014/IV)

Petr Skládal (Ústav biochemie PřF MU)

 

Výukový materiál - informační zdroje pro biochemii

  • primární zdroje - publikované články, patenty
  • sekundární zdroje - databáze obsahů časopisů nebo vydaných patentů (včetně klíčových slov a abstraktu)
  • biochemické / biotechnologické databáze na internetu

    stav odkazů aktualizován v březnu 2014

    adresa aktuální verze tohoto souboru: http://biosensor.chemi.muni.cz/edu/bioinfo

    Primární zdroje biochemických informací

    Učebnice

    tuzemské:

    zahraniční:

    klasické učebnice

    zkrácené "rychlo"učebnice

    slovníky, encyklopedie

    stačí zajít do knihovny, Ústřední knihovna PřF, Knihovna v kampusu, E-zdroje MU, zde je dále možné využít vyhledávací nástroj SFX - dohledání plné verze textu, a je možné služby využít i z domácího počítače (návod pro vzdálený přístup)

    nebo do knihkupectví. Knihy.cz, Bohemia Starman, Amazon, ...

    Ročenky, monografie

    Methods in Enzymology (>390 svazků) - tématicky zaměřeno, nejen enzymologické, ale různé prověřené metodické postupy ze všech oblastí biochemie (proteiny, nukleové kyseliny, imunochemie, ...)

    Annual Review of Biochemistry - každoročně, nejnovější objevy z posledního období

    Archives of Biochemistry and Biophysics - obdobné

    Časopisy

    Přehledové a populárně-vědecké

    Trends in Biochemical Sciences (TIBS) - vhodné pro doplnění poznatků při výuce, využíváno pro přípravu referátů na seminářích

    Trends in Biotechnology

    Nature případně Science (zaměřeny šířeji na přírodní vědy, ale velký podíl článků z oblasti biochemie). Přístup z počítačů PřF Nature resp. Science, vybrat odkaz "Přístup přes EZproxy (může se změnit...)"

    Obecné

    Biochemistry; Journal of Biological Chemistry (JBC); European Journal of Biochemistry (EJB); Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS); Biochemical Journal; Biochemical and Biophysical Research Communications (BBRC); Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - existuje mnoho různých sekcí...

    Speciální

    Biotechnology and Bioengineering; Clinical Chemistry; Clinical Biochemistry; Enzyme and Microbial Technology; Analytical Biochemistry; Nucleic Acid Research; Molecular Immunology ... plus stovky dalších více či méně významných

    Poznámky

    Plné verze dostupných (buď zcela volné, nebo v rámci předplatného pro tištěnou verzi časopisu) článků publikovaných daným nakladatelstvím. Rozsah se liší rok od roku dle konkrétní uzavřené smlouvy (dostupnost finančních prostředků ...):

    ScienceDirect - Elsevier

    ACS - American Chemical Society

    SpringerLink - Springer Verlag

    Wiley - Wiley InterScience

    Do jiných databází přístup na MU přes Ústřední knihovnu nebo přes El. informační zdroje MU, respektive knihovna chemických oborů v kampusu. V Brně - Moravská zemská knihovna, jiné knihovnické zdroje - WebLib, Státní technická knihovna, ...

    Přístup z domu> na internetové zdroje přístupné (licencované) pouze pro fakultu - připojení viz návod pro různé OS.

    Příspěvky na konferencích, kongresech

     

    Patenty

    Databáze patentových úřadů - často dostupné na internetu, některé i zdarma. Patenty jsou zejména v průmyslové oblasti důležitým zdrojem poznatků:

    Úřad průmyslového vlastnictví - české CZ patenty (plus další chráněné materiály a vzory), EU celoevropské (lze i přes ESP@CEnet), WO celosvětové. Z národních patentových úřadů jsou nejdůležitější US americké, DE německé, JP japonské ...

