Publikační
(zlo)činnost a jak se
před ní chránit
ŠTĚPÁN ČADA
Co jsou pro vás znaky kvalitní
vědy?
Co jsou pro vás znaky kvalitní
vědy?
 Co dělá publikaci dostatečně důvěryhodnou, abyste jí citovali?
 Co dělá vědce dostatečně důvěryhodným, abyste věřili jeho názorům na danou problematiku?
 Co dělá vědecký projekt dostatečně kvalitní, abyste se na něm rozhodli spolupracovat?
 Co je pro vás dostatečně kvalitní publikační základ pro založení vlastního výzkumného projektu?
 Co rozhoduje o tom, jestli je článek přijat k publikaci nebo odmítnut?
 Hodnocení ze strany editora
 Peer review
Věda, jak jí známe, je z velké části založena na důvěře (mezi vědci navzájem i ze strany
veřejnosti), tuto důvěru je však potřeba chránit.
Co jsou pro vás znaky kvalitní
vědy?
 Vědecká ocenění?
 Funding?
 Publikace v časopisech s vysokým impact faktorem?
 Pozornost médií?
 Kariéra autorů?
 Prestiž výzkumného ústavu/university?
 Množství publikací?
 Transparentnost (poskytování originálních “raw” dat, reviews…)
 Množství citací?
 Indexování na Pubmed/WoS/ScienceDirect?
 Peer review?
Co jsou pro vás znaky kvalitní
vědy?
 Gregg Semenza
 Johns Hopkins University
 Nobel prize in physiology, 2019
 Více než 50 článků zpochybněno online
na základě problematických
obrazových dat
 Září 2022: 4 články v PNAS stáhnuty
(celkem citovány více než 750x)
 https://www.nature.com/articles/d41586
-022-03032-9
 Vědecká ocenění?
 Funding?
 Publikace v časopisech s vysokým impact
faktorem?
 Pozornost médií?
 Kariéra autorů?
 Prestiž výzkumného ústavu/university?
 Množství publikací?
 Transparentnost (poskytování originálních
“raw” dat, reviews…)
 Množství citací?
 Indexování na
Pubmed/WoS/ScienceDirect?
 Peer review?
Co jsou pro vás znaky kvalitní
vědy?
 Výzkum Alzheimerovy choroby
 Srpen 2021: NIH obdržel zprávu o
potenciálních manipulacích s daty během
testování nového léku Simufilam, což vedlo
k federálnímu vyšetřování firmy Cassava
Sciences, která jej vlastní.
 Červenec 2022: Znaky manipulace s
obrazovými daty odhaleny i v jedné z
nejcitovanějších prací ve výzkumu AD
(Lesné et al., 2006)
 Odhaduje se, že byly promarněny desítky
milionů dolarů z grantů NIH a 16 let
výzkumu.
 https://www.science.org/content/article/p
otential-fabrication-research-images-
threatens-key-theory-alzheimers-disease
 Vědecká ocenění?
 Funding?
 Publikace v časopisech s vysokým impact
faktorem?
 Pozornost médií?
 Kariéra autorů?
 Prestiž výzkumného ústavu/university?
 Množství publikací?
 Transparentnost (poskytování originálních
“raw” dat, reviews…)
 Množství citací?
 Indexování na
Pubmed/WoS/ScienceDirect?
 Peer review?
Tradiční publikační systém v
současnosti selhává
 Nedostatečná motivace reviewerů
 Neúměrné publikační poplatky a finanční střet zájmů vydavatelů
 Nedostatečná motivace vydavatelů k opravě/stažení závadných článků
 “Publish or perish”
 Vyšetřování vědeckých prohřešků je plně v kompetenci univerzit/výzkumných
ústavů, což často nevede k dostatečným postihům
 Nahlašování závadných publikací a etických prohřešků s sebou nese velká rizika,
ale zároveň není (finančně) podporováno ze strany vydavatelů ani institucí.
Výsledkem je prostředí, které podporuje produkci nekvalitních a zfalšovaných
vědeckých publikací. Tyto publikace je obvykle obtížné odhalit, ale i pokud už jsou
odhaleny, oslabují důvěru společnosti ve vědecký výzkum, nehledě na celkovou
nebezpečnost (viz “alternativní medicína” během COVID pandemie).
Hlavní stránka ScienceDirect
listopad 2021
Problematické publikace nejsou efektivně
vyřazovány z tzv. scientific record
 Počet stažených článků nereflektuje celkový roční nárůst
publikovaných publikací v posledních letech
“(…)we estimate — on the basis of evidence from surveys, studies and reports from
sleuths — that one in 50 papers would meet at least one of the criteria for retraction
from the Committee on Publication Ethics, a non-profit collective in Eastleigh, UK.
These include “clear evidence that the findings are unreliable”, whether because
of falsified data, plagiarism, faked peer review or just ‘major error’, which might
involve contaminated cell lines or another non-fraudulent problem. Yet the rate of
retraction is still under 0.1%.”
