Čeleď Nocardiaceae Doména Bacteria, kmen Actinobacteria, třída Actinobacteria, řád Actinomycetales. - nepohyblivé, G+, G+/-, acidorezistentní, meso-DAP, ARA, GAL - široce rozšířené v půdě, patogeny živočichů včetně člověka Rody: Nocardia, Rhodococcus Nocardia - větvená vegetativní vlákna substrátového mycelia, vzdušné mycelium - rozpadají se do nepohyblivých částic; G+ až G+/-; acidorezistentní - aerobní, mezofilní, chemoorganotrofní, kataláza pozitivní - chybně zařazeno - na základě morfologie - morfologie, lipidy, složení peptidoglykanu - půda, oportunně patogenní, voda, rostliny, hmyz, zvířata N. asteroides – saprofyticky v půdě, některé patogenní pro člověka, zvířata Rhodococcus - G+ tyčky, větvené substrátové mycelium, vlákna se rozpadají; slabé vzdušné hyfy, mohou být acidorezistentní - aerobní, chemoorganotrofní, citlivé k lysozymu; pigmentované - schopny využívat široké rozmezí organických látek - chemotaxonomie klíčová pro klasifikaci - půda, hnůj, někteří patogenní, voda, členovci - druhově bohatý rod R. rhodochrous – oranžové, červené kolonie, půda R. equi – cyklus tyčka–kok; původně korynebakterium; půda, hnůj; bronchopneumonie, infekce dalších domácích zvířat i člověka Čeleď Tsukamurellaceae Doména Bacteria, kmen Actinobacteria, třída Actinobacteria, řád Actinomycetales. - nepohyblivé, stěna obsahuje meso-DAP kyselinu, ARA, GAL - půda, někteří patogeny člověka Rod: Tsukamurella Tsukamurella - přeřazení korynebakterií, rodokoků, následně další popisy - rovné, zakřivené tyčky, jednotlivě, po dvou, v nepravidelných shlucích - kolonie malé, smetanově bílé, oranžové, G+, acidorezistentní - obligátně aerobní, chemotaxonomie je klíčová - půda, hmyz, sputum od lidí Čeleď Micromonosporaceae Doména Bacteria, kmen Actinobacteria, třída Actinobacteria, řád Actinomycetales. - „actinoplanetes“, adaptace na vodní prostředí, pohyblivé - G+, neacidorezistentní, vlákna se nerozpadají, větvená, přehrádky - meso-DAP a GLY; ARA, XYL; aerobní, mezofilní, pigmentované - půda, rozkládající se rostlinný materiál, vodní prostředí Rody: Micromonospora, Actinoplanes, Asanoa, Catellatospora, Catenuloplanes, Couchioplanes, Dactylosporangium, Pilimelia, Salinispora, Spirilliplanes, Verrucosispora, Virgisporangium Micromonospora - větvené mycelium s přehrádkami, není vzdušné mycelium, spory nepohyblivé, netvoří sporangium, spory na sporoforách - nažloutlé, světle oranžové, červené, hnědé, modrozelené, fialové - G+, neacidorezistentní, mezofilní, aerobní, mikroaerofilní - půda, vodní prostředí (jezerní bahno, říční sedimenty), mořské prostředí; anaerobní druhy ve střevě termitů, v bachoru ovcí Actinoplanes - nerozpadající, větvící substrátové mycelium; vzdušné mycelium netvoří - sporangia na vrcholu stélek, vláken (palisádové formace), pigmenty - spory kulaté, tyčky (fragmentace), pohyblivé - smočení sporangia - uvolňovány spory, bičíky - aerobní, grampozitivní, neacidorezistentní, chemoorganotrofní, mezofilní, mírně termofilní - celosvětově rozšířené, půdy, rozkládající se rostlinný materiál (rozklad xylózy, pentóz) Pilimelia - sporangia na sporangioforech, vlákna substrátového mycelia se větví, přehrádky, vzdušné mycelium se nevyvíjí - tvar sporangií kulatý, ovoidní, hruškovitý, zvonkovitý, válečkovitý (množství spor v řetízcích), spory tvaru tyček, pohyblivé - rostou na komplexních médiích, pigmentované - G+, aerobní, chemoorganotrofní, mezofilní - půda, schopné rozkládat keratinové složky (chlupy savců), nepůsobí jako dermatofyta Čeleď Propionibacteriaceae Doména