Složení mikrobiomu u BRAF pozitivních nádorů
kolorekta
Barbora Zwinsová
 Mutace protoonkogenu BRAF, důležitého člena MAPK/ERK
signální dráhy regulující růst a proliferaci buněk, se objevuje
u nemetastazujících nádorů (15% KRK)
 V600E, kdy je valin na pozici 600 aminokyseliny zaměněn za
kyselinu glutamovou, vede ke stálé aktivaci BRAF proteinu a
ten pak nereaguje na fyziologickou regulaci a ve většině
případů ani na léčbu inhibitory EGFR
 Pacienti mají horší prognózu a včasné odhalení nádoru s touto
mutací může zvýšit dobu jejich přežití
E4013 Týmový projekt z Matematické biologie a biomedicíny – biomedicínská bioinformatika (jaro 2023)
BRAF positive populace
 Popovici et al. 2012 vytvořil klasifikátor založený na genové expresi
 Pacienti, kteří nebyli BRAFmut, ale na základě klasifikátoru byli označování
jako BRAFmut (BRAFpos) vykazovali podobné rysy jako BRAFmut
Hlavní kroky projektu:
1. Nastudovat si mikrobiomová data z 16S rRNA
sekvenování a WMGS
2. Nastudovat si regresní modely a vícerozměrné
statistické metody a jejich aplikace v R
3. Popsat rozdíly v diverzitě a ve složení mikrobiomu z
nádorových stěrů mezi BRAFmut/BRAFpos/BRAFwt
4. Zjistit, zda se jednotlivé skupiny liší složení mikrobiomu
ve stolici
5. Výsledky vizualizovat a interpretovat
Je mikroprostředí BRAFpos nádorů podobné nádorům BRAFmut?