Třída Gammaproteobacteria - obsáhlá třída vytvořená na základě 16S rDNA sekvencování (rRNA „superčeled I“ a rRNA „superčeled II“) - rRNA „superčeleď I“ - malé, rovné, zakřivené tyčky nebo kokotyčky; chemoorganotrofní, metabolismus je fermentatorní; jsou významnými patogeny člověka a rozmanitých zvířat (např. Enterobacteriaceae, Aeromonadaceae, Pasteurellaceae, Vibrionaceae aj.) - rRNA „superčeleď II“ - blízce příbuzná s rRNA „superčeledí I; výskyt ve vodě, půdě, v mořském prostředí (oportunně patogenních pro rostliny, zvířata nebo člověka); aerobní - třída se skládá ze 14 řádů: Acidithiobacillales, Aeromonadales, Alteromonadales, Cardiobacteriales, Chromatiales, Enterobacteriales, Legionellales, Methylococcales, Oceanospirillales, Pasteurellales, Pseudomonadales, Thiotrichales, Vibrionales a Xanthomonadales Řád Chromatiales - jednobuněčné G- bakterie, kulovité, zakřivené, spirální nebo tvaru tyček, pohyblivé nebo nepohyblivé - anoxygenní fototrofní bakterie = fototrofní purpurové sirné bakterie (fotosyntéza v bezkyslíkatém prostředí, bez produkce kyslíku) - bakteriochlorofyl a nebo b a karotenoidy (lokalizovány v cytoplazmatické membráně a ve vnitřním membránovém systému) - schopné růst fotolitoautotrofně nebo fotoorganoheterotrofně - voda neslouží jako donor elektronů (redukované sirné látky, redukované železo, molekulární vodík nebo organické látky - řád také obsahuje nefototrofní a výhradně chemotrofní zástupce; čeledě Chromatiaceae, Ectothiorhodospiraceae a Halothiobacillaceae Čeleď Chromatiaceae Doména Bacteria, kmen Proteobacteria, třída Gammaproteobacteria, řád Chromatiales. - sférické, spirální, tyčkovité, zakřivené G- tyčky; mohou být pohyblivé - striktně anaerobní, obligátně fototrofní - vnitřní fotosyntetické membrány, bakteriochlorofyl a, b a karotenoidy - fotolitoautotrofní růst, rostou za fotoautotrofních podmínek - vyskytují se v bezkyslíkatém vodním prostředí, sedimentech, ve vlhkých a bahnitých půdách - Rody: Chromatium, Allochromatium, Amoebobacter, Halochromatium, Isochromatium, Lamprobacter, Lamprocystis, Marichromatium, Nitrosococcus, Pfennigia, Rhabdochromatium, Rheinheimera, Thermochromatium, Thioalkalicoccus, Thiobaca, Thiocapsa, Thiococcus, Thiocystis, Thiodictyon, Thioflavicoccus, Thiohalocapsa, Thiolamprovum, Thiopedia, Thiorhodococcus, Thiorhodovibrio, Thiospirillum Čeleď Chromatiaceae - pokračování Chromatium - rovné, mírně zakřivené tyčky, ovoidní, pohyblivé - striktně anaerobní, obligátně fototrofní (bakteriochlorofyl a, karotenoidy), rostou fotoautotrofně - fotoasimilují množství jednoduchých organických látek - sladkovodní prostředí s obsahem sirovodíku (kanály, rybníky, jezera) Lamprocystis - sférické, ovoidní, jednotlivě, ve shlucích (vtisknutých do slizu) - plynné vakuoly, pohyblivé, kultury nachově fialové - bakteriochlorofyl a , karotenoidy - fotoautotrofní růst, sirná zrna - bahno stojatých vod rybníků a jezer (běžná planktonní bakterii) Nitrosococcus - sférické, elipsoidní, G-, intracytoplazmatické membrány dvojího typu - aerobní, chemolitotrofní - nitrifikační bakterie - oxidují amoniak jako zdroj energie, zdrojem uhlíku je CO[2] - obligátně halofilní, mořské a brakické prostředí, ojediněle půda Čeleď Chromatiaceae - pokračování Thiocapsa - sférické, mírně ovoidní, obklopeny slizem, nepohyblivé - bakteriochlorofyl a a karotenoidy, fotoautotrofní růst, sirná zrna - obligátně fototrofní nebo fakultativně chemoautotrofní - stojaté vody, bahno rybníků, bazénů, nádrže s odpadní vodou, ústí řek, písek