    Organizace

    ČSBMB (Česká společnost pro biochemii a molekulární biologii)
    ČSKB (Česká společnost pro klinickou biochemii)

    FEBS (Federation of European Biochemical Societies) publikuje mimo jiné časopis FEBS Letters
    EMBO (European Molecular Biology Organization)

    ACS (American Chemical Society)

    IUBMB (International Union of Biochemistry and Molecular Biology)
    IUPAC (International Union of Pure and Applied Chemistry)

     

    Sekundární zdroje

    Web of Science (ISI Web of Knowledge) WOS

  • V současné době asi hlavní vyhledávací nástroj používaný na PřF MU.
  • součástí i Science Citation Index (SCI, Cited Reference Search) - sleduje, kde se citovaly publikované práce (jistý indikátor úrovně vědecké práce). Umožňuje netradiční literární rešerše: obvykle se hledá od současnosti směrem nazpět; SCI: najde se historická „průkopnická“ práce, zjistí se, které prameny ji citují

    Chemical Abstracts CAS

    nejobsáhlejší a klasický soubor informací z oblasti chemie: chemické a biochemické časopisy (včetně velmi exotických), patenty, knihy, sborníky konferencí; velmi kvalitní a také patřičně drahý informační zdroj

  • "papírová verze"
    dostupnost: vychází každý týden (kniha formátu A4 cca 1000 stran), 2 ročníky (volumes) za rok
    organizace čísla:
    textová část – články řazené dle sekcí, vždy název, zdroj, adresy autorů, abstrakt, ev. i vzorce,  číslované v rámci ročníku - 1 až cca 400 000
    indexová část - seznam autorů, klíčových slov, čísel patentů, sloučenin (formula index)
    ke konci každého ročníku – indexy za celou řadu; občas vyjdou indexy za několik ročníků - Collective Index 12th: 1987-91; 13th: 1992-96
  • knihovna Lachemy
  • CD ROM verze - 1x měsíčně
  • online přístup na Internetu (informace po roce 1970): buď přes webový prohlížeč (zatím nedostupné), nebo přes uživatelský interface - SciFinder (přístupový klient, existuje demo verze). K používání nyní dostupné na MU pro chemické ústavy v knihovně kampusu na počítači číslo 35

    Current Contents CCC

    (ISI, Philadelphia) Thomson Scientific)

  • růběžné informace, vychází každý týden jako brožura, na disketách (vždy jedno číslo cca 5 MB, programy CC.EXE /DOS nebo CCWin.EXE /Windows), na CD-ROM (vždy uplynulý rok po současné datum), nebo on-line přístup; obsahy vycházejících časopisů, případně i s abstrakty

  • členění na sekce:
    Agriculture, Biology & Environmental Scieces; Social & Behavioral Sciences, Clinical Medicine, Ergineering, Technology & Applied Sciences,
    Life Sciences - 1200 nebo 600 časopisů, Physical, Chemical & Earth Sciences
  • prohlížení: podle oborů, klíčových slov, abecední seznamy, časopisy; výsledky: tisk žádanky o separát (dnes lépe přes e-mail autora), export do vlastní databáze separátů; ISI pošlou i reprint (platí se)
  • vhodné pro každotýdenní sledování novinek, pro dlouhodobé rešerše – méně vhodné - mnoho manipulací s médii, pohodlná dostupnost: LIFE katedra biochemie (1993 - cca 2000, diskety, CD ROM), PCES - fakultní knihovna chemie (CD ROM OVID)

    MedLine

    obdobné jako Curr. Contents / Life Sciences, ale jiná forma; 2x ročně CD ROM (Lékařská fakulta MU), pohodlně (a zdarma) dostupné on-line na PubMed ( NCBI).

    Scirus

  • internetový vyhledávací nástroj specializovaný na vědecké informace - odfiltruje "nevědecké" zdroje
  • "klasické" zdroje - časopisy, jiné databáze, webové stránky vědecky orientované (edu, org, ac.uk, gov, com)
  • přístup přes www.scirus.com .

     

    Stručně o bioinformatice

    Bioinformatika používá informační systémy k analýze velkých biologických datových souborů - zejména sekvencí nukleových kyselin a bílkovin.

    První úroveň může být definována jako návrh a použití metod pro sběr, organizování, třídění, uchovávání, zobrazování a analýzu biologických dat (genomy, transkriptosomy, proteomy, metabolomy, ...) či sekvencí (DNA, RNA, proteiny) a makromolekulárních struktur (případně i organizmů či ekologických systémů).

    Další úrovní je odvozování znalostí o biochemických drahách, funci a interakcích genů (funkční genomika) a proteinů (proteomika) - biologická interpretace dat.

    Pohled na funkci genů a proteinů probíhá prostřednictvím:

     

    Obor bioinformatiky existuje na rozhraní biochemie, molekulární biologie, matematické biologie, klinické medicíny, sekvenční analýzy, databázových systémů a internetu.