Bacteria, kmen Actinobacteria, třída Actinobacteria, řád Actinomycetales. - ustanovena na základě sekvencí nukleotidů při analýze 16S rDNA - morfologicky, fenotypově velmi heterogenní; nepravidelné tyčky - neproteolytické, sacharolytické, anaerobní, aerotolerantní - střevní trakt živočichů, člověka, kůži, prostředí, klinický materiál Rody: Propionibacterium, Luteococcus, Microlunatus, Propioniferax, Propionimicrobium, Tessaracoccus Propionibacterium - pleomorfní tyčky, kyjovitý tvar, kokoidní, „V“, „Y“, nikdy vlákna - G+, nepohyblivé, nesporulující, fakultativně anaerobní (aerotolerance) - chemoorganotrofní, komplexní médium, fermentatorní - kataláza pozitivní, mohou tvořit pigmenty; dělí se dle výskytu: Druhy ze sýrů či jiných mléčných výrobků: P. freudenreichii – izolováno z mléka, sýrů, různých potravin Druhy typické pro kůži člověka: (mohou být i jinde, např. střevní trakt) P. acnes – kůže člověka, původce akné, klinický materiál P. propionicum – dříve „Arachnia propionica“ Luteococcus - G+ koky, jednotlivě, po dvou, v tetrádách, netvoří endospory - krémové až žluté, fakultativně anaerobní, kataláza, oxidáza pozitivní - jako hlavní produkt tvoří kyselinu propionovou - chemotaxonomické metody klíčové (LL-diaminopimelová kyselina) - půda, voda, humánní klinický materiál (peritoneum) Propioniferax - pleomorfní G+ tyčky, shluky, „V“; neacidorezistentní, nepohyblivé - fakultativně anaerobní, rostou aerobně na KA s koňskou krví - kataláza, oxidáza pozitivní, produkují kyselinu propionovou - chemotaxonomické metody klíčové (LL-diaminopimelová kyselina) - povrch kůže u člověka (propionibakterium) Propionimicrobium - pleomorfní G+ tyčky, kokovité, kyjovité, nepohyblivé, nesporulující - anaerobní, chemoorganotrofní, produktem jsou karboxylové kyseliny - chemotaxonomické metody klíčové pro rodovou diferenciaci - humánní, veterinární klinický materiál (propionibakterium) Čeleď Nocardioidaceae Doména Bacteria, kmen Actinobacteria, třída Actinobacteria, řád Actinomycetales. - čeleď ustanovena v roce 1990, původně dva rody - sestava, složení nukleotidů genu pro 16S rDNA - pleomorfní G+ tyčky, větvené mycelium, může se rozpadat - často pohyblivé, neacidorezistentní, aerobní, chemoorganotrofní - především v půdě Rody: Nocardioides, Aeromicrobium, Actinopolymorpha, Friedmanniella, Hongia, Jiangella, Kribbella, Micropruina, Marmoricola, Propionicimonas Nocardioides - povrchové mycelium větvené, rozpadá se, vzdušné mycelium z větvících se, nevětvených vláken, rozpadají se; obojí fragmenty = nové mycelium - diferenciace dle chemického složení stěny, obsahuje LL-DAP kyselinu - G+, neacidorezistentní, striktně aerobní - izolovány z nejrůznějších půd, vyskytují se i na rostlinách; patogenita nezjištěna Aeromicrobium - nepravidelné, malé, krátké G+ tyčky, koky, jednotlivě, nepohyblivé - odlišují se sekvencováním 16S rDNA, složením peptidoglykanu, mastných kyselin - aerobní, béžové, chemoorganotrofní, rostou na běžných médiích - metabolismus respiratorní, kataláza pozitivní, neredukují nitráty - půdy v tropech; produkují antibiotikum erythromycin Čeleď Pseudonocardiaceae Doména Bacteria, kmen Actinobacteria, třída Actinobacteria, řád Actinomycetales. - morfologicky, fyziologicky nestejné, větvené hyfy, spory na hyfách - fragmentace mycelia není obvyklý rys; G+, neacidorezistentní, aerobní - nepohyblivé, chemoorganotrofní, fakultativně autotrofní; prostředí Rody: Pseudonocardia, Actinoalloteichus, Actinopolyspora, Amycolatopsis, Crossiella, Kibdelosporangium, Kutzneria, Prauserella, Saccharomonospora, Saccharopolyspora, Streptoalloteichus, Thermobispora, Thermocrispum