mořských pláží, slaniska Thiocystis - sférické, mírně ovoidní, pohyblivé, obklopené slizem - membránový systém vesikulárního typu; bakteriochlorofyl a a karotenoidy - fotoautotrofní za anaerobních podmínek, sirná zrna - fakultativně chemoautotrofní - vody obsahující sirníky, sladkovodní bahno, mořské prostředí, splaškové vody, ústí řek, slaniska, sirné prameny Thiospirillum - zakřivené tyčky, vibroidní tvar (šroubovitý), pohyblivé - bakteriochlorofyl a a karotenoidy - obligátně anaerobní a fototrofní (fotoautotrofní růst), sirná zrna - bahno, stojatá voda T. jenense – fotolitoautotrofní Čeleď Ectothiorhodospiraceae Doména Bacteria, kmen Proteobacteria, třída Gammaproteobacteria, řád Chromatiales. - fototrofní purpurové sirné bakterie, anoxygenní fotosyntéza - také striktně chemotrofní bakterie - tvar spirál, zakřivených, rovných tyček, spirální vlákna, pohyblivé - fotolitoautotrofní, sirná zrna, bakteriochlorofyl a nebo b, karotenoidy - také nitrifikační bakterie (oxidující dusitany) - mořské i extrémně slané prostředí, alkalické až extrémně alkalické pH Rody: Ectothiorhodospira, Alcalilimnicola, Alkalispirillum, Arhodomonas, Halorhodospira, Nitrococcus, Thioalkalispira, Thioalkalivibrio, Thiorhodospira Ectothiorhodospira - tyčky, vibria, pohyblivé, fotosyntetické membrány (seskupení lamel) - bakteriochlorofyl a nebo b a karotenoidy - fotoautotrofní růst za anaerobních podmínek, (nebo fotoheterotrofní) - některé schopné růst za mikroaerobních, aerobních podmínek ve tmě - mořské, extrémně slaná prostředí (ústí řek, solná a sodná jezera, příležitostně v půdě) Nitrococcus - sférické, G-, jednotlivě, ve dvojicích, pohyblivé - intracytoplazmatické membrány - trubice, karboxysómy - aerobní, mezofilní, obligátně chemolitoautotrofní i halofilní - výlučně izolovány jen z mořského prostředí Řád Acidithiobacillales - řád vymezen na základě 16S rDNA sekvencí - čeledě Acidithiobacillaceae a Thermithiobacillaceae - mezofilní, mírně termofilní, autotrofně utilizující redukované sirné látky Čeleď Acidithiobacillaceae Doména Bacteria, kmen Proteobacteria, třída Gammaproteobacteria, řád Acidithiobacillales. - vymezena na základě fylogenetických analýz 16S rDNA sekvencí - rod Acidithiobacillus - charakteristika shodná s popisem rodu Rod: Acidithiobacillus Acidithiobacillus - obligátně acidofilní, aerobní, G- tyčky, pohyblivé - autotrofní růst, oxidují železité látky, vodík, využívají sirníky kovů - mezofilní, mírně termofilní druhy - vyčlenění obligátně acidofilních druhů z rodu Thiobacillus A. thiooxidans – obligátně chemolitotrofní a autotrofní, pH 2,0 až 3,0; půda, sirné prameny, kyselé důlní vody, korodující beton A. ferrooxidans – obligátně chemolitotrofní a autotrofní, pH k růstu je 2,5; celosvětově rozšířený (důlní prostředí) Řád Xanthomonadales - G- rovné tyčky (hyalinová stopka zjištěna u rodu Nevskia), neakumulují inkluze poly-b-hydroxybutyrátu - pohyblivé bičíky, klouzáním (Lysobacter) nebo nepohyblivé - obligátně aerobní, striktně respiratorní metabolismus - řád obsahuje jednu čeleď Čeleď Xanthomonadaceae Doména Bacteria, kmen Proteobacteria, třída Gammaproteobacteria, řád Xanthomonadales. - charakteristika shodná s popisem řádu - v současnosti obsahuje čeleď celkem 17 rodů proteobakterií Rody: Xanthomonas, Aquimonas, Dyella, Frateuria, Fulvimonas, Hydrocarboniphaga, Luteibacter, Luteimonas, Lysobacter, Nevskia, Pseudoxanthomonas, Rhodanobacter, Schineria, Silanimonas, Stenotrophomonas, Thermomonas, Xylella Xanthomonas - G- rovné tyčky, jednotlivě, neprodukují