    Nejdůležitější odkazy:

    European Bioinformatics Institute EBI
    Bioinforatics Organization
    The Institute for Genomic Research TIGR
    Bioinformatics homepage  Bioplanet
    Bioinformatik.de
    BioinfoMatix

    Základní témata

    Kódování aminokyselin

     

    Tabulka ukazuje 20 aminokyselin, z nichž se sestávají proteiny a kodóny pro každou z nich

    Ala A GCU, GCC, GCA, GCG Leu L UUA, UUG, CUU, CUC, CUA, CUG
    Arg R CGU, CGC, CGA, CGG, AGA, AGG Lys K AAA, AAG
    Asn N AAU, AAC Met M AUG
    Asp D GAU, GAC Phe F UUU, UUC
    Cys C UGU, UGC Pro P CCU, CCC, CCA, CCG
    Gln Q CAA, CAG Ser S UCU, UCC, UCA, UCG, AGU,AGC
    Glu E GAA, GAG Thr T ACU, ACC, ACA, ACG
    Gly G GGU, GGC, GGA, GGG Trp W UGG
    His H CAU, CAC Tyr Y UAU, UAC
    Ile I AUU, AUC, AUA Val V GUU, GUC, GUA, GUG
    Start   AUG, GUG Stop   UAG, UGA, UAA

    Genetický kód je degenerovaný, resp. redundantní, což znamená, že dva či více kodónů může kódovat jednu a tutéž aminokyselinu. Degenerované kodóny se obvykle liší ve své třetí pozici, viz kodóny GAA a GAG, které oba kódují glutamin. (tiché mutace)

    Porovnávání sekvencí (alignment)

    cíl: pro dvě dané sekvence a hodnotící schéma nalézt optimální párování písmen:

    RKVA--GMAKPNM
    RKIAVAAASKPAV

    účel:



    Záleží na úhlu pohledu ... jak dopadne konecné hodnocení vyhledaných podobných sekvencí.

    druhy:

    Score matrix

    "měření" kvality překryvů - pomocí srovnávacích matic, vycházejících např. z vlastností aminokyselin (malé / velké, hydrofobní / polární, aromatické / alifatické, náboj, ...) či jiných elementů, "síla" podobnosti - procentuální identita

    překryvové algoritmy Klastry (skupiny) podobných aminokyselin

    Sekvenční motivy

    motivy - krátké sekvenční úseky (subsekvence), které se vyskytují v mnoha sekvencích a mají určitý biologický význam:

    Hledání genů

    cílem je identifikovat jednotlivé geny v rámci hrubé sekvence genomové DNA (vstupní informace) - přesné umístění elementů tvořících daný gen (exony, introny, jiné sekvenční anotace) ve studované sekvenci DNA

     

    Vyhledávací nástroje

    BLAST

    (The Basic Local Alignment Search Tool) Nástroj (program) BLAST vyhledává úseky s lokálními podobnostmi mezi srovnávanými sekvencemi. Zadanou sekvenci (aminokyseliny u peptidu, nukleotidy nukleové kyseliny) porovnává s údaji v sekvenčních databázích a počítá statistickou významnost nalezených výsledků ("matches"). Může sloužit k vyvozování funkčních a evolučních závislostí mezi sekvencemi, pomáhá nalézat členy genových rodin.

    Hlavním přínosem je zrychlení vyhledávací procedury na rozdíl od kompletního překryvového porovnávání dvou sekvencí. Nejprve se mezi porovnávanými sekvencemi nalézají kratší podobnosti ("seeding") na základě vytvořených "words" a z nalezených souborů se pak vybírají ty "nejlepší" (viz wiki).

    Základní BLAST

    Specializovaný BLAST

    Podle zadaných kriterií omezuje oblast a rozsah hledání, což poskytuje mnohem specifičtější a relevantnější výsledky.

    FASTA

    (FASTA = FAST-All, FAST-P, FAST-N) Implementuje Smith-Waterma prohledávací algoritmus - lokální porovnávání (viz wiki).