Ivan Oransky, founder of Retraction Watch, 2022.
https://www.nature.com/articles/d41586-022-02071-6
Problematické publikace nejsou efektivně
vyřazovány z tzv. scientific record
 Nedostatečná motivace ze strany vydavatelů
 Nedostatečná komunikace/neochota prověřovat kritiku čtenářů, alei
žádosti o opravu či stažení ze strany autorů
 Neúměrně dlouhé lhůty pro prověření nahlášených problémů
Problematické publikace nejsou efektivně
vyřazovány z tzv. scientific record
 To, že je publikace stažena z internetu ještě neznamená, že nebude
dále citována.
https://retractionwatch.com/the-retraction-watch-
leaderboard/top-10-most-highly-cited-retracted-papers/
Před/Po stažení publikace
Problematické publikace nejsou efektivně
vyřazovány z tzv. scientific record
 To, že je publikace stažena z internetu ještě neznamená, že nebude
dále citována.
We identified 478 retracted articles, 220 (46%) of
which were cited at least once. We contacted 1297
corresponding authors of the papers that cited these
articles, 417 (30%) of whom responded to our survey
and were included in the final analysis. The median
number of authors in the analyzed articles was five,
and the median elapsed time from retraction to
citation was 3 yr. Most of the corresponding authors
(89%) were unaware of the retracted status of the
cited article, mainly because of inadequate
notification of the retraction status in journals and/or
databases and the use of stored copies.
Jak odhalit nekvalitní publikaci?
 Obrazová data jsou jeden z hlavních faktorů při odhalování:
 Duplikace obrázků (mohou být i výsledkem tzv. “čestné” chyby)
 Splicing (sestřih obrázků z více původních - obecně považováno za
špatnou praxi, která je zakazovaná vydavatelem)
 Znovupoužívání obrázků ze starších publikací (vlastních či cizích - obojí
důvod ke stažení)
 Photoshopping (jednoznačný důvod ke stažení)
Kazuistika
 Duplikace obrázků (jednoduchá)
Kazuistika
 Duplikace obrázků (western blot)
Kazuistika
 Duplikace obrázků (komplikovaná)
Kazuistika
 Překrývající se obrázky
Kazuistika
 Splicing
Kazuistika
 Znovupoužívání obrázků (vlastních) k ilustraci jiných experimentů
Kazuistika
 Používání cizích obrázků bez citace
Kazuistika
 Co se tu jen mohlo stát?
Kazuistika
 Co se tu jen mohlo stát?
Kazuistika
 Co se tu jen mohlo stát?
Velká část biomedicínských publikací
obsahuje problematická obrazová data
 Alespoň 4 % primárních publikací (1 z 25) obsahuje problematická obrazová
data
 Toto číslo představuje spíše dolní hranici skutečného problému
 ne všechny publikace obsahují obrazová data
 ne všechny obsahují snadno odhalitelné obrazové problémy
 někdy se problém skrývá v samotném procesu publikace (zmanipulované peer
review, “hijacking” speciálních vydání, či celých časopisů).
 Skutečné číslo nedůvěryhodných publikací je tedy mnohem vyšší.
Paper Mills
 Organizované skupiny (firmy) produkující vyfabrikované vědecké práce
buď připravené k publikaci (nebo i včetně publikace) za účelem
finančního zisku.
 Používají templáty a knihovny obrázků, které šijí na míru požadavkům
zákazníka.
 Většina odhalených paper mills pochází z Číny.
 Typický scénář: Od lékařů v čínských nemocnicích je pro kariérní postup
vyžadována publikační činnost v mezinárodních časopisech, což
ovšem vzhledem k ostatním okolnostem není realistické (čas, peníze,
nedostatečná vybavenost, jazyková bariéra). Lékař si tedy zaplatí
publikaci jako službu u specializované firmy. Firma sestaví publikaci dle
požadavků zákazníka a úrovně cílového časopisu.
 Je velmi obtížné je odhalit, vyžaduje aktivní prohledávání publikací
napříč tématy.
Paper Mills
 Letošní zpráva Committee on Publication Ethics odhaduje, že až 2 % z
celkového počtu v současnosti submitovaných manuskriptů jsou
produkty Paper Mills (https://publicationethics.org/node/55256)
 Nedávno publikovaná studie pokoušející se softwarově detekovat
takovéto publikace došla k výsledku až 1% článků deponovaných na
PubMed (https://www.nature.com/articles/d41586-022-02997-x)
 V současnosti probíhá snaha o sestavení návodů pro editory k
rozpoznání takovýchto článků, například:
https://link.springer.com/article/10.1007/s00210-021-02056-8
Některé typické znaky Paper Mills
 Šablonovité názvy
 např. “Long non-coding RNA (doplň název) (doplň efekt) in (doplň nemoc)
 Opakující se fotografie, či jejich části, a to i v článcích atribuovaných různým
autorům z různých institucí.
