Eva Budinská
magisterské štúdium: Matematická biológia ­ prvý ro ník Mb
ako takej
diplomová práce: Využitie štatistických metód pre analýzu
genetických patologických stavov
Katedra molekulární biologie a genetiky P F,
doc. RNDr. Petr Kuglík, Csc.
Stanovenie deliacej hranice pre Ph chromozóm u pacientov s CML
ROC analýza
Identifikácia významných znakov DiGeorgeovho syndrómu
logistická regresia
doktorské studium: Onkologie, Lekárska fakulta
téza: Biomathematical approach to tumour genome profiling data
Biomatematické
modelovanie dát genetických
profilov nádorov.
Eva Budinská
PhD. student, školitel: doc. RNDr. Ladislav Dušek, PhD.
Lekárska fakulta, MU, obor: Onkologie
GENETICKÝ PROFIL NÁDORU
I. DNA -> RNA -> PROTEÍN:
ˇ tieto procesy prebiehajú v každej bunke
ˇ sú prísne regulované
ˇ genetická nestabilita nádorov
II. O JE TO ,,MICROARRAYS"?
nová stále sa vylepšujúca technológia analýzy genómu a
jeho expresie
umož uje analýzu tisícov génov v jednom experimente
Proteínové microarrays
Expresné microrrays
CGH microarrays
(zmeny v po te kópií génov)
nová stále sa vylepšujúca technológia analýzy genómu
a jeho expresie
umož uje analýzu tisícov génov v jednom experimente
Proteínové microarrays
Expresné microrrays
CGH microarrays
(zmeny v po te kópií génov)
II. CGH arrays
III. AKO TO FUNGUJE?
Zdroj: http://www.fao.org/DOCREP/003/X6884E/x6884e00.jpg
F. Analýza obrazu
(snímanie intenzít
jednotlivých kanálov)
Dátový súbor:
tisíce riadkov (génov)
X desiatky st pcov
- íselné hodnoty intenzít
testovanej a referen nej
RNA (+ hodnoty pozadí... )
- kontrola kvality spotov
- ...
spot
alšia analýza
1. úpravy datového súboru
2. ur enie odlišných génov
3. klasifikácia, predikcia....
IV. AKO VYZERÁ TEN DÁTOVÝ SÚBOR?
V. SCHÉMA
HYBRIDIZÁCIA
SKENOVANIE
ANALÝZA
OBRAZU
NORMALIZÁCIA
!
!DESIGN !
MICROARRAY
SKLÍ KO
TIFF OBRÁZOK DÁTOVÝ SÚBOR
UPRAVENÝ
DÁTOVÝ SÚBOR
ALŠIE
INFORMÁCIE Z
EXTERNÝCH
ZDROJOV
ZÁVERY A
INTERPRETÁCIE
VEDECKÉ A
KLINICKÉ VYUŽITIE
VLASTNÁ ANALÝZA
MICROARRAY DÁT:
a) výber významných génov
b) mnohorozmerné metódy
!
delecia = strata genetickej informácie v testovanej
DNA v porovnaní s referen nou DNA
amplifikácia = zmno enie genetickej informácie v
testovanej DNA v porovnaní s referen nou DNA
Poradie na genóme
VI. VÝBER VÝZNAMNÝCH GÉNOV u CGH ARRAYS
log2ratio = log2
intenzita testovanej (nádorovej) DNA
intenzita referen nej (zdravej) DNA
VII. VYUŽITIE
1. v diagnostike, epidemiológii, klasifikácii nádorov
až 90% udských nádorov - genetická nestabilita: zmeny v po te
chromozómov, mnohonásobné génové amplifikácie a delecie,
zmeny v génovej expresii
=> klinická rozdielnos histologicky podobých nádorov
potreba komplexnej analýzy nádorov na úrovni DNA, RNA i
proteínov
2. štúdie rozlišujúce jednotlivé druhy (baktérie...)
3. konštrukcia fylogenetických stromov
VIII. PROJEKTY NA KTORÝCH PRACUJEM
Vývin metódy pre detekciu bodov zlomu u array CGH dát
(spolupráca s E. Gelnarovou a prof. Schimekom)
EMIL (Effective MIcroarray InteLligence) UIRON
vývin robota ako sprievodcu a pomocníka
analýzou microarrays
spolupráca s P. Lidmanom a e-Trium group
Analýza konkrétnych microarray dát:
MOÚ, FN Olomouc
Využitie zmiešaných modelov (mixed effect models) v detekcii
bodov zlomu u CGH array dát viacerých pacientov v
klinických skupinách ­ spolupráca s INA-PG, Paris (team
S.Robina)
IX. Záver
AKUJEM ZA POZORNOS
budinska@iba.muni.cz