    FASTA formát - textový způsob reprezentace oligonukleotidových nebo proteinových sekvencí pomocí jednopísmenných kódů:

    ;LCBO - Prolactin precursor - Bovine ; a sample sequence in FASTA format MDSKGSSQKGSRLLLLLVVSNLLLCQGVVSTPVCPNGPGNCQVSLRDLFDRAVMVSHYIHDLSS VTEVRGMKGAPDAILSRAIEIEEENKRLLEGMEMIFGQVIPGAKETEPYPVWSGLPSLQTKDED ARYSAFYNLLHCLRRDSSKIDTYLKLLNCRIIYNNNC*

    >>gi|5524211|gb|AAD44166.1| cytochrome b [Elephas maximus maximus] LCLYTHIGRNIYYGSYLYSETWNTGIMLLLITMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLFSAIPYIGTNLV EWIWGGFSVDKATLNRFFAFHFILPFTMVALAGVHLTFLHETGSNNPLGLTSDSDKIPFHPYYTIKDFLG LLILILLLLLLALLSPDMLGDPDNHMPADPLNTPLHIKPEWYFLFAYAILRSVPNKLGGVLALFLSIVIL

    ;pokusna sekvence oligonukleotidu GTTCGGCGATGGCCGATGAGGTCGTCGCCGAGATTCGCGACAAGGGGGGCCGGGCGGTCGCCAACTACGACAGCGTCGCCACCGAGGACGGCGCAGCGAACATCATCAAGACCGCGCTTGACGAATTCGGCGCCGTGCACGGTGTGGTGAGCAACGCCGGGATCTTGCGCGACGGCACCT

    ;pokusna sekvence peptidu TWDNGKPIRETSAADVPLAIDHFRYFASCIRAQEGGISEVDSETVAYH

    Počítání s biologickými strukturami

    všeobecné úkoly:


       

    Možnosti reprezentace t-RNA

    Prekrývání struktur

    aplikace: porovnávání struktur - identifikovat pomocí překrývání struktur šablony různých ohybů (fold templates), budování knihoven strukturních elementů (fold libraries)



    Porovnání struktur hemoglobinu a myoglobinu a nalezení spolecných strukturních elementu

     

    Fylogenetické algoritmy

    Proč vytvářet evoluční stromy:



    Analýza dat z DNA biočipů



    DNA čip (GeneChip, DNA microarray) je sensor nesoucí velký počet (100 až 106) oligonukleotidových prób o známých sekvencích; nechá se hybridizovat se vzorkem analyzované nukleové kyseliny vhodně označeným(případně současně s kontrolou - označenou jinou barvou) a dle zbarvení v místech prób se usuzuje na výskyt komplementární sekvence ve vzorku.



    Obvykle se provádí tzv. expresní analýza - jak jsou které geny exprimovány:



    Výhodou je možnost sledovat současně mnoho různých genů. Sdružování genů do skupin (clustering):

     

    Genové sítě



    Ukázka genové síte ze trí genových elementu

    (genetic networks) individuální geny mají funkci (např. konverze substrátů, vazba biomolekul) a soubory takových funkcí v průběhu sekvenace mohou vést k metabolickým drahám (produkt jedné transformace je substrátem pro druhou) a soubory metabolických drah pak vytváří genovou síť interakcí

    Rekonstrukce genových regulačních sítí je náročný problém, pro N genů je možné exponenciální množství spojení, vzájemné interakci navíc nejsou jednoznačné (+/-) ale mění se kontinuálním způsobem. Počet možných interakcí genů se omezuje prostřednictvím znalostí o účasti v metabolických drahách a účasti v individuálních genových sítích.

     

    Srovnávací genomika

    Porovnává genomy ve velkém rozsahu za účelem porozumět biologické podstatě, extrahovat obecné principy platné pro skupiny genomů. Předpokládá se, že mnohé biologické sekvence, struktury a funkce jsou sdílené mezi organismy, kombinace genomů při analýze pak může vést k přesnějším výsledkům. Další úkoly:

     

    Proteomika

    Proteom / proteomics - přípona -OMICS naznačuje v poslední době studium určitého jevu v komplexním pohledu na celý soubor, který ho zahrnuje

    Řešené problémy:

    Klíčové technologie a metody:

     

    Biologická ontologie

    Pro efektivní komunikaci je zapotřebí společný jazyk a základní znalosti. Např. u metabolických drah jsou "jazykem" názvy produktů, enzymů a substrátů, "znalosti" pak zahrnují pojmy co to je reakce, jak se jí účastní enzymy a substráty, co jsou přijatelné složky dráhy

    Geneová ontologie ( www.geneontology.org) klasifikuje genové funkce, seznam tří hlavních typů funkcí: molekulární funkce, biologické procesy, buněčné komponenty

     

    Dlouhodobé cíle

    Matematický model fyziologie
    - lze podat lék počítačovému modelu před tím, než ho podáme živým jedincům?

