Třída Betaproteobacteria - DNA-rRNA hybridizace, 16S rRNA katalogizace - 7 řádů, extrémně heterogenní - fotoorganotrofní, chemoautotrofní; většinou chemoorganotrofní - převážně půdní a vodní bakterie Řád Burkholderiales - 16S rDNA; obsahuje čtyři čeledě - fenotypově, metabolicky, ekologicky rozdílní - nepatogenní i patogenní pro rostliny, živočichy nebo člověka Čeleď Burkholderiaceae Doména Bacteria, kmen Proteobacteria, třída Betaproteobacteria, řád Burkholderiales. - charakteristika shodná s popisem řádu - v prostředí, humánním i veterinárním klinickém materiálu Rody: Burkholderia, Cupriavidus, Lautropia, Limnobacter, Pandoraea, Paucimonas, Polynucleobacter, Ralstonia, Thermothrix, Wautersia Burkholderia - gramnegativní tyčky, pohyblivé, netvoří pochvy ani prostéky - poly-b-hydroxybutyrát, chemoorganotrofní - charakteristické složení mastných kyselin; taxonomický rozvoj - prostředí, patogenní pro člověka a zvířata nebo rostliny B. cepacia – půda, klinický materiál, nozokomiální nákazy B. mallei – parazitická pro koně a osly, onemocnění je přenosné B. pseudomallei – půda, voda, klinický materiál Lautropia - gramnegativní pleomorfní koky (opouzdřené nepohyblivé shluky, neopouzdřené pohyblivé koky, sférické nepohyblivé, neshlukující se) - nepigmentující, rostou za aerobních podmínek - ústní dutina (zubní plak), horní část respiračního traktu L. mirabilis – kolonie adherují k povrchu substrátu Čeleď Burkholderiaceae - pokračování Pandoraea - gramnegativní tyčky, pohyblivé - charakteristické spektrum mastných kyselin - biochemicky podobné burkholderiím (PCR techniky) - humánní klinický materiál, voda, odpadní kal, půda, sušené mléko P. apista – neredukuje nitráty, neroste na O/F médiu Ralstonia - gramnegativní tyčky, pohyblivé i nepohyblivé, poly-b-hydroxybutyrát - aerobní, pro rodovou diferenciaci je důležitá chemotaxonomie - fytopatogenní, patogeny člověka - původně pseudomonády, bukholderie nebo alkaligenes R. pickettii – prostředí, fytopatogenní, humánní klinický materiál Thermothrix - tyčky; vlákna, pohyblivé - fakultativně anaerobní, fakultativně chemolitotrofní - morfologicky podobné tiobacilům, liší se požadavkem na pH - původně řazeni mezi bezbarvé sirné bakterie (síru oxidující bakterie) - vyskytují se v geotermálních pramenech Čeleď Oxalobacteraceae Doména Bacteria, kmen Proteobacteria, třída Betaproteobacteria, řád Burkholderiales. - sekvencování 16S rDNA - metabolicky rozdílné rody Rody: Oxalobacter, Collimonas, Duganella, Herbaspirillum, Janthinobacterium, Massilia, Naxibacter, Oxalicibacterium, Telluria Oxalobacter - gramnegativní tyčky, nepohyblivé - anaerobní, chemoorganotrofní (oxalát, produkty jsou formiát a CO[2]) - z bachoru, tlustého střeva, sladkovodních jezer, mořských sedimentů Janthinobacterium - gramnegativní tyčky, mírně zakřivené, intercelulární sliz, pohyblivé - aerobní, kolonie fialově pigmentované, chemoorganotrofní - půdní, vodní organizmy, příležitostně kažení potravin J. lividum – roste při 4°C, pigmentující Čeleď Alcaligenaceae Doména Bacteria, kmen Proteobacteria, třída Betaproteobacteria, řád Burkholderiales. - čeleď navržena v roce 1986 (obsahovala Alcaligenes a Bordetella) - aerobní, chemoorganotrofní, kolonie nepigmentované - cukry nevyužívají, utilizují řadu organických kyselin a aminokyselin - výskyt v půdě, vodě, nemocničním prostředí, klinickém materiálu Rody: Alcaligenes, Advenella, Achromobacter, Bordetella, Brackiella, Derxia, Kerstersia, Oligella, Pelistega, Pigmentiphaga, Pusillimonas, Sutterella, Taylorella, Tetrathiobacter Alcaligenes - G- tyčky, kokotyčky, koky, pohyblivé - obligátně aerobní, nepigmentující, chemoorganotrofní (ze solí organických kyselin a amidů produkují zásadité látky) - voda, půda, střevní trakt, klinický materiál A. faecalis subsp. faecalis – půda, voda, klinický materiál, hmyz A. faecalis subsp. parafaecalis – voda Advenella - gramnegativní tyčky, kokotyčky, pohyblivé - aerobní, rostou na běžných médiích - analýza mastných kyselin nebo celobuněčných proteinů - různý veterinární i humánní klinický materiál Achromobacter - gramnegativní tyčky, pohyblivé - aerobní, nefermentující, mohou být fakultativně litoautotrofní - nehalofilní, nepigmentující, chemoorganotrofní - charakteristické mastné kyseliny - půda, voda, nemocniční prostředí, klinický materiál A. xylosoxidans subsp. xylosoxidans – humánní klinický materiál A. xylosoxydans subsp. denitrificans – půda, klinickým materiál Bordetella - drobné gramnegativní kokotyčky, pohyblivé nebo nepohyblivé - aerobní, chemoorganotrofní, vyžadují nikotinamid, organickou síru a organický dusík - paraziti savců (brvy epitelu respiračního traktu) B. pertussis – patogenní, pouze respirační trakt člověka Čeleď Alcaligenaceae - pokračování Derxia - gramnegativní tyčky, pleomorfní, pohyblivé - aerobní, oxidují řadu cukrů, alkoholů, organických kyselin - růst při využití metanu nebo metanolu; schopné fixovat N[2] - kolonie na agarovém mediu (slizovité a poloprůhledné, později se zahušťují, vyvýšený a svraštělý povrch) - v půdách v tropických oblastech Asie, Afriky a Jižní Ameriky D. gummosa Oligella - gramnegativní drobné tyčky, nepohyblivé - aerobní chemoorganotrofové, nepigmentující, málo aktivní - izolovány z močopohlavního traktu, moče, ucha - patogenita je pravděpodobně nízká O. urethralis – roste při 42 °C, ureáza negativní O. ureolytica – neroste při 42 °C, ureáza silně pozitivní Taylorella - gramnegativní tyčky, vlákna, nepohyblivé, mikroaerofilní - chemoorganotrofní, neroste na běžných médiích - parazit koní, patogenní pro klisny. T. equigenitalis – sliznice urogenitálního traktu klisen Čeleď Comamonadaceae Doména Bacteria, kmen Proteobacteria, třída Betaproteobacteria, řád Burkholderiales. - nedávno navržená čeleď (1991), rovné, mírně zakřivené tyčky - pohyblivé, chemoorganotrofní, fakultativně chemolitotrofní - využívají organické kyseliny včetně aminokyselin, žlutý pigment - půda, bahno, voda, ojediněle i humánní klinický materiál (Acidovorax, Comamonas), dva rody (Acidovorax, Xylophilus) jsou fytopatogenní Rody: Comamonas, Acidovorax, Alicycliphilus, Brachymonas, Caldimonas, Curvibacter, Delftia, Diaphorobacter, Hydrogenophaga, Hylemonella, Lampropedia, Macromonas, Malikia, Ottowia, Polaromonas, Ramlibacter, Rhodoferax, Variovorax, Xenophilus, Xylophilus Comamonas - rovné, mírně zakřivené G- tyčky, jednotlivě nebo po dvou, pohyblivé - akumulace poly-b-hydroxybutyrátu - striktně aerobní, nefermentující, chemoorganotrofní (rostou na médiích obsahujících organické kyseliny, aminokyseliny nebo peptony) - vyskytují se v prostředí, ojediněle i v klinickém materiálu C. terrigena – půda, humánní klinický materiál C. testosteroni – půda; původně „Pseudomonas testosteroni“ Acidovorax - rovné, mírně zakřivené G- tyčky, jednotlivě, v řetízcích, pohyblivé - chemoorganotrofní, nepigmentující, schopné litoautotrofního růstu - oxidativní metabolismus karbohydrátů - někteří zástupci původně patřili k pseudomonádám - prostředí, klinický materiál, některé druhy jsou fytopatogenní A. facilis – půda A. delafieldii – půda, voda, klinický materiál Delftia - rovné, mírně zakřivené G- tyčky, jednotlivě, po dvou, pohyblivé - akumulují poly-b-hydroxybutyrát - aerobní (striktně respiratorní typ metabolismu), chemoorganotrofní - neprodukují fluorescentní pigmenty, nefermentující, hydrolyzují acetamid a Tween 80 - půda, sedimenty, aktivovaný kal, surová ropa, voda, klinické vzorky D. acidovorans – původně komamonáda, prostředí, klinické vzorky Čeleď Comamonadaceae - pokračování Hydrogenophaga - rovné, mírně zakřivené G- tyčky, jednotlivě, ve dvojicích, pohyblivé - žlutě pigmentované, aerobní, fakultativně autotrofní (H[2]) - cukry metabolizují oxidativně - anaerobní respirace nitrátů – denitrifikace, fixace dusíku - vyskytují se v prostředí H. flava – optimální teplota je 30 °C, izolována z bláta Lampropedia - vrstvy ze zakulacených, kubických buněk ve čtvercových plotnách - buňky v plotně překryty obalem, buněčná stěna je G- typu - intracelulární granula poly-b-hydroxybutyrátu - obligátně aerobní, nepigmentující, chemoorganotrofní (meziprodukty cyklu trikarbonových kyselin), mohou vyžadovat vitaminy - ekologická nika neznámá, prostředí bohaté na organické látky Variovorax - G- rovné, mírně zakřivené tyčky, jednotlivě, ve dvojicích, pohyblivé - karotenoidní pigmenty, kolonie žluté - aerobní, chemoorganotrofní (litoautotrofní růst, H[2] je zdroj energie) - rostou na médiích s cukry, organickými kyselinamy nebo peptony - nachází se v prostředí V. paradoxus – vyskytuje se v půdě, původně patřil do rodu Alcaligenes Xylophilus - rovné, mírně zakřivené G- tyčky, vlákna; jednotlivě, ve dvojicích, v krátkých řetízcích, pohyblivé - aerobní, chemoorganotrofní, růst pomalý, kolonie nažloutlé - patogenní pro rostliny (vinná réva; nekrózy a rakovina stromů) X. ampelinus – fytopatogenní Rody „Incertae sedis“ Doména Bacteria, kmen Proteobacteria, třída Betaproteobacteria, řád Burkholderiales. - pochvaté bakterie (řetízky G- buněk ve vláknech ve válci z extracelulárního materiálu označovaného jako pochva) - průsvitná, tenká, těsně spojena s vláknem; žlutá nebo tmavě hnědá vlivem oxidů železa a manganu - pochvaté bakterie osídlují vodní prostředí, čistírny odpadních vod - aerobní, chemoheterotrofní, někteří mohou provádět oxidaci kovů - zbývající rody této nepojmenované čeledě (skupiny) patří mezi bakterie osídlující především vnější prostředí Rody: Aquabacterium, Azohydromonas, Ideonella, Leptothrix, Mitsuaria, Paucibacter, Pelomonas, Roseateles, Rubrivivax, Schlegelella, Sphaerotilus, Tepidimonas, Thiomonas Leptothrix - G- rovné tyčky v řetízcích uvnitř pochvy; volně se pohybující - obsahují zrna poly-b-hydroxybutarátu - pochva je impregnována nebo překryta oxidy železa a manganu - chemoorganotrofní, striktně aerobní, metabolismus respiratorní - některé druhy vyžadují růstové faktory - široce rozšířené v rozmanitých sladkovodních prostředích L. ochracea – nejběžnější, celosvětově rozšířený druh Sphaerotilus - rovné G- tyčky, obvykle v řetízku uvnitř pochvy - mohou být přichyceny pomocí příchytných orgánů - buňky uvolněné z pochvy jsou pohyblivé pomocí bičíků - pochvy obvykle tenké, bez pokrytí oxidy železa a manganu - chemoorganotrofní, metabolismus