poly-b-hydroxybutyrátové inkluze, pohyblivé - aerobní, striktně respiratorní typ metabolismu, neredukují nitráty - kolonie jsou obvykle žlutě pigmentované (xanthomonadiny) - chemoorganotrofní, vyžadují růstové faktory - spojitost s rostlinami, patogenní, řada patovarů X. campestris – patovary, fenotypové vlastnosti X znalosti hostitele Frateuria - pravidelné, rovné, G- tyčky, nepohyblivé i pohyblivé - aerobní, kolonie pigmentované, rostou při pH 3,6 - chemoorganotrofní, okyseluje ethanol - od Xanthomonadaceae se odlišují analýzou mastných kyselin - rostlinný materiál, ovoce Lysobacter - G- tenké tyčky, pohyblivé klouzáním, flexibilní - kolonie mukózní, zbarvené krémově, růžově nebo žlutohnědě - chemoorganotrofní, metabolismus respiratorní, aktinomycin D - degradují chitin, jsou proteolytické, lyzují spektrum mikroorganizmů - významní producenti antibiotik a enzymů - půda, sladká voda Čeleď Xanthomonadaceae - pokračování Stenotrophomonas - G- rovné, zakřivené tyčky, pohyblivé - chemoorganotrofní, aerobní, striktně respiratorní metabolismus - šedé, nazelenalé nebo nažloutlé (ne karotenoidy ani xanthomonadiny) - častý v klinických laboratořích; nozokomiální infekce, rezistentní - prostředí (široce rozšířené), potraviny, rozmanitý klinický materiál S. maltophilia – běžná v prostředí, multirezistentní, oportunní patogen Xylella - G- rovné tyčky, občas vlákna, nepohyblivé, nesporulující - aerobní, respiratorní metabolismus, nefermentující, nepigmentující - nutričně náročné (živočišné uhlí, sérum) - prostředím je rostlinné pletivo xylem; fytopatogenní X. fastidiosa – fytopatogenní Řád Cardiobacteriales - řád byl vymezen na základě 16S rDNA sekvencí - obsahuje čeleď Cardiobacteriaceae - charakteristika shodná s popisem čeledě Čeleď Cardiobacteriaceae Doména Bacteria, kmen Proteobacteria, třída Gammaproteobacteria, řád Cardiobacteriales. - G- tyčky, po dvou, v řetízcích, v rozetách, nepohyblivé - aerobní (výjimkou je Dichelobacter), kataláza i ureáza negativní - humánní nebo veterinární klinický materiál Rody: Cardiobacterium, Dichelobacter, Suttonella Cardiobacterium - pleomorfní G- tyčky, nepohyblivé - fakultativně anaerobní, některé vyžadují 3 až 5% CO[2] - chemoorganotrofní, fermentatorní, nerostou na MacConkey agaru - běžná flóra v nosu člověka; mohou být patogenní C. hominis – původce endokarditid, onemocnění ozubice Dichelobacter - velké, rovné, mírně zakřivené G- tyčky, fimbrie, trhavá pohyblivost - rostou pomalu za striktně anaerobních podmínek - proteolytické, asacharolytické, kataláza i oxidáza negativní - jeden druh; nachází se na kopytech a kůži ovcí a krav – patogen D. nodosus – onemocnění paznehtů u přežvýkavců Suttonella - velké, rovné G- tyčky, ve dvojicích, v řetízcích, rozetách, nepohyblivé - aerobní až fakultativně anaerobní (CO[2] podporuje růst) - chemoorganotrofní, metabolismus fermentatorní, růst pomalý - jeden druh, izolován z infekcí oka, endokarditid, patogenita nevyjasněná S. indologenes Řád Thiotrichales - řád vymezen na základě 16S rDNA sekvencí, obsahuje tři čeledě - morfologicky, metabolicky a ekologicky velmi rozmanité - obligátní intracelulární paraziti ryb (Piscirickettsia); hmyzu, pavoukovců, savců včetně člověka (Francisella); nebo chemoorganotrofní, metylotrofní, chemolitotrofní síru oxidující organizmy Čeleď Thiotrichaceae Doména Bacteria, kmen Proteobacteria, třída Gammaproteobacteria, řád Thiotrichales. - tzv. síru oxidující klouzavé bakterie, velikost buněk rozmanitá, vlákna - ohyby, zakřivení