    Návrh nových sloučenin pro lékařské a průmyslové využití
    - lze navrhnout bílkovinu nebo nukleovou kyselinu se specifikovanou funkcí?

    Vytváření nových biologických drah
    - můžeme navrhnout metody pro vytváření a realizování nových metabolických schopností pro léčení nemocí?

    Hledání nových poznatků (data mining)
    - pomocí dotazů počítačovému programu zkoumat data v kontextu našich modelů a vytvářet tak nové znalosti?

     

    Biochemické databáze

    Slouží těmto hlavním účelům:

    Odpovědi nemusí být nezbytně nalezeny pouze v jediné databázi - potřeba provádět kombinované hledání a integrovat nalezené výsledky - vzájemně kooperující databáze

    NCBI National Center for Biotechnology Information

    Národní centrum pro molekulárně-biologické informace v USA, existuje od roku 1988. NCBI vytváří veřejné databáze, zabývá se výzkumem v informatické biologii, vyvíjí programy pro analýzu genomu a šíří biomedicínské informace, vše za účelem lepšího pochopení molekulárních procesů ovlivňujících lidské zdraví a nemoci. Přehled tohoto zdroje informací je podán relativně detailně, účelem je demonstrovat široké možnosti a variabilitu dostupných informací. Struktura NCBI webu je na bázi typu požadovaných informací:

    Chemicals & Bioassays ... chemikálie a biostanovení

    Data & Software ... programové vybavení

    DNA & RNA ... nukleové kyseliny

    Domains & Structures

    Genes & Expression

    Genetics & Medicine

    Genomes & Maps

    Homology

    Literature ... Databáze literatury

    PubMed - služba organizace National Library of Medicine, která poskytuje přístup k více než 12 mil. citací z databáze MEDLINE a z dalších časopisů; včetně odkazů na kompletní články, pokud jsou volně dostupné.

    PubMed Central -  digitální archiv časopisových informací z oblasti věd o životě, jehož prostřednictvím NCBI zachovává volný přístup k elektronické literatuře.

    Bookshelf -  elektronická knihovna příruček a učebnic konvertovaných do elektronické podoby.

    OMIM -  katalog lidských genů a genetických poruch.

    PROW (Protein Reviews on the Web) - mezinárodní zdroj informací o lidských bílkovinách. Systém tvořený PROW Guides, což jsou autoritativní a strukturované přehledy o proteinech and proteinových rodinách, členěno na cca 20 standardtních kategorií informací (abstrakt, biochemická funkce, ligandy, odkazy, aj.).

    Proteins

    Sequence Analysis

    Taxonomy

    Training & Tutorials

    Variation

    Nástroje pro vyhledávání  a předávání dat

    Hledání na bázi textových údajů: Entrez.
    LinkOut - registrační služba pro tvorbu odkazů z článků, časopisů nebo biologických dat Entrezu na externí webové stránky.

    Cubby - umožňuje uživatelům Entrez ukládat a aktualizovat vyhledávání a zobrazování výsledků.

    Citation Matcher - umožňuje nalézt PubMed ID nebo  MEDLINE UID článků z databáze PubMed na základě bibliografických informací.

    Vyhledávání podobných sekvencí: BLAST Home Page (Basic Local Alignment Search Tool) - programy, přehledy, nápovědy, dokumentace a FAQ. BLink - zobrazuje výsledky hledání pomocí BLAST pro sekvence bílkovin z Entrez Protein databáze. Network BLAST - TCP/IP klient-server verse Entrez. Přímé spojení s NCBI databázemi přes internet. BLAST je k dispozici i pro lokální použití.

    Taxonomické vyhledávání: Taxonomy Browser - nástroj pro hledání v NCBI taxonomických databázích. Taxonomy BLAST - seskupuje výsledky BLASTu na základě zdrojových organismů. TaxTable - shrnuje BLAST taxonomická data a zobrazuje vzájemnou příbuznost organizmů pomocí barevně kódovaných grafů. ProtTable - poskytuje souhrn oblastí genomu kódujících bílkoviny. TaxPlot - poskytuje různé pohledy na genomové podobnosti.

    Předávání nalezených sekvencí: Sequin - nástroj pro předávání dat, obsahuje modul ORF Finder, zobrazovač / editor překrývajících se úseků. BankIt -  WWW předávací nástroj pro jednoduché sekvence.