respiratorní - růst je stimulován peptony, organickými kyselinami a vitaminem B[12] - vyskytují se v pomalu tekoucích sladkých vodách kontaminovaných odpadními vodami S. natans – vlákna buněk v pochvě Řád Hydrogenophilales - vyčleněn na základě sekvencování genu pro 16S rRNA - obsahuje jednu čeleď se třemi rody - obligátní nebo fakultativní chemolitotrofové využívající vodík (Hydrogenophilus) nebo redukované sirné sloučeniny (Thiobacillus) - nepatogenní, vyskytují se běžně v přírodě v nejrůznějších prostředích Čeleď Hydrogenophilaceae Doména Bacteria, kmen Proteobacteria, třída Betaproteobacteria, řád Hydrogenophilales. - charakteristika shodná s popisem řádu Rody: Hydrogenophilus, Petrobacter, Thiobacillus Thiobacillus - malé G- tyčky, některé druhy pohyblivé - energii získávají oxidací jedné nebo více redukovaných sirných sloučenin (původně řazeny mezi bezbarvé sirné bakterie) - konečným produktem je síran, některé druhy mohou akumulovat síru, sirník nebo polytionát - všechny druhy mohou fixovat CO[2], jsou schopné autotrofního růstu - některé chemolitotrofní, jiné schopny růst chemoorganotrofně - obligátně aerobní a fakultativně denitrifikující, optimum pH 2 až 8 - rozšířeny v mořském a sladkovodním prostředí i v půdě - řada původních thiobacilů (např. „Thiobacillus ferrooxidans“), tj. chemolitotrofních sirné látky oxidujících gramnegativních tyček, byla přeřazena do jiných rodů různých tříd proteobakterií T. thioparus – rozšířený ve sladkých vodách, bahně, půdě Řád Methylophilales - vyčleněn na základě sekvencí 16S rDNA - jedna čeleď se třemi rody - metabolismus je aerobně respiratorní, oxidují metanol, ale ne metan - rostou i v přítomnosti omezeného množství jiných látek - nacházejí se v rozmanitých prostředích Čeleď Methylophilaceae Doména Bacteria, kmen Proteobacteria, třída Betaproteobacteria, řád Methylophilales. - charakteristika shodná s popisem řádu Rody: Methylophilus, Methylobacillus, Methylovorus Methylophilus - rovné, mírně zakřivené G- tyčky, jednotlivě, ve dvojicích, pohyblivé nebo nepohyblivé; mohou produkovat sliz - aerobní, metabolismus je respiratorní, metanol je oxidován - v omezené míře mohou využívat i jiné uhlíkaté sloučeniny - aktivovaný stoční kal, bahno, říční i rybniční voda Řád Neisseriales - G- buňky tvaru koků, kokotyček nebo tyček, nepohyblivé - buňky Aquaspirillum jsou helikální, zatímco Simonsiella a Alysiella mohou vykazovat charakteristické mnohobuněčné uspořádání - rostou aerobně, mohou tvořit pouzdra, většinou nepigmentující - jedna čeleď s velkým počtem rodů Čeleď Neisseriaceae Doména Bacteria, kmen Proteobacteria, třída Betaproteobacteria, řád Neisseriales. - koky, tyčky zřídka; zploštělé vláknité bakterie s klouzavým pohybem - nepohyblivé nebo pohyblivé klouzáním - chemoorganotrofní, aerobní, mohou okyselovat karbohydráty - nacházejí se na sliznicích teplokrevných obratlovců včetně člověka Rody: Neisseria, Alysiella, Aquaspirillum, Bergeriella, Chitinibacter, Chromobacterium, Conchiformibius, Eikenella, Formivibrio, Iodobacter, Kingella, Laribacter, Microvirgula, Morococcus, Prolinoborus, Silvimonas, Simonsiella, Uruburuella, Vitreoscilla, Vogesella Neisseria - G- koky, jednotlivě, po dvou, v tetrádách, kapsuly, fimbrie, bezbičíkaté - aerobní, některé druhy produkují pigment - mohou být nutričně náročné, hemolytické, chemoorganotrofní - sliznice savců; některé primárně patogenní pro