Tomáš Pavlík
pavlik@iba.muni.cz

^ ^'í
l^^
Úvod do matematické biologie 17.10.2006
Magisterské studium
2.ročník absolventů oboru Matematická biologie absolvent staré formy studia
Magisterské studium Postgraduální studium
diplomová práce na Katedře aplikované matematiky téma: Statistická analýza dat získaných z DNA mikročipu
Násobné testování hypotéz                            Shluková analýza
disertační práce opět na Katedře aplikované matematiky téma: Klasifikační metody v oblasti DNA mikročipu
IBA
mis
Control Call
Experimental Cell
mRNA extracted from cell
ReverEB transcription,
flunresGendy labeled
with Cy3 (Green)
and C vi (Red)
Technologie DNA mikročipů Výhody
-   Zkoumáme odlišnosti v dění v buňkách různého původu
-   Rychlý experiment
-   Tisíce genů zároveň
Nevýhody
-   Vícekrokový experiment
-   Nepřesnosti v datech data
«DNA mic ostray
Combine eqjBl amount and hybridize onto microsrray
IBA
mis
bv
%; Analýza dat z DNA mikročipu
•;wž

Analýza dat z microarrays:
-  identifikace             CJ-^^ zajímavých genů
-  klasifikace shluková analýza
-  propojení expresních + klinických dat
Spojení s databázemi - vyhledávání informací o genech, jejich spojení a možných vlivech na chod buňky
IBA
mis
Analýza přežiti
Klasická analýza přežití
- studujeme čas předcházející události, která nás zajímá progrese nemoci, ...); nechceme pouze počty událostí
54
WfmW	
	
Analýza přežití - uplatnění v praxi
Klinické studie -jedna z fází vývoje nového léku
		Pne-ťJínkal	G i nisi		-►
ID of molecular targets		p                                              p			
	Target validation				
		■ Animal models ^b^       ■ Drug metabolism —p-Screening  —p- Leads      ■ Safety assessment ■  Pharmacy ■  Process chemistry    ,	Ph 1	Ph II á	:
					
					
Analýza přežití v registrech pacientů s vážným onemocněním -vyhodnocování léčby pacientů s těžkými chorobami
Možnosti pro matematický rozvoj - vícestavová analýza přežití („pacienti se mohou vracet mezi živé")
Analýza přežiti v epidemiologii
Epidemiologie nádorů v ČR - Projekt SVOD
- Celkové přežití - přežívání
ezivani
LCR celkově
Relativní přežití - přežívání pacientů vztažené na přežívání celé populace ČR
- Hodnocení trendů v populaci - ? zlepšení nebo zhoršení ?
- Vliv preventivních opatření