microRNA endogenní malé molekuly RNA, kódovány geny ODLIŠNÝMI od těch, jež regulují. 21 nt, vazba na parciálně komplementární místa na 3´netranslatovaném konci cílové mRNA represe transkripce. Vznik z vlásenkového prekursoru (70 bp). U rostlin – maturované miRNA jsou metylované (HEN1), ochrana před degradací . Typické heterochromatinové oblasti § Centromery – sekvence odpovědné za organizaci kinetochoru, řídí pohyb chromozomů při dělení buňky. § Pericentromery – spojují sesterské centromery, oddělují centromery od ramen chromozomu. Telomery – nukleoproteinové struktury na koncích lineárních chromozomů (ochrana, replikace a stabilizace konce chromozomu). RNAi a heterochromatin - rostliny § 90 – 95% endogenních siRNA odpovídá transpozonům a vysoce metylovaným repetitivním sekvencím (transkripce PŘES centrum obrácené repetice,v důsledku inzerce repetice do transpozonu,..). § FWA (kóduje protein kontrolující kvetení), exprimován v endospermu, ve vegetativních tkáních umlčen (TGS-metylace promotoru). Inzerce transgenu FWA: umlčen ve „wild type“, exprimován v mutantních rostlinách (dcl3, rdr2, ago4) – pozdně kvetoucí fenotyp.