Polymorfísmus a heterozygotnost =[C-n(m-k)]/JC = (nc-Zc12)/jc(n-l) n = počet molekul vzorku - počet homologních molekul DNA m = počet restrikčních míst, které se nachází alespoň u jedné molekuly ve vzorku k = počet restrikčních míst, které nejsou alespoň u jedné molekuly ve vzorku štěpeny j = počet nukleotidů v cílové sekvenci i = číslo označující konkrétní reštrikční místo .... hodnoty 1 až m c{ = počet molekul ve vzorku, které jsou štěpeny v restrikčním místě i c = Lq - součet všech štěpených molekul na všech místech Polymorfísmus a heterozygotnost PŘÍKLAD 4 Při studiu variace v restrikčních místech v oblasti genu pro alkoholdehydrogenázu u Drosophila melanogaster určité populace bylo zjištěno, že tato oblast obsahovala celkem 23 šestmukleotidových míst pro pět restrikčních enzymů z nichž 16 bylo štěpeno u všech jedinců ve vzorku. Uvedené údaje znázorňují přítomnost (+) nebo nepřítomnost (-) sedmi míst, u kterých byl ve vzorku 10 chromozomů nalezen polymorfísmus. Použijte rovnice 1.3 a 1.4 k odhadu podílu polymorfních nukleotidů a heterozygotnosti nukleotidových míst ve vzorku. BamHl Hinalll Psň Xho\ + + Psň + EcoRl EcoRl + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + Polymorfísmus a heterozygotnost Chromozomy BamH1 Hind\\\ Pst\ Xho\ Pst\ EcoRI EcoRI +16 1 + - - + + - - + 2 + - - - - + + + 3 - - + - - + - + 4 - + - + - + + + 5 - + - + - + + + 6 - + - + - + + + 7 - + - + - + + + 8 - + - + - + + + 9 - + - + - + + + 10 - - - + - + - + n - počet homologních molekul DNA m - počet restrikčních míst, které se nachází alespoň u jedné molekuly ve vzorku k - počet restrikčních míst, které nejsou alespoň u jedné molekuly ve vzorku štěpeny j - počet nukleotidů v cílové sekvenci i - číslo označující konkrétní reštrikční místo c— počet molekul ve vzorku, které jsou štěpeny v restrikčním místě i c - LCi - součet všech štěpených molekul na všech místech n=10 m = 23 k = 7 j = 6 Polymorfísmus a heterozygotnost n=10 cx = 2 m = 23 c2 = 6 k = 7 c3=l j = 6 c4 = 8 c5=l c6 = 9 c7= 7 C8-23 = 10 V 16 34+160 —► c =194 Xq2 = [22 + 62 +.....+ 16(102)] = 1836 = [c - n (m - k)] /je = 194 - 10 (23 - 7) / 6 x 194 = 0,029 = (nc-Xc12)/jc(n-l) = 0,01 2,9 % zkoumaných lokusů bylo polymorfních 1 % bylo heterozygotních Polymorfísmus a heterozygotnost PŘÍKLAD 6 Z určité populace Drosophila melanogaster bylo izolováno 60 chromozomů. U 29 z nich bylo nalezeno čtyřnukleotidové reštrikční místo pro enzym Bani, které se nachází uvnitř velkého intronu larválního transknptu genu pro alkoholdehydrogenázu. Označíme přítomnost tohoto restrikčního místa na chromozomu jako B a nepřítomnost jako b. Vypočtěte očekávané genotypové četnosti BB; Bb a bb za předpokladů platnosti HW četností. Použijte rovnice 1.3 a 1.4 na str. 28 pro odliad úrovně nukleotidového polymorfismu u čtyř nukleotidů na Bani místě. U ^ t win MiXfZ&uo /&8ük&//)//To Bah I ftswtc) fy) OC&tdi/A^é 6^r?