člověka N. gonorrhoeae – urogenitální trakt, klinický materiál, patogenní N. meningitidis – patogenní, klinický materiál (meningokok) Alysiella - vyskytují se v charakteristických plochých mnohobuněčných vláknech - delší osa buňky kolmá k delší ose vlákna, koncové buňky hranaté - gramnegativní, pohyblivé klouzáním - striktně aerobní, chemoorganotrofní, optimální teplota 37 °C - ústní dutina teplokrevných obratlovců (zvířata, ne člověk) Aquaspirillum - gramnegativní helikální buňky, ojediněle zakřivené, pohyblivé - tvoří intracelulární poly-ß-hydroxybutyrátová granula - aerobní, mikroaerofilní, chemoorganotrofní, jako zdroj uhlíku využívají aminokyseliny nebo soli organických kyselin - sladkovodní prostředí (nepatogenní; i psychrofilní druhy) Čeleď Neisseriaceae - pokračování Chromobacterium - gramnegativní tyčky, mírně zakřivené, často kokotyčky, pohyblivé - fakultativně anaerobní, fialové, chemoorganotrofní, fermentatorní - půdní a vodní organizmy, příležitostně infekce savců včetně člověka C. violaceum – půda, voda, klinický materiál C. fluviatile – říční voda Rod Eikenella - rovné G- tyčky, příležitostně krátká vlákna, nepohyblivé - fakultativně anaerobní, mohou vypadat jako korodující, nehemolytické - za aerobních podmínek vyžadují hemin, růst stimuluje 5 až 10% CO[2] - ústní dutina, střevní trakt člověka, mohou být oportunně patogenní E. corrodens – slabý růst v tekutých médiích bez přídavku séra Kingella - rovné G- tyčky se zakulacenými nebo čtvercovými konci, nepohyblivé - aerobní až fakultativně anaerobní, chemoorganotrofní - sliznice horního respiračního traktu člověka K. kingae – patogenní, b-hemolytická Morococcus - gramnegativní koky svázané do útvarů připomínajících moruše - nepohyblivé, nesporulující, neprodukují poly-b-hydroxybutyrát - aerobní, produkují sirovodík, hemolytické, nevyžadují růstové faktory - izolováni z mozkového abscesu člověka; ekologická nika je neznámá M. cerebrosus – biochemicky podobný s druhem Neisseria mucosa Simonsiella - vyskytují se v plochých mnohobuněčných vláknech (skupin z 8 buněk) - zploštěné, zakřivené (buňka širší než delší), konce vláken zaoblené - gramnegativní, aerobní, chemoorganotrofní, pohyblivé klouzáním - zjištěny v ústní dutině teplokrevných obratlovců včetně člověka S. muelleri – zdrojem je člověk Řád Nitrosomonadales - řád ustanoven na základě sekvencí 16S rDNA - obsahuje tři čeledě (morfologicky, metabolicky i ekologicky rozmanití) - tvar buněk kokovitý, tyčkovitý, spirální, stonkovitý nebo pleomorfní - mohou růst chemolitotrofně, mixotrofně, či chemoorganotrofně Čeleď Nitrosomonadaceae Doména Bacteria, kmen Proteobacteria, třída Betaproteobacteria, řád Nitrosomonadales. - NH[4] oxidující bakterie, tyčkovité, sférické, šroubovicové, G-, pohyblivé - aerobní, mohou růst při nižší koncentraci O[2], chemolitoautotrofní - diferenciace zástupců založena na DNA homologii, % G + C, aj. - půda, oceány, brakické prostředí, řeky, jezera, splaškové vody Rody: Nitrosomonas, Nitrosolobus, Nitrosospira, „Nitrosovibrio“ Nitrosomonas - převážně rovné tyčky, časté i kokovité formy, některé pohyblivé - mořské druhy mají dodatečnou vnější proteinovou vrstvu - intracytoplazmatické měchýřky, karboxyzómy; mohou být halofilní - oceány, brakické prostředí, řeky, jezera, čističky odpadních vod, půda Nitrosospira - tvar spirál, pohyblivé, cytoplazmatická membrána se vchlipuje - aerobní, chemolitotrofní (oxidují amoniak jako zdroj energie, zdrojem uhlíku je CO[2]), organické látky asimilovány v omezeném rozsahu - půdy (i mírně kyselé), ojediněle sladkovodní prostředí Čeleď Spirillaceae Doména Bacteria, kmen Proteobacteria, třída Betaproteobacteria, řád Nitrosomonadales. - sekvencování 16S rDNA - charakteristika shodná s popisem rodu Spirillum Rod: Spirillum Spirillum - G- helikální buňky, poly-ß-hydroxybutyrátová granula, pohyblivé - mikroaerofilní, striktně respiratorní typ metabolismu - vyskytují se ve stojatém sladkovodním prostředí - původně řazeny do helikálních nebo zakřivených G- bakterií. S. volutans – morfologicky podobné rodu Thiospirillum Čeleď Gallionellaceae Doména Bacteria, kmen Proteobacteria, třída Betaproteobacteria, řád Nitrosomonadales. - chemolitotrofní bakterie oxidující a/nebo ukládající železo, mangan - důležitá skupina bakterií z prostředí, často nekultivovatelná a klasifikována hlavně dle morfologie - oxidy železa a manganu ukládány (pouzdra, pochvy, stopky) - slouží jako rozhodující rys při zařazení organizmů - mangan oxidující bakterie - magnetotaktické bakterie (magnetosomy) - validně popsán rod Gallionella, magnetotaktické bakterie ani zástupci čeledě „Siderocapsacae“ nejsou validní Rod: Gallionella Gallionella - buňky tvaru ledvin, G-, pohyblivé, vylučují koloidní hydroxid železitý - tvoří zakřivené nebo rovné, poměrně dlouhé stopky - tvar a struktura stopek jsou hlavními diagnostickými znaky galionel - buňky jsou vždy usazeny na vrcholu stopky a kolmo k její ose - mikroaerofilní, ojediněle fakultativně anaerobní, chemolitoautotrofní - výskyt v oligotrofních železitých vodách; jedny z nejdůležitějších železitých bakterií, tvořící masy hydroxidu železitého - dříve podskupina bakterií oxidujících a/nebo ukládajících železo a mangan G. ferruginea – podzemní vody Řád Rhodocyclales - řád ustanoven na základě sekvencí 16S rDNA - jedna čeleď s 15 rody (fenotypově, metabolicky a ekologicky rozdílné) - fotoheterotrofy; aerobní, anaerobní i fakultativně anaerobní bakterie (fermentující organizmy, dusík fixující organizmy) Čeleď Rhodocyclaceae Doména Bacteria, kmen Proteobacteria, třída Betaproteobacteria, řád Rhodocyclales. - charakteristika shodná s popisem řádu Rody: Rhodocyclus, Azoarcus, Azonexus, Azospira, Azovibrio, Dechloromonas, Dechlorosoma, Ferribacterium, Propionibacter, Propionivibrio, Quadricoccus, Sterolibacterium, Thauera, Thiobacter, Zoogloea Rhodocyclus - štíhlé, zakřivené, rovné G- tyčky, nepohyblivé či pohyblivé - fotosyntetické membrány ve formě malých prstovitých útvarů - fotosyntetickými pigmenty jsou bakteriochlorofyl a a karotenoidy - fotoheterotrofní, fotoautotrofní růst, vyžadují vitaminy - rod byl původně řazen do čeledi Rhodospirillaceae - vyskytují se ve sladkovodních rybnících a odpadních vodách R. purpureus – fototrofní růst - kolonie nachovofialové až fialové Zoogloea - gramnegativní, rovné, mírně zakřivené tyčky se zakulacenými konci - většinou aktivně pohyblivé pomocí jednoho polárního bičíku - tvoří granula poly-b-hydroxybutyrátu - na želatinových matricích vytváří charakteristické útvary připomínající tvar stromů nebo prstů (důsledek aktivního pohybu - aerobní, striktně respiratorní typ metabolismu, denitrifikující, chemoorganotrofní, proteolytické a většinou ureáza pozitivní - rozkládají benzenové deriváty - ve sladkých vodách (znečištěné organickými polutanty), odpadní vody Z. ramigera