Pseudonocardia - substrátové, vzdušné mycelium, spory, vlákna větvená, segmentovaná - mohou se rozpadat; spory hladkostěnné, bodlinaté, rozmanité velikosti - fosfolipidy v buněčné stěně = chemotaxonomický znak, menachinony - G+, neacidorezistentní, nepohyblivé, aerobní, mezofilní, termofilní - zástupci „Amycolata“, a „Pseudoamycolata“ - vzduch, půda, rozkládající se rostliny; ojediněle klinický materiál Kibdelosporangium - větvená vegetativní vlákna, kompaktní vrstva, fragmentace, struktury - vlákna - řetízky konidií, „sporangia“ - hydrolyzát obsahuje ARA, GAL, maduróza - nepohyblivé, G+, neacidorezistentní, aerobní - produkují glykopeptidová antibiotika - půdy (široce rozšířené, nepříliš časté) Saccharopolyspora - mycelium větvené, rozpadající se; vzdušné mycelium segmentováno - mukózní, rosolovité, vzdušné mycelium řídké (chomáčky) - G+, neacidorezistentní, aerobní, mezofilní, termofilní - využívají řadu látek, rezistentní k mnoha ATB - analýza fosfolipidů, menachinonů - přeřazeni zástupci „Micropolyspora“, „Faenia“ - výlisky třtiny, suchá píce, půda, zahřívající se rostlinný materiál, ojediněle humánní materiál S. rectivirgula – „M. faenii“, „F. rectivirgula“, nepatogenní, inhalace spor = tzv. farmářské plíce, celosvětově rozšířené onemocnění Čeleď Actinosynnemataceae Doména Bacteria, kmen Actinobacteria, třída Actinobacteria, řád Actinomycetales. - aerobní, vegetativní mycelium větvené, vzdušné mycelium se rozpadá - synemata (svazek hyf, konidie); vegetativní mycelium fragmentováno - G+, neacidorezistentní, rezistentní k lysozymu; obsahuje meso-DAP - půda, rostlinný materiál Rody: Actinosynnema, Actinokineospora, Lechevalieria, Lentzea, Saccharothrix Actinosynnema - jemná vlákna, substrátová vlákna (dlouhá, větvící se, synemata); vzdušná vlákna nesoucí řetízky spor (bičíky ve vodním prostředí) - uspořádání spor, morfologie jsou rodově rozlišujícím znakem - G+, neacidorezistentní, obsahuje meso-DAP, aerobní, mezofilní - chemoorganotrofní, využita řada cukrů - povrch rostlinných tkání u rostlin rostoucích podél řek Actinokineospora - větvené vegetativní hyfy; vzdušné mycelium nevýrazné - vzdušné hyfy nesou řetízky konidií, ve vodním prostředí – zoospory - řetízky spor na vegetativních hyfách - 23 - 41 °C, pH 5,0 - 9,0; nerostou při 5% NaCl - hydrolyzát: ARA, GAL, GLU, MNE, RHA - fosfolipidy, analýza menachinonů - půdy na břehu řek Saccharothrix - větvené vegetativní mycelium, (vzdušné mycelium - (řetízky spor) - vegetativní, vzdušná vlákna se rozpadají, nepohyblivé - stěna: meso-DAP; hydrolyzát GAL, RHA - G+, aerobní, chemoorganotrofní, mezofilní - do rodu patří druhy zařazené v Nocardiopsis - půda Čeleď Streptomycetaceae Doména Bacteria, kmen Actinobacteria, třída Actinobacteria, řád Actinomycetales. - druhově nejpočetnější čeleď aerobních aktinomycet - produkce různých metabolitů; mají v buněčné stěně DAP kyselinu - vytváří trvalá vlákna, vzdušné mycelium - dlouhé řetízky spor Rody: Streptomyces, Kitasatospora, Streptoverticillium Streptomyces - vegetativní vlákna - větvené mycelium, vzdušné mycelium - řetízky spor, nepohyblivé, pigmenty (řetízky spor na substrátovém myceliu) - ve stěně mají L-DAP kyselinu a glycin; trvalá vlákna - vzhledu lišejníků, kožovité, „máselnaté“ kolonie; paleta pigmentů - aerobní, G+, neacidorezistentní, chemoorganotrofní, oxidativní typ metabolizmu (využívají řadu organických látek); produkují antibiotika - kataláza