KURZ ZÁKLADŮ PROTEOMIKY
ČASOVÝ ROZVRH:
PONDĚLÍ A2/2.11
7:50- 7:55 Zahájení praktika (Dr. Hejátko)
A2/3.42
8:00 – 9:00 2-D elektroforéza – rehydratace proužků
A2/3.39
9:00 – 9:30 Exprese rekombinantních proteinů – zaočkování expresní kultury
A2/2.11
9:30 – 10:00 Úvod do experimentální části (přednášky)
9:30-9:40 - 2D elektroforéza (Dr. Konečná)
9:40-9:50 - MS analýza (Dr.Šedo)
9:50-10:00 - Rekombinantní proteiny (Dr. Pekárová, MSc. Szmitkowska)
A2/1.21
10:00 – 13:00 Struktura proteinů, proteomické databáze (Dr. Klumpler,
Dr.Dopitová)
13:00 – 13:45 OBĚD
A2/3.39
13:45 – 14:30 Exprese rekombinantních proteinů – indukce
A2/3.42
14:30 – 15:00 In-solution proteolytické štěpení směsi proteinů pro LC-MSMS
analýzu
15:00 – 15:30 Příprava gelů pro 2-D
15:30 – 16:00 1. rozměr 2-D elektroforézy: izoelektrická fokusace (IEF)
ÚTERÝ A2/3.39
8:30 – 10:00 Příprava 1-D gelu (SDS i nativní PAGE)
A2/3.42
10:00 – 11:00 2. rozměr 2-D elektroforézy: SDS-PAGE
11:00 – 12:00 OBĚD
A2/3.42
12:00 – 14:00 Barvení 2-D gelů, densitometrie
14:00 – 14:30 Ukončení in-solution proteolytického štěpení proteinů pro LC-
-MS/MS analýzu
Nasazení vzorků do autosampleru a začátek LC-MS/MS analýzy
A2/1.21
14:35 – 16:00 Software pro vyhodnocování 2-D gelů
STŘEDA A2/3.42
7:30 – 8:30 In-gel proteolytické štěpení proteinů separovaných 2-D
Elektroforézou
A2/3.39
8:30-13:00 Purifikace rekombinantních proteinů pomocí metalochelatační
afinitní chromatografie
Demonstrační chromatografie – FPLC
PAGE analýza rekombinantních proteinů – příprava vzorků
- SDS-PAGE analýza
Stanovení koncentrace proteinů metodou dle Bradfordové
ČTVRTEK A2/3.39
8:30 – 9:00 Nativní PAGE analýza – nanesení vzorků na gel
A2/3.42
9:00 – 11:00 Analýza proteomu – identifikace proteinů metodou MALDI-TOF
MS (ukončení in-gel proteolytického štěpení proteinů separovaných
2-D elektroforézou a analýza vzorků MALDI-TOF hmotnostní
spektrometrií)
A2/3.39
11:00 – 12:30 Ukončení nativní PAGE – aktivitní barvení (MUG)
- Western blotting
12:30 – 13:30 OBĚD
A2/3.39
13:30 – 16:30 Western blotting
Analýza obrazu – densitometrie. software pro vyhodnocování 1D gelů
(vyhodnocení čistoty purifikovaných proteinů)
PÁTEK A2/3.42
8:00 – 10:00 Vyhodnocení výsledků LC-MSMS a MALDI-TOF MS analýz
10:00 – 11:00 “dodělávky“, konzultace, vypracování a odevzdání protokolů
A2/2.11
11:00 Kolokvium
Cvičící (legenda):
2-DE a příprava pro MS RNDr. Hana Konečná, Danuše Fridrichová
Analýza obrazu Mgr. Gábina Lochmanová, Ph.D.
MS analýza Mgr. Ondrej Šedo, Ph.D.
Struktura proteinů Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D., Mgr. Radka Dopitová,
Ph.D.
Exprese a purifikace rekombinantních proteinů Ing. Blanka Pekárová, Ph.D., MSc. Agnieszka
Szmitkowska
Dohled nad laboratoří a přípravou materiálu ing. Šárka Michlíčková