MU IBA www.iba.muni.cz INSTITUTE OF BIOSTATISTICS AND ANALYSIS Ä- Faculty of Medicine and Faculty of Science, Masaryk University Jiří Jarkovský 'CT**' tWa-Tž OOP... MfifíX SvVC&fLV Jak to všechno začal Základní škola - zájem o vše možné Gymnázium - zájem o biologii a počítače Kam dále? Maturita biologie/matematika Vzhůru za biologií na MU IBA ■ První zjištění: vysoká škola je něco zcela jiného než dřívější studium ■ Přednášky a cvičení - méně důležitá část:-) ■ Nezbytnost najít si svůj obor působnosti a najít si ho RYCHLE Po dvou letech hledání ■ Oddělení parazitológie TEA fľl#» Parazita gi siaiisiiKa Zajímavá věda a zajímavá data 1999 - diplomová práce: „Diverzita společenstev vícebuněčných cizopasníků jelce tloustě {Leuciscus cephalus) v podmínkách environmentálního stresu" Velký objem dat Nezbytnost s nimy něco statisticky udělat + statistika je také zajímavá IBA fft#» Parazitolog ■ Od 1999 DSP v oboru parazitológie Analýza parazitárních společenstev i hodnocení jednotlivých druhů ■ Hodnocení biodiverzity ■ Vícerozměrná analýza Stále větší posun k analýze dat University of Perpignan: spolupráce v analýze dat 2001 - účast na konkurzu na IBA MU IBA IBA fft#» Působení na I Od roku 2002 Hlavní specializace - analýza společenstev a z toho vyplývající postupy a jejich aplikace i v jiných oblastech ■ Hodnocení biodiverzity ■ Vícerozměrná analýza dat Výuka a matematická biologie 2004 - DSP práce „Aplikace moderních matematických metod hodnocení biodiverzity při studiu společenstev cizopasníků" 2005 - RNDr. práce „Návrh robustní vícerozměrné metody hodnocení kvality povrchových vod" IBA fft#» Výuka na IBA Matematická biologie Lékařská fakulta MU ■ Analýza klinických dat (BMAK051) ■ Plánování a optimalizace experimentů (BMOE061) Přírodovědecká fakulta MU ■ Biostatistika (BÍ5040) ■ Vícerozměrné statistické metody (BÍ8600) ■ Statistické hodnocení biodiverzity (BÍ5980) ■ Základy stochastického modelování (BÍ7490) ■ Analýza dat na PC I (BÍ7541) ■ Analýza dat na PC II (BÍ8660) IBA fft#» S čím se na mně můžete obracet Vaše studium ■ Vše co na třídního učitele (Danka Némethová) v kopii i na mne ■ Obracejte se na nás se všemi studijními problémy Věda a práce na projektech ■ Populace, společenstva, ekologie, organismy a prostředí ■ Vícerozměrná analýza v různých biologických, medicínských a antropologických aplikacích ■ Microarrays IBA fft#» JJ TRITON" Biomonitoring povrchových vod ■ Chemické a další abiotické ukazatele ■ Společenstva makrozoobentosu, metadata o druzích Cca 300 lokalit se sběrem společenstev, 1000 s abiotickými parametry (časové řady 10 let) Pokrytí projektem MŽP Problémy k řešení - hlavní ■ Shluková analýza (neeuklidovské metriky) ■ Robustní klasifikace ■ Predikce očekávaných hodnot a ověření její robustnosti ■ Ověření kvality podkladových dat - bootstrap, jack-knife Další možnosti analýz ■ Valenční křivky - průběh závislosti výskytu druhu na gradientu prostředí ■ Species abundance modely ■ GIS analýzy Kontaktní osoba: Jarkovský Společenstva vodního květu ■ Složení společenstev sinic a dalších organizmů vodního květu ■ Časové řady Brněnská přehrada ■ Společenstva vodního květu na třeboňských rybnících - v případě úspěchu grantu ■ Problémy k řešení ■ Vícerozměrná analýza společenstev ■ Časové řady společenstev ■ Analýza biodiverzity - druhová diverzita, diverzita proteinů a morfotypu ■ Species abundance modely ■ Analýza morfotypu - analýza tvarů Kontaktní osoba: Némethová po konzultaci s B. Maršálkem IBA Microarray Exprese/výskyt genů - stovky až tisíce genů pro jednoho pacienta Dostupná data ■ Prof. Jarošová - CGH arrays, veterina - CGH arrays baktérií ■ Hledání zlomů v prostorově uspořádaných hodnotách ■ Kontaktní osoba - Budínská ■ Veterina - expesní arraye ■ Design microarray experimentu - velikost vzorku, kvantifikace variability opakovaných experimentů ■ Kontaktní osoba - Jarkovský ■ CAMDA 2006 ■ Soutěž v analýze microarrays dat - získání zajímavých výsledků jakýmkoliv způsobem ■ Chronický únavový syndrom - expresní, CGH, proteinová arraye + klinická data ■ Současný stav - zřejmě nemáme šanci udělat odpovědně analýzu, nicméně je zde prostor pro jakékoliv hraní ■ Kontaktní osoba - Jarkovský ■ Obecné microarray problémy ■ Shluková analýza, klasifikace ■ Testování významnosti ■ Genomic traits - propojení metadat o funkčnosti genů a jejich vazbách s daty microarrays ■ nové nastartování spolupráce s LOM, další kontakty - Olomouc, volně šiřitelná data (např. Stanford microarrays databáze) ■ Kontaktní osoby - Pavlík, Budínská, Jarkovský IBA