pozitivní, mezofilní, některé jsou psychrofilní, termofilní - půda, kompost, vodní prostředí; saprofytické, patogenní, fytopatogenní - identifikace problematická; druhy Streptomyces rozděleny do několika desítek skupin s téměř pěti sty druhy - validně popsány čtyři stovky streptomycet, řada nedostatečně charakterizována - skupina se taxonomicky vyvíjí, řada změn S. somaliensis – patogen člověka S. scabies – fytopatogenní Kitasatospora - vzdušné hyfy - řetízky spor; vegetativní mycelium se nerozpadá - netvoří sporangia, synemata, sklerotia - obsahuje GAL, L- i meso- izomery DAP - G+, aerobní, chemoorganotrofní, 15 - 42 °C; antibioticky aktivní látky - půda Streptoverticillium - substrátové mycelium větvené, vzdušné mycelium - tvar přeslenu - větev přeslenu produkuje okolík z řetízků spor, charakteristický tvar - reprodukce z fragmentů mycelia, klíčením spor - mají L-DAP, glycin; pigmenty zbarvující mycelium; G+, aerobní, chemoorganotrofní - antibakteriální, antifungální, antitumorální - saprofyticky v půdě Čeleď Streptosporangiaceae Doména Bacteria, kmen Actinobacteria, třída Actinobacteria, řád Actinomycetales. - původně „maduromycetes“; aerobní, G+, stabilní větvené substrátové mycelium nenesoucí spory, základ vzdušným hyfám se sporami - odlišení dle morfologie, složení stěny, homologie DNA a studiem rRNA - stěna obsahuje meso-DAP, hydrolyzát má cukr madurózu - neacidorezistentní, chemoorganotrofní, mezofilní, termofilní - půdní aktinomycety Rody: Streptosporangium, Acrocarpospora, Herbidospora, Microbispora, Microtetraspora, Nonomuraea, Planobispora, Planomonospora, Planopolyspora, Planotetraspora, Thermopolyspora Streptosporangium - stabilní, větvené mycelium, sporangia na hyfách, sporangiospory (arthrospory) tvořeny přehrádečným dělením vlákna hyfy, nepohyblivé - stěna obsahuje meso-DAP, maduróza je charakteristickým cukrem - G+, aerobní, chemoorganotrofní, mezofilní (termotolerantní), B vitaminy - půda, chlévská mrva, rozpadající se listy Microbispora - stabilní větvené mycelium, vzdušné mycelium - spory v párech - spory přisedlé, ve sporoforách, nepohyblivé - polární lipidy s glukosaminy, meso-DAP, maduróza - G+, neacidorezistentní, aerobní, mezofilní, termofilní, chemoorganotrofní, B vitaminy - půda Planomonospora - substrátové hyfy větvené, nerozpadají se, vzdušné hyfy řídce větvené - sporangia válcovitá, kyjovitá, pouze na vzdušném myceliu, spora (zoospora), pohyblivé - kolonie zbarvené, stěna obsahuje meso-DAP, maduróza - G+, neacidorezistentní, aerobní, mezofilní, chemoorganotrofní - půdy v nejrůznějších oblastech Čeleď Nocardiopsaceae Doména Bacteria, kmen Actinobacteria, třída Actinobacteria, řád Actinomycetales. - charakteristika shodná s popisem rodu Nocardiopsis Rody: Nocardiopsis, Streptomonospora, Thermobifida Nocardiopsis - substrátové mycelium - vlákna dlouhá, větvená, mohou se rozpadat - vzdušné mycelium bohaté, vlákna dlouhá, mírně větvená, kompletně se rozpadající do spor - spořádání spor, morfologie = rodově rozlišující znak - G+, neacidorezistentní, obsahuje meso-DAP, nemají mykolové kyseliny - G+, aerobní, chemoorganotrofní, řada látek slouží jako zdroj uhlíku a energie - půda, rostlinný materiál, na plesnivých zrnech, humánní, veterinární klinický materiál - řada druhů přeřazena do Saccharothrix (chemotaxonomie) Čeleď Thermomonosporaceae Doména Bacteria, kmen Actinobacteria, třída Actinobacteria, řád Actinomycetales. - aerobní, chemoorganotrofní, větvené vegetativní mycelium, vzdušná vlákna, mycelium stabilní, nerozpadá se - substrátové mycelium nenese spory, morfologie rodově rozlišující - chemotaxonomie nezbytná pro diferenciaci - meso-DAP; složení cukrů - rody Actinomadura a Spirillospora původně „maduromycetes“ Rody: Thermomonospora, Actinomadura, Spirillospora Thermomonospora - na vzdušných vláknech jednotlivé, nepohyblivé aleuriospory - větvené nerozpadající se vegetativní mycelium, překryto vzdušným myceliem, spory přisedlé, na špičkách sporofor - produkce mycelia, sporulace - při pH > 8,0 - G+, aerobní, chemoorganotrofní (spektrum látek, polymerů) - chemotaxonomie klíčová, obsahuje meso-DAP - vyžadují aminokyseliny, vitaminy; teplotní rozmezí 40 - 48 °C - produkují enzymy, jsou citlivé k novobiocinu - půda, hnůj, kompost, sušená píce (degradace organického materiálu; lignocelulózu rozkládající prokaryota) Actinomadura - větvená vegetativní vlákna tvoří nerozpadající se substrátové mycelium, (vzdušné mycelium) - vzdušné mycelium - řetízky arthrospor (rovné, hákovitě zahnuté, šroubovice; hladký, nepravidelný, vrásčitý, bodlinatý, bradavičnatý) - bílé, šedé, nažloutlé, žluté, červené, fialové, narůžovělé, modré, nazelenalé; kožený, chrupavčitý vzhled - obsahuje meso-DAP, madurózu - G+, aerobní, 10 - 60 °C, neacidorezistentní, chemoorganotrofní - půdy v různých oblastech, klinický materiál (patogenní pro zvířata i člověka) - frekvence výskytu v půdě závislá na obsahu humusu - početný rod s několika desítkami taxonů A. madurae – klinický materiál (mycetom – plísňový nádor), půda Čeleď Thermomonosporaceae - pokračování Spirillospora - sporangia na vzdušném myceliu, množství spor v řetízcích - spory tyčkovitého tvaru, zakřivené, pohyblivé - po smočení vodou se smyčky rozpadají do spor, následně pohyblivé - vlákna substrátového i vzdušného mycelia větvená, s přepážkami - maduróza je charakteristickým cukrem, stěna obsahuje meso-DAP - G+, aerobní, mezofilní, chemoorganotrofní - půda Čeleď Frankiaceae Doména Bacteria, kmen Actinobacteria, třída Actinobacteria, řád Actinomycetales. - dva navzájem odlišné rody - rod Frankia - mnohobuněčná sporangia, netvoří vzdušné mycelium - druhým rodem je Quadrisphaera, grampozitivní nesporulující koky - pomalu rostoucí, nutričně náročné, fixace N[2] (tvorba hlízek) Rod: Frankia, Quadrisphaera Frankia - vegetativní vlákna větvící se, netvoří vzdušné mycelium - stěna obsahuje meso-DAP - vícebuněčná sporangia, terminálně, laterálně ve vegetativních vláknech - sporangiospory nepohyblivé, nepravidelný tvar, vnější membrána - sporangium obsahuje spory různého stáří a velikosti - nitrogenázová aktivita kmenů fixujících N[2] - G+, G+/-, aerobní, mikroaerofilní, pigmenty - kataláza pozitivní, chemoorganotrofní, mezofilní, - symbionti rostlin, hlízky na kořenech hostitelů; ojediněle volně v půdě Čeleď Geodermatophilaceae Doména Bacteria, kmen Actinobacteria, třída Actinobacteria, řád Actinomycetales. - hyfy rudimentární, vzdušné mycelium chybí - stélka z kulatých, oválných buněk, propagula (vegetativní rozmnožování), pohyblivá, nepohyblivá, mohou vyklíčit - G+, aerobní, dusík – aminokyseliny, amoniak; uhlík - cukry, organické kyseliny, mastné kyseliny - pomalu rostoucí, nutričně náročné - půda, mořské prostředí Rody: Geodermatophilus, Blastococcus, Modestobacter Geodermatophilus - neopouzdřené mnohobuněčné stélky hlízovitého tvaru, rozpadá se, uvolňuje buňky; (zoospory, pohyblivé) - jednoduché substrátové mycelium, vzdušné mycelium netvoří - G+, stěna obsahuje meso-DAP, kyselinou glutamovou, alanin, glukosamin, kyselinou muramovou; hydrolyzát