 Velmi podobný vizuální styl western blotových a flow-cytometrických dat.
 Generické neinstitucionální emailové adresy autorů (142838@168.com)
 Neresponzivnost autorů
 Při konfrontaci s problémem autoři svádějí vinu na jinou nejmenovanou
laboratoř, která pro ně experimenty provedla, ta však není v publikaci zmíněna.
 Příklad např. zde:
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1nByrktm4HCILKHEcQNMJY9vBHyYyJg
TqVwctPGnw4PI/edit#gid=0
Případ cestujícího pravítka
David Bimler
alias
“Smut Clyde”
https://forbetterscience.com/2021/05/17/the-ruler-of-the-aging-
papermill/
 Publikace autorů z alespoň 4 různých čínských nemocnic obsahují
fotografie totožného pravítka
Zneužití počítačových programů
 Automatické počítačové generování celých zdánlivě originálních
publikací (SCIgen, Mathgen)
 Automatické přepracování textu za účelem vyhnutí se detekci
plagiátorství
Současný rozvoj umělé intelligence a strojového učení představuje
velké riziko pro budoucí vědecké publikace, protože falza bude čím
dál složitější odhalit.
Problematic Paper Screener
 https://www.irit.fr/~Guillaume.Cabanac/problematic-
paper-screener
Guillaume Cabanac
Tortured phrases (“zmučené fráze”)
 Jednou z možností, jak obejít automatickou
detekci plagiátorství, je použití software,
který automaticky parafrázuje věty a slovní
spojení v textu.
 Není to však neprůstřelné, software totiž
automaticky parafrázuje i ustálená slovní
spojení a vědecké termíny, které v textu jsou.
 Výsledkem jsou tzv. tortured phrases, které
činí text nesrozumitelným a je možné je
detekovat.
Jak se chránit?
1. Být informován.
2. Nejlepší obranou je útok: Naší povinností jakožto vědců, je aktivně
vystupovat proti nekvalitní/podvodné vědě.
Informační zdroje
 Retraction Watch
 https://retractionwatch.com/
 Kvalitně informuje o probíhajících institucionálních investigacích,
stažených článcích a tzv. Expression of Concern.
 Také spravuje databázi všech stažených článků:
 http://retractiondatabase.org
Ivan Oransky Adam Marcus
Informační zdroje
 For Better Science
 https://forbetterscience.com/
 Blog Leonida Schneidera, popisující probíhající kauzy ve světě vědy.
 Obsahuje řadu zákulisních informací, obvykle informuje i o problémech,
které dosud nebyly vyšetřovány.
 Je psán s humorem.
 Obsahuje detailní příklady paper mills apod:
 https://forbetterscience.com/2021/05/26/the-chinese-paper-mill-industry-
interview-with-smut-clyde-and-tiger-bb8/
Leonid Schneider
Informační zdroje
 Science Integrity Digest
 https://scienceintegritydigest.com/
 Blog Dr. Elisabeth Bik, jedné z vedoucích postav odhalování
problematických publikací
 Také velmi aktivní na Twitteru:
Elisabeth Bik
Informační zdroje
 PubPeer
 https://pubpeer.com/
 Diskuzní forum k individuálním článkům majícím DOI nebo PMID číslo
 Nabízí extension k prohlížeči a Zotero, které upozorňují na přítomnost
článků s PubPeer komentáři
18 potenciálně
problematických článků z
200 zobrazených!
Povinností vědce je aktivně chránit lidské poznání
 PubPeer umožňuje upozorňovat na objevené
problémy v publikacích
 Příspěvky můžou být anonymní, nebo pod
vlastním jménem.
 Diskuze podléhá moderaci, což brání zneužití k
osobním útokům.
 Přidáním příspěvku můžete upozornit autory na
objevené problémy (PubPeer odesílá emailové
upozornění na emailovou adresu
korespondujícího autora).
 I pokud se autor rozhodne nereagovat, může
příspěvek sloužit jako varování pro další vědce.
 Příspěvky na PubPeer v posledních letech slouží i
jako základ pro institucionální investigaci.
Shrnutí
 Vědecký publikační systém je do velké míry založen na důvěře v čestné
jednání autorů.
 V současnosti tento systém selhává vinou více faktorů, což ohrožuje
důvěru společnosti ve vědecké poznání.
 Při všech fázích práce s literaturou je potřeba mít se na pozoru před
problematickými či podvodnými publikacemi a nešířit tak jejich vliv.
 Část problematických publikací je možné odhalit pomocí kontroly
obrazových dat.
 Před další částí těchto publikací je ochrana obtížná, je tudíž nutné znát
a sledovat informační zdroje pokrývající nejnovější trendy v tomto
oboru.
 Ochrana vědeckého poznání (scientific record) by měla být povinností
každého vědce, je tudíž třeba na problematické publikace aktivně
upozorňovat a vyžadovat jejich opravu/stažení.
Děkuji za pozornost!