vlákna - považovány za mnohobuněčné organizmy - aerobní, mikroaerofilní; chemoorganotrofní, chemolitotrofní - sladkovodní i mořské prostředí Rody: Thiothrix, Achromatium, Beggiatoa, Leucothrix, Thiobacterium, Thiomargarita, Thioploca, Thiospira Thiothrix - mnohobuněčná pevná vlákna uvnitř pochvy; rozety, gramnegativní - konidie pohyblivé klouzáním; aerobní, mixotrofní, inkluze síry - sladkovodní tekoucí vody a aktivovaný stoční kal Leucothrix - dlouhá vlákna z gonidií, vlákna bezbarvá, nevětvená, nepohyblivá - vlákna připojena k substrátu příchytnými orgány, šíří se gonidiemi - gonidie - klouzavý pohyb, růžice, aerobní, heterotrofní, nejsou granula - vodní prostředí, obvykle mořské, rozšířené v pobřežní zóně moří Čeleď Piscirickettsiaceae Doména Bacteria, kmen Proteobacteria, třída Gammaproteobacteria, řád Thiotrichales. - gramnegativní, aerobní, kokotyčky, tyčky, spirálovitý tvar, pohyblivé - izolovány z mořského prostředí, ojediněle z alkalických jezer - 16S rDNA sekvencování, omezený počet společných vlastností Rody: Piscirickettsia, Cycloclasticus, Hydrogenovibrio, Methylophaga, Thioalkalimicrobium, Thiomicrospira Piscirickettsia - G- pleomorfní kokovité buňky, nepohyblivé; zakřivené, tvar kroužku - aerobní, replikace ve vakuolách, nekultivovatelné v nebuněčném médiu - přenos ve vodním prostředí bez nutnosti vektoru, pisciriketsióza - jeden druh, rozšířený po celém světě, onemocnění lososovitých ryb P. salmonis – intracelulární parazit, mortalita 90% Thiomicrospira - G- malé buňky spirálního tvaru, šroubovice, nepohyblivé i pohyblivé - aerobní, oxidace redukovaných anorganických sirných látek - chemolitotrofní, schopné využívat CO[2] jako zdroj uhlíku - vlastnosti podobné rodu Thiobacillus, původně bezbarvé sirné bakterie - mořské prostředí, ojediněle sladkovodní, barotolerantní Čeleď Francisellaceae Doména Bacteria, kmen Proteobacteria, třída Gammaproteobacteria, řád Thiotrichales. - krátké G- tyčky, kokotyčky, nepohyblivé, aerobní - unikátní složení mastných kyselin - izolovány z hlodavců, krev sajícího hmyzu a z klíšťat Rod: Francisella Francisella - G- tyčky, kokotyčky, pleomorfní, nepohyblivé - aerobní, mikroaerofilní; cystein, cystin vyžadovány nebo stimulují růst - patogeny živočichů včetně člověka (intracelulární paraziti) F. tularensis – infekční agens tularémie, zoonóza přenosná na člověka Řád Legionellales - heterogenní skupina, většinou patogenní; 16S rDNA sekvencování - fakultativní patogeny, Legionellaceae; obligátní parazity, Coxiellaceae Čeleď Legionellaceae Doména Bacteria, kmen Proteobacteria, třída Gammaproteobacteria, řád Legionellales. - charakteristika čeledě je shodná s popisem rodu Rod: Legionella Legionella - G- tyčky, pohyblivé (polární, laterální); občas nepohyblivé - aerobní, vyžadují L-cystein hydrochlorid a soli kovů - chemoorganotrofní, využívají aminokyseliny (ne cukry) - povrchová voda, bahno, z termální jezera, říčeky; hostitelem je améba - patogenní pro člověka (tzv. Legionářská nemoc, Pontiacká horečka) - identifikace založena na sérologii, druhově početný rod L. pneumophila – patogenní, obsahuje několik poddruhů L. brunensis – izolována z vody v chladící věži L. moravica – izolována z vody v chladící věži Čeleď Coxiellaceae Doména Bacteria, kmen Proteobacteria, třída Gammaproteobacteria, řád Legionellales. - 16S rDNA sekvencování, rozmanitá skupina osídlující bezobratlé - pleomorfní intracelulární organizmy ve vakuolách buněk - patogenní pro obratlovce (i člověka), nekultivovatelné mimo hostitele Rody: Coxiella, Aquicella, Rickettsiella Coxiella - krátké G- tyčky, netvoří bičíky ani pouzdra - striktně intracelulární bakterie, růst ve vakuolách hostitelské buňky - růst ve žloutkovém vaku; rezistentní k chemickým látkám a teplotě - celosvětově rozšířené u klíšťat a různých savců včetně člověka, (potenciálně zneužitelné jako bioteroristické agens) C. burnetii – etiologické agens tzv. Q horečky Rickettsiella - G- tyčky, tvar disků, vyvíjející se intracelulárně, cyklus jako chlamydie - rostou ve vakuolách tkání bezobratlých hostitelů ( hmyz, korýšovci a pavoukovci), patogenní pro jejich larvální stádia - obratlovce nenapadají; původně řazeny do řádu Rickettsiales Řád Methylococcales - tvar koků, tyček, jednotlivě, po dvou, řetízky, tetrády, pohyblivé - polysacharidová klidová stádia - aerobní, metabolismus respiratorní, obligátně utilizují metan - osídlují aerobní, mikroaerobní prostředí s dostupným metanem - řád složen ze dvou skupin v rámci jedné čeledě: termotolerantní a termofilní metanotrofové (Methylococcus, Methylocaldum); mezofilní a psychrofilní zástupci (Methylobacter, Methylomicrobium, Methylomonas a Methylosphaera) Čeleď Methylococcaceae Doména Bacteria, kmen Proteobacteria, třída Gammaproteobacteria, řád Methylococcales. - rozmanitá skupina tyček, vibrií, schopnost utilizovat metan - půda, voda (i znečištěná), charakteristika shodná s popisem řádu Rody: Methylococcus, Methylobacter, Methylocaldum, Methylohalobius, Methylomicrobium, Methylomonas, Methylosarcina, Methylosphaera, Methylothermus Methylococcus - sférické, tvar tyček, ve dvojicích, barví se G-, nepohyblivé, cysty - aerobní, nepigmentující, metabolizmus striktně respiratorní - metan, metanol a formaldehyd = výhradní zdroj uhlíku a energie - termotolerantní, fixují atmosférický dusík, autotrofní fixace CO[2] - prostředí Methylomonas - rovné, mírně zakřivené G- tyčky, jednotlivě, ve dvojicích, pohyblivé - netvoří pochvy ani prostéky, tvoří polysacharidové cysty - aerobní, metabolizmus striktně respiratorní, metan a metanol jsou výhradními zdroji uhlíku a energie; pigmentující, mezofilní - prostředí Řád Oceanospirillales - chemoorganotrofní, aerobní, mikroaerofilní, fakultativně anaerobní - řád vymezen na základě analýz 16S rDNA sekvencí - šest čeledí – Oceanospirillaceae, Alcanivoraceae, Hahellaceae, Halomonadaceae, Oleiphilaceae a Saccharospirillaceae - halotolerantní nebo halofilní; s výjimkou rodu Alcanivorax pohybliví Čeleď Oceanospirillaceae Doména Bacteria, kmen Proteobacteria, třída Gammaproteobacteria, řád Oceanospirillales. - sekvencování 16S rDNA, deset rodů - pohyblivé, aerobní, striktně respiratorní typ metabolismu - vodní prostředí (Balneatrix ve sladké vodě, ostatní rody v mořské) Rody: Oceanospirillum, Balneatrix, Marinomonas, Marinospirillum, Neptunomonas, Nitrincola, Oceanobacter, Oleispira, Pseudospirillum, Thalassolituus Oceanospirillum - G- buňky šroubovicového tvaru, rovné tyčky, pohyblivé - akumulují poly-ß-hydroxybutyrát (intracelulární rezervní produkt) - aerobní, vyžadují Na^+ ionty, mořskou vodu, karbohydráty nevyužívají - pobřežní mořská voda, rozkládající se mořské chaluhy a řasy, zahnívající nálev z mořských slávek; nepatogenní Marinomonas - G- rovné, zakřivené tyčky, pohyblivé (původně v rodu Alteromonas) - aerobní, striktně respiratorní metabolismus, chemoorganotrofní - vyžadují základ z mořské vody v médiu nebo Na^+ - osídlují pobřežní vody i otevřený oceán Čeleď Halomonadaceae Doména Bacteria, kmen Proteobacteria, třída Gammaproteobacteria, řád