     

    Nástroje pro 3D zobrazování a porovnávání

    Srovnávací analýza makromolekul a 3-dimensionálních struktur:

    Cn3D - překryvové porovnávání pro 3-dimensionální struktury a sekvence.

    Conserved Domain Architecture Retrieval Tool - zobrazuje funkční domény tvořící bílkovinu a podává přehled bílkovin s podobnou doménovou architekturou.

    VAST Search - služba pro vyhledávání strukturních podobností, porovnává nově zjištěné 3D koordináty struktury bílkovin s obdobnými údaji z MMDB/PDB databáze.

    Threading - algoritmus pro rozpoznávání struktury bílkovin (protein folding).

     

    Nástroje pro sekvenční analýzy

    COGs (Clusters of Orthologous Groups) - systém genových rodin z kompletních genomů.

    COGnitor - program k porovnávání uživatelských sekvencí s  COGs databází za účelem identifikace orthologních skupin, ke kterým náleží.

    GEO (Gene Expression Omnibus) - zdroj dat genové exprese s dostupnými zdroji z různých organismů i umělých zdrojů.

    HomoloGene - porovnává nukleotidové sekvence mezí páry organismů pro nalezení putujících podobností (putative orthologs).

    Conserved Domain Database - souhrn sekvenčních překryvů a profilů reprezentujících bílkovinné domény zachované v průběhu evoluce.

    LocusLink - poskytuje jednoduchý dotazovací systém pro práci s názvy genů, genovými místy a LocusID čísly.

    MGC (Mammalian Gene Collection) - zdroje komplementárních cDNA sekvencí plné délky.

    Clone Registry - databáze účastnických center sekvenujících lidský a myší genom, pro vzájemnou informovanost o zpracovávaných úsecích.

    Trace Archive - podobné jako CloneRegistry, uchovává sekvenční data v hrubém primárním stavu.

    ORF Finder - grafický analytický nástroj pro hledání otevřených čtecích rámců dané minimální velikosti v uživatelem zadané či databázové sekvenci.

    VecScreen - nástroj pro identifikaci úseků nukleotidových sekvencí, které mohou pocházet z vektoru, linkeru apod, před zařazením do databází.

    e-PCR -  pro porovnávání sekvencí se zmapovanými označenými úseky.

     

    Mapy

    Přístup k různým genetickým a fyzikálním mapám.

    MapViewer - poskytuje integrující pohledy na chromosomální mapy, překrývající se úseky.

    ModelMaker - umožňuje zkonstruovat MRNA sekvence z genomových dat, vybírá introny na bázi překryvů mRNA a EST, edituje vzniklé kombinace, testuje otevřené čtecí rámce a ukládá data; dostupný i v rámci MapVieweru jako mm odkazy.

    OMIM Gene Map - cytogenetické umístění genů uvedených v literatuře a určených různými mapovacími metodami.

    OMIM Morbid Map -  abecední seznam nemocí a odpovídajících umístění na genetických mapách.

    Human-Mouse Homology Maps - tabulka porovnávající homologní úseky DNA.

    Další genetické mapy: krysa, zebrafish, moskyt, nematoda, Drosophila.

    GeneMap'99 - fyzikální mapa více než 35 tis. markerů lidských genů, zkonstruováno organizací International Radiation Hybrid Mapping Consortium.

     

    Výzkum zhoubného bujení

    Řada projektů ve spoluprácí s National Cancer Institute (NCI) zaměřených na výzkum zhoubného bujení.
    SKY/CGH (Spectral Karyotyping SKY and Comparative Genomic Hybridization CGH Database) - uložení veřejně předaných SKY a CGH údajů.
    CCAP (Cancer Chromosome Aberration Project) - definice a detailní charakteristiky vybraných chromosomálních změn přiřazených k maligním transformacím.
    CGAP (Cancer Genome Anatomy Project) - interdisciplinární program k identifikaci lidských genů exprimovaných při různých stavech rakovinného bujení.
    Mitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer - genomová mapa chromozomálních zlomů při lidské rakovině.
    SAGE Analysis - diferenciální exprese SAGE tagů v rakovinných knihovnách.
    SAGEmap (Serial Analysis of Gene Expression) - experimentální technika kvantitativního rozsahu genové exprese.

     

    Lidský genom

    Kdokoliv s počítačem a internetovým připojením se může podílet na výzkumu lidského genomu.