neobsahuje madurózu - vlákna, aerobní, chemoorganotrofní, mezofilní, netvoří pouzdra, spory pohyblivé, bez vnější membrány - půda, moře Čeleď Sporichthyaceae Doména Bacteria, kmen Actinobacteria, třída Actinobacteria, řád Actinomycetales. - jeden rod, charakteristika shodná s popisem rodu - původně řazeny do skupiny rodů příbuzných streptomycetám - pomalu rostoucí, nutričně náročné; nacházejí se v kompostu Rod: Sporichthya Sporichthya - krátké, řídké vzdušné mycelium, hyfy uloženy kolmo (příchytky) - trvalá vlákna, v buněční stěně mají L-DAP, glycin - substrátové mycelium netvoří, vzdušné mycelium - spory, pohyblivé - možná záměna s rodem Pseudonocardia (krátké řetízky vzdušných spor, omezené vegetativní mycelium) - G+/-, fakultativně anaerobní, mezofilní, chemoorganotrofní - obdělávaná půda Čeleď Acidothermaceae Doména Bacteria, kmen Actinobacteria, třída Actinobacteria, řád Actinomycetales. - pomalu rostoucí, nutričně náročné, netvoří hyfy, vyšší teplota - příslušnost k čeledi je dána pozicí nukleotidů genu pro 16S rRNA Rod: Acidothermus Acidothermus - štíhlé tyčky, vlákna se zakulacenými konci; gramlabilní, barví se G- - odlišná buněčná stěna od stěny G- buněk Thermus, Thermomicrobium - nepohyblivé, netvoří endospory, ztluštěniny - obligátně aerobní, termofilní, acidofilní - kyselé horké prameny A. cellulolyticus – rozkládá celulózu Čeleď Glycomycetaceae Doména Bacteria, kmen Actinobacteria, třída Actinobacteria, řád Actinomycetales. - dva rody, kombinace morfologických, chemotaxonomických charakteristik neumožňuje začlenění do čeledí aktinomycet - řetízky spor na vzdušném myceliu, substrátové mycelium větvené - obsahují kyselinu meso-DAP, nemají mykolové kyseliny - aerobní, grampozitivní, neacidorezistentní, chemoorganotrofní - půda Rod: Glycomyces, Stackebrandtia Glycomyces - větvící se vegetativní mycelium, nerozpadá se; vzdušné mycelium, řetízky konidií - na vegetativních hyfách - oválné, kulaté, tyčkovité spory - G+, aerobní, chemoorganotrofní, kataláza pozitivní, citlivé k lysozymu - obsahuje meso-DAP, glycin; hydrolyzát obsahuje RIB, XYL, MNE, GLT - spektrum fosfolipidů, menachinonů - půda Čeleď Kineosporiaceae Doména Bacteria, kmen Actinobacteria, třída Actinobacteria, řád Actinomycetales. - G+, většinou půdní mikroorganizmy, některé obtížně kultivovatelné - tři rody s navzájem velmi rozdílnou morfologií Rody: Kineosporia, Cryptosporangium, Kineococcus Kineosporia - malé kolonie, bezbarvé, béžové, oranžové barvy; morfologie variabilní - netvoří vzdušné mycelium, sporangia tvaru kyjovitých měchýřků, na koncích vegetativních vláken - sporangium - spora, pleomorfní, pohyblivé - obsahuje L- i meso-DAP, cukry nepřítomny - G+, neacidorezistentní, mezofilní, aerobní, chemoorganotrofní - nepatogenní, půda Kineococcus - sférické, po dvou, ve čtveřicích, shlucích, pohyblivé - G+, nesporulující, kolonie krémové, oranžové, striktně aerobní - kataláza, ureáza pozitivní, oxidáza negativní; rozmezí 9 - 36 °C - chemotaxonomie klíčová pro rodovou diferenciaci - peptidoglykan stěny obsahuje meso-DAP, alanin, kyselinu glutamovou - nepatogenní, půda, mořské sedimenty, radioaktivní prostředí Řád Bifidobacteriales - definován sekvencí nukleotidů pro 16S rDNA; někteří patogenní - barví se G-, G+; tvar tyček, koků, tvoří mycelium; aerobní, anaerobní Čeleď Bifidobacteriaceae Doména Bacteria, kmen Actinobacteria, třída Actinobacteria, řád Bifidobacteriales. - G-, G+/-, G+, pleomorfní tyčky, fakultativně až striktně anaerobní - morfologicky, ekologicky značně