ŕo * °-ir < Hm„ > = 4 «? 'Mjc f V i tiodhl ik.fi.tfr w \f fcTeM faViU - nhr* tisu & n/fCtr M (v P**) fi tát* & n 4* %Ít f§ Hardy - Weinbergův princip PŘIKLAD 7 U člověka existují krevní skupiny podobné systému MN, kontrolované jedním genem se dvěma alelami, S a s, kde lze také rozlišit všechny tri genotypy. U stejné populace o 1 000 jedincích, u které byly zjišťovány výše uvedené údaje o krevních skupinách MN, byly zjištěny tyto genotypové četnosti v systému S/s: 99 SS, 418 Ss a 483 ss. Vypočtěte alelové četnost/ S (p) a s (q) a pomoci testu %7 zjistěte, zda se pozorované genotypové četnosti shodují s četnostmi očekávanými podle HW principu. J AteLh J(A (í{P*&Ttf tem ÍA - W Áh - ^ IT JrJ f*nod XXl$?tTifZße ((f /^^ ô&rwin fruw/ Y ôZ&ÁM^* OLv- ŕV^ fanetŕ^ ČT feľV\ j f0US Mj *Í» CM-n,*')1 /W-K&ŕ; (ta-títM} ^37? Hodnoty X2 pro pravděpodobnost P - 0,95 až 0,001 pro N = 1 až 30 N 0,95 0,90 0,80 0,70 0,50 0,30 0,10 0,05 0,02 0,01 0,001 í 0,004 0,016 0,064 0,15 0,46 1,07 2,71 3,84 5,41 6,64 10,83 2 0,1O3 0,21 0,45 0,71 1,39 2,41 4,61 5,99 7,82 9,21 13,82 3 0,35 0,58 1 ,01 1,42 2,37 3,67 6,25 7,82 9,84 11,34 16,27 4 0,71 " 1 ,06 1,65 2,20 3,36 4,88 7,78 9,49 11,67 13,28 18,47 5 1,15 * 1,61 2,34 3,00 4,35 6,06- 9,24 11,07 13,39 15,09 20,52 6 1,63 2,20 3,07 3,83 5,35 7,23 10,65 12,59 15,03 16,81 22,46 7 2..1? 2,83 3,82 4,67 6,35 8,38 12,02 14,07 16,62 18,48 24,32 8 2,73 3,49 4,59 5,53 7,34 9,52 13,36 15,51 18,17 20,09 26,13 9 3,32 4,17 5,38 6,39. 8,34 10,66 14,68 16,92 19,68 21,67 27,88 10 3,94 4,87 6,18 7,27 9,34 11,78 15,99 18,31 21,16 23,21 29,59 11 4,57 5,58 6,99 8,15 10,34 12,90 17,28 19,68 22,62 24,73 31 ,26 12 5,23 6,30 7,81 9,03 11,34 14,01 18,55 21 ,03 24,05 26,22 32,91 13 5,89 7,04 8,63 9,93 12,34 15,12 19,81 22,36 25,36 27,69 34,53. H 6,5? 7,79 9,47 10,82 Í3,34 16,22 21,06 23,69 26,87 29,14 36,12 15 7,26 8,55 10,31 11,72 14,34 17,32 22,31 25,00 28,26 30,58 37,70 16 7,96 9,31 11,15 12,62 15,34 18,42 23,54 26,30 29,63 32,00 39,25 17 8,67 10,09 12,00 13,53 16,34 19,51 24,77 27,59 31 ,00 33,41 40,79 18 9,39 10,87 12,86 14,44 17,34 20,6.0 25,99 28,87 32,35 34,81 42,31 19 10,12 . 11,65 13,72 15,35 18,34 21,69 27,20 30,14 33,69 36,19 43,82 20 10,85 12,44 14,58 16,27 19,34 22,78 28,41 31,41 35,02 37, vr 45,32 JrJ f*nod XXl$?tTifZße {r fr**M/*éŕ &&*& fruw/ Y ôZ&ÁM^* OLv- ŕV^ fanetŕ^ ČT feľV\ j f0US Mj Q:L-- í. TT — 71,4» } J_X Of m ^ # - i/*, ^J JHm /j/$ fco/ZT [vMh&nropr)