´Bi4013 Týmový projekt z Matematické biologie a biomedicíny – biomedicínská bioinformatika (jaro
2023)
Rozdíl ve střevním mikrobiomu, metabolomu a proteomu
mekonií a prvních stolic novorozeňat
•Mikrobiom – soubor mikroorganizmů v prostředí - ovlivňuje zdraví člověka
•Složení mikrobiomu je studováno analýzou jeho genomu – metagenomu
•
•Střevní mikrobiom úzce souvisí s metabolity a proteiny přítomnými ve stolici
(existují jak patogenní, tak zdraví prospěšné bakterie a také metabolity a proteiny
značící dobrý nebo spíše patologický stav organismu)
•
•Střevní mikrobiom narozených dětí se velmi rychle vyvíjí a mění v čase, přičemž se má za to, že
bakterie osidlují dětská střeva až po porodu
•Měl by být tedy zásadní rozdíl mezi mikrobiomovým, proteinovým i metabolickým složením smolky
(meconia) a stolice
•
•
•
•
•
•
A picture containing text, vector graphics, silhouette, clipart Description automatically generated

´Bi4013 Týmový projekt z Matematické biologie a biomedicíny – biomedicínská bioinformatika (jaro
2023)
Rozdíl ve střevním mikrobiomu, metabolomu a proteomu
mekonií a prvních stolic novorozeňat
 Cílem projektu bude zodpovědět následující otázku:
„Existují rozdíly (a jaké) v „multiomicsovém“ složení mekonia a stolice dětí odebrané v prvních
hodinách po porodu?“
•
•
•
A cartoon of a cat wearing glasses Description automatically generated with low confidence

´Bi4013 Týmový projekt z Matematické biologie a biomedicíny – biomedicínská bioinformatika (jaro
2023)
Rozdíl ve střevním mikrobiomu, metabolomu a proteomu
mekonií a prvních stolic novorozeňat
Hlavní kroky projektu:
1.
1.Nastudovat princip 16S rRNA sekvenování mikrobiomu a zorientovat se ve výsledných datech
2.
2.Zorientovat se v datech koncentrací 9 proteinů a  7 metabolitů ve stolici a principu jejich
získání
3.
3.Seznámit se s prací v Rstudiu
4.
4.Připravit data k analýze  (filtrace, nahrazení nul, relativizace dat, normalizace dat)
5.
5.Popsat rozdíly v koncentracích proteinů, metabolitů v alfa i beta diverzitě mikrobiomu mezi typy
stolice (vhodným postupem vizualizovat a statisticky otestovat)
6.
6.Výsledky vhodně interpretovat
•