    DBGET 

    Spadá pod japonský server GenomeNet, DDBJ (DNA Data Bank of Japan).  Je to jednoduchý databázový vyhledávací systém pro molekulárně-biologická data, databáze je považována za souborový systém, kde každé položce (charakterizované unikátním identifikátorem) odpovídá jeden či více souborů. Rozsah typů souborů zahrnuje jak textové, tak grafické formáty. Tak je možné přistupovat k nejrůznějším databázím po celém světě stejným způsobem: dbname:identifier. Genové katalogy systému KEGG jsou zpracovávány podobným způsobem: organism:gene. Databáze obsahují mimo jiné křížové odkazy, takže vytváří vlastní webovou strukturu dat a odkazů na data; DBGET obsahuje tuto strukturu uvnitř LinkDB databáze. DBGET má tři základní příkazy (nebo mody pro webovou verzi):

    bget provádí stažení databázových položek specifikovaných kombinací dbname:identifier. 

    bfind je používán pro hledání pomocí klíčových slov.

    blink pak provádí stahování podobných položek z dalších databází.

    ExPASy Expert Protein Analysis System

    Server organizace Swiss Institute of Bioinformatics ( SIB) zaměřený na proteomiku - analýza sekvencí a struktur bílkovin, 2-D PAGE. Obhospodařuje následující databáze:

    SWISS-PROT a TrEMBL - informace o bílkovinách

    PROSITE - proteinové rodiny a domény. Databáze napomáhá spolehlivě odhalit, ke které proteinové rodině (pokud vůbec) náleží nově nalezená sekvence aminokyselin. V současnosti obsahuje a podrobně popisuje více než tisíc různých domén.

    SWISS-2DPAGE - dvoudimenzionální elektroforéza v polyakrylamidovém gelu

    ENZYME - enzymová nomenklatura

    SWISS-3DIMAGE - prostorové modely bílkovin a jiných biomakromolekul

    SWISS-MODEL Repository - automaticky generované modely bílkovin

    CD40Lbase - CD40 ligandové defekty 

    SeqAnalRef - bibliografické reference zaměřené na sekvenační analýzu

    K dispozici jsou také nejrůznější programové nástroje:

    Zaměřené na proteomiku a analýzu sekvencí: proteomika [PeptIdent, PeptideMass, ...], exprese DNA -> Protein [Translate], hledání podobností [BLAST], hledání profilů [ScanProsite], post-translační modifikace a topologické předpovědi primární struktury [ProtParam, pI/MW, ProtScale], návrh sekundární a terciární struktury [SWISS-MODEL, Swiss-PdbViewer], překrývání sekvencí [T-COFFEE, SIM], biologická textová analýza

    Melanie 3 - software pro 2-D PAGE vyhodnocování

    Roche Applied Science's Biochemical Pathways - komplexní schematický grafický pohled na metabolické dráhy

    SRS

    Server spravovaný organizací European Biotechnological Institute (Velká Británie), funguje jako vstup pro ~ 80 bází sekvencí, metabolických drah, transkripčních faktorů, mutací aj. Přístup do EMBL (European Molecular Biology Laboratory) - primární data sekvence proteinů. Napojení na další databáze:

    PDB Protein Data Bank

    Zahrnuje struktury biomakromolekul. Poskytuje nástroje a zdroje pro studium 3D struktury a její vztah k sekvenci, funkci a onemocněním. Pro 3D zobrazení je třeba nainstalovat vhodný software, který dokáže vstupní PDB data převést do grafického znázornění:

    případně lze nainstalovat doplnění internetového prohlížeče:

    různé možnosti přístupu do databází: přes identifikátor PDB_ID, přes web, FTP, db dotazy (query).

    Formáty dat: PDB, PDBML/XML, mmCIF (macromolecular crystalography information file)

     

    PIR různé informace o proteinech

    PIR (protein information resources)

    PIRSF (structural families) - klasifikace proteinových struktur

    iProClass - znalostní databáze informací o proteinech

    iProLink - literatura, odkazy

    UniProt unverzální proteinově-orientované zdroje

    spojení databází Swiss-Prot, TrEMBL a PIR v jeden centralizovaný systém

    OWL neredundantní sekvence

    Další zdroje odkazů

    Katedra biochemie PřF MU, kde je i biochemický server

    Harvard University, Dept. Mol.Cell. Biol ( MCB) poskytuje řadu velmi cenných odkazů z oblasti biologie, biochemie, biodatabáze či výukové zdroje.