Odhad funkce metagenomu
(mikrobiobiálních společenstev)
Eva Budinská
• Mikrobiom – soubor mikroorganizmů v prostředí - ovlivňuje zdraví člověka
• Složení mikrobiomu a jeho funkce je studováno analýzou jeho genomu –
metagenomu
• Základní otázkou, kterou je třeba řešit při studiu mikrobiomu, je pokusit se
předpovědět, jaké jsou biologické funkce mikrobiální komunity jako celku
• Ktomuto účelu využíváme nejmodernější databáze (KEGG, Uniprot, EntrezGene),
které obsahují informace o funkčních produktech genů a také molekulární dráhy, a
kterých se tyto podukty podílejí
Cílem projektu bude zodpovědět na následující otázky:
• Jak se shodují referenční/současné databáze při popisu lidských mikrobiálních
komunit z funkčního hlediska?
• Existují vestavěné nástroje/pracovní postup pro přidružení genů k funkcím?
• Jaký druh benchmarku bychom měli nastavit pro hodnocení těchto zcela odlišných
zdrojů?
Bi4013 Týmový projekt z Matematické biologie a biomedicíny – biomedicínská bioinformatika (jaro 2022)
Hlavní kroky projektu:
• Nastudovat co obsahují a jakou strukturu mají
databáze UniProt, KEGG a EntrezGene
• Zjistit, jakými nástroji se dá informace o genech, jejich
produktech dolovat automatizovaně
• Na příkladu mikrobiální komunity odhadnout její
funkce s použitím všech tří databází a porovnat
rozdíly
• Navrhnout způsob hodnocení rozdílů
• Výsledky zvizualizovat a interpretovat