Oceanospirillales. - sekvencování 16S rDNA; šest rodů - halotolerantní, halofilní, pohyblivé, chemoorganotrofní, aerobní nebo fakultativně anaerobní Rody: Halomonas, Carnimonas, Chromohalobacter, Cobetia, Deleya, Zymobacter Halomonas - krátké rovné G- tyčky (pleomorfní), vlákna, zakřivené tyčky - pohyblivé i nepohyblivé, pouzdra, akumulace poly-b-hydroxybutyrátu - kolonie bílé až žluté (ne červené!), aerobní, chemoorganotrofní - halotolerantní až mírně halofilní; „Halovibrio“ a „Volcaniella“ - sluneční solivary, hyperslaná jezera, solné laguny, ústí řek, hyperslané půdy, mořská voda; celosvětově rozšířené H. elongata – prostředí obsahující NaCl Chromohalobacter - G- tyčky, pohyblivé peritrichálními bičíky - aerobní, kolonie modrofialové až hnědé, chemoorganotrofní, rostou v rozmezí 1 až 30% NaCl - prostředí Mrtvého moře, mořské solivary C. marismortui – pigmentující Deleya - G- rovné tyčky, většinou pohyblivé, akumulují poly-b-hydroxybutyrát - aerobní, chemoorganotrofní, vyžadují Na^+ ionty - někteří původně řazeni do rodu Alcaligenes nebo Pseudomonas - mořské prostředí, ojediněle (D. halophila) v hyperslaných půdách Řád Pseudomonadales - sekvencování 16S rDNA, čeledě Pseudomonadaceae a Moraxellaceae - aerobní, chemoorganotrofní, většinou pohyblivé pomocí bičíků Čeleď Pseudomonadaceae Doména Bacteria, kmen Proteobacteria, třída Gammaproteobacteria, řád Pseudomonadales. - rovné, zakřivené G- tyčky, pohyblivé - striktně aerobní, chemoorganotrofní s respiratorním metabolizmem - půda, voda, rhizosféra rostlin, na rostlinách, v klinickém materiálu Rody: Pseudomonas, Azomonas, Azotobacter, Cellvibrio, Mesophilobacter, Rhizobacter, Rugamonas, Serpens Pseudomonas - rovné, mírně zakřivené G- tyčky, poly-b-hydroxybutyrát, pohyblivé - aerobní, nevyžadují růstové faktory, chemoorganotrofní (fakultativně chemolitotrofní) - rozšířené v prostředí, některé patogenní pro člověka, zvířata, rostliny - heterogenní skupina, řada taxonomických změn (Burkholderia, Comamonas, Stenotrophomonas aj.) - sedm desítek druhů (více než 20 fluorescentních) P. aeruginosa – půda, voda, klinický materiál, fytopatogenní; pigmentující P. fluorescens – půda, voda, potraviny, klinický materiál, fytopatogenní; fluorescein P. putida – půda, voda, klinický materiál, fluorescein P. syringae – fytopatogenní, množství patovarů P. stutzeri – půda, voda, klinický materiál; denitrifikující Azomonas - gramnegativní až gramvariabilní, pleomorfní, pohyblivé - aerobní, mohou růst při snížené koncentraci kyslíku; fluorescentní - chemoorganotrofní, nesymbioticky fixují dusík - půda, voda A. agilis – kolonie mukózní Azotobacter - ovoidní, pleomorfní (G- tyčky až koky), cysty, pohyblivé i nepohyblivé - aerobní, růst za snížené koncentrace O[2], pigmenty - chemoorganotrofní, fixují dusík nesymbioticky, neproteolytické - půda, voda, jeden druh ve spojení s kořeny rostlin A. chroococcum – hnědočerný pigment Čeleď Pseudomonadaceae - pokračování Rhizobacter - rovné, mírně zakřivené G- tyčky, pohyblivé, poly-b-hydroxybutyrát - aerobní, chemoorganotrofní, pseudooligotrofní - bílé, žlutobílé, vrásčité, tuhé, slizovité kolonie; vločkovitý růst - hydrolyzují škrob, dextrin a glykogen, nevyžadují růstové faktory - půda; fytopatogenní (bujení – hálky, na kořenech mrkvovitých rostlin) Rugamonas - tyčky G- se zakulacenými konci, pleomorfní, pohyblivé - chemoorganotrofní, metabolizmus respiratorní, kolonie růžové, červené; růžově červené vločky - izolovány z říční vody Serpens - tyčky, G-, jednotlivě, ve