rozmanitá skupina - ústní dutina, trávicí trakt, klinický materiál - příslušnost vytyčena složením, pozicí nukleotidů genu pro 16S rDNA Rody: Bifidobacterium, Aeriscardovia, Falcivibrio, Gardnerella, Parascardovia, Scardovia Bifidobacterium - tyčky, rozmanitý tvar, zakřivené, kyjovité, ztluštělé, s náznaky větvení - jednotlivě, „V“, v řetízcích, palisádách, růžicích - G+, nepravidelně obarvené, nepohyblivé, neacidorezistentní, anaerobní - chemoorganotrofní, fermentují řadu cukrů (kyselina octová, mléčná) - kataláza negativní, vyžadují různé vitaminy, teplota 37 - 41 °C - charakteristickým enzymem rodu je fruktózo-6fosfát-fosfoketoláza - ústa, střevní trakt, hmyz, odpadní vody; nepatogenní - infekční procesy B. bifidum – potraviny, klinický materiál B. dentium – humánní klinický materiál Falcivibrio - štíhlé zakřivené tyčky, variabilní, kyjovité, zúžené konce, pohyblivé - mladá kultura G+, starší kultura G- s grampozitivními granulemi - nesporulující, anaerobní, viridace, b-hemolýza - chemoorganotrofní, nutričně bohatá média, stimulace fumarátem - metabolizmus fermentatorní, kataláza, oxidáza negativní, teplota 37 °C - lidská pochva Gardnerella - G-, G+/- pleomorfní tyčky, nepohyblivé, netvoří pouzdra, endospory - fakultativně anaerobní, nutričně náročné - chemoorganotrofní, fermentatorní typ metabolizmu, teplota 35 - 37 °C - neredukují nitráty, hydrolyzují hippurát, kataláza, oxidáza negativní - močopohlavní trakt člověka, nespecifické bakteriální záněty pochvy G. vaginalis – urogenitální trakt člověka Čeleď „neznámého příbuzenského vztahu“ Doména Bacteria, kmen Actinobacteria, třída Actinobacteria, řád Bifidobacteriales. - prozatím nepojmenovaná čeleď, kombinace charakteristik neumožňuje začlenění do již ustanovených čeledí - rody s navzájem velmi rozdílnou morfologií Rody: Actinobispora, Actinocorallia, Excellospora, Pelczaria, Turicella Actinobispora - dlouhé, nepravidelně větvené mycelium, nefragmentuje; spory na vegetativních hyfách, řídké, nepravidelně větvené vzdušné hyfy - mezofilní, hydrolyzát obsahuje ARA, GAL, XYL - chemotaxonomie založena na analýze fosfolipidů, menachinonů, - půda Turicella - G+ koryneformní tyčky, jednotlivě, „V“, v palisádách - nepohyblivé, nesporulující, nepigmentující - kataláza pozitivní, oxidáza negativní, metabolizmus respiratorní - rostou při 6,5% NaCl, fosfatáza, leucin arylamidáza pozitivní - stěna obsahuje meso-DAP, ARA, GAL, mykolové kyseliny chybí - oportunně patogenní, humánní klinický materiál T. otitidis – izolována při zánětech středního ucha Kmen Planctomycetes - charakteristika – viz popis řádu Třída Planctomycetacia - charakteristika – viz popis řádu Řád Planctomycetales - jednobuněčné G-, rozety, vláknité; tvar kokovitý, ovoidní, hruškovitý - stěna z proteinů, postrádají peptidoglykan (rezistentní k penicilinu) - na povrchu charakteristické kráterovité struktury - pučení, neprostékaté přívěsky (stopky); mohou být pohyblivé - heterotrofní, volně žijící ve vodním prostředí Čeleď Planctomycetaceae Doména Bacteria, kmen Planctomycetes, třída Planctomycetacia, řád Planctomycetales. - charakteristika – viz popis řádu Rody: Planctomyces, Blastopirellula, Gemmata, Isosphaera, Pirellula, Rhodopirellula Planctomyces - kokovité, ovoidní, extracelulární stopky (ne prostéky), cibulovitý tvar - příchytný orgán na vrcholu stopky či cibulovité ztluštěniny - jednobuněčné, mohou tvořit mikrokoloniální rozety - pučení z nestopkatého (tj. reprodukčního) pólu, pohyblivé - sladkovodní prostředí, mořské, jiné slané ekosystémy