shlucích, pupeny nebo sférické výčnělky - flexibilní, schopné vlnitého pohybu, bipolární svazky 4 až 10 bičíků - aerobní, upřednostňují nižší koncentraci kyslíku, respiratorní metabolizmus, chemoorganotrofní (laktát), vitaminy stimulují růst - vyskytují se v sedimentech eutrofních sladkovodních nádrží. Čeleď Moraxellaceae Doména Bacteria, kmen Proteobacteria, třída Gammaproteobacteria, řád Pseudomonadales. - tyčkovitý, kulovitý tvar, nepohyblivé, jednotlivě, po dvou, v řetízcích - gramnegativní, psychrotrofní nebo mezofilní, někdy tvoří pouzdra - chemoorganotrofní, aerobní, nepigmentující, vyžadují růstové faktory - osídlují sliznice člověka a zvířat, půda, voda, potraviny, kůže Rody: Moraxella, Acinetobacter, Psychrobacter Moraxella - gramnegativní tyčky (podrod Moraxella), koky (podrod Branhamella), bez bičíků (pleomorfismus) - aerobní, růst za anaerobních podmínek, nutričně náročné - nepigmentující, chemoorganotrofní, neokyselují sacharidy - dvě desítky druhů, sliznice člověka i dalších teplokrevných zvířat M.(M.) lacunata – dva poddruhy, klinický materiál M.(B.) catarrhalis – respirační trakt člověka, klinický materiál Acinetobacter - tyčky, kokotyčky, sférický tvar, nepohyblivé - aerobní, nepigmentující, zdroj uhlíku a energie – cukry - více než desítka popsaných druhů a téměř stejný počet genomospecies - půda (hojné), voda, odpadní voda; humánní klinický materiál, nozokomiální infekce A. calcoaceticus – prostředí (půda), humánní klinický materiál A. baumannii – klinický materiál, nozokomiální infekce, prostředí Psychrobacter - kokotyčky, koky, G-, pleomorfní, nepohyblivé - aerobní, nesporulující a nepigmentující, většinou psychrotrofní - tvoří aerobně kyselinu z glukózy - výskyt ve spojitosti s rybami, zpracováním masa, u výrobků z drůbeže - kmeny schopné růst při 35 °C - izolovány z klinického materiálu P. immobilis – deaminuje fenylalanin Čeleď „Incertae sedis“ Doména Bacteria, kmen Proteobacteria, třída Gammaproteobacteria, řád Pseudomonadales. - není taxonomicky upřesněno, zda Enhydrobacter patří do Moraxellaceae - vzdáleně příbuzný aeromonádám (k nimž byl původně řazen) Rod: Enhydrobacter Enhydrobacter - krátké, rovné G- tyčky, někdy kulovitého tvaru, vakuoly, nepohyblivé - fakultativně anaerobní, chemoorganotrofní (respiratorní, fermentatorní typ metabolismu) - rostou pomalu, růst za mikroaerofilních podmínek, nutričně náročné - glukózu, cukry okyseluje, rezistentní k vibriostatickému agens 0/129 - izolovány z bezkyslíkaté zóny eutrofních jezer E. aerosaccus – může připomínat aeromonády Řád Alteromonadales - rovné, zakřivené G- tyčky, pohyblivé, netvoří endospory ani cysty - chemoheterotrofní, fakultativně anaerobní, aerobní - psychrofilní, psychrotolerantní, mezofilní; vyžadují Na^+ ionty - osídlují ekosystémy v mořském prostředí, obvykle nepatogenní Čeleď Alteromonadaceae Doména Bacteria, kmen Proteobacteria, třída Gammaproteobacteria, řád Alteromonadales. - charakteristika shodná s popisem řádu, taxonomicky bohatá skupina Rody: Alteromonas, Aestuariibacter, Agarivorans, Alishewanella, Colwellia, Ferrimonas, Glaciecola, Idiomarina, Marinobacter, Marinobacterium, Microbulbifer, Moritella, Pseudoalteromonas, Psychromonas, Salinimonas, Shewanella, Thalassomonas Alteromonas - rovné, zakřivené tyčky, nehromadí poly-b-hydroxybutyrát, pohyblivé - mohou vytvářet pupeny, prostéky - chemoorganotrofní, aerobní s respiratorním metabolismem - vyžadují základ média z mořské vody, Na^+, organické růstové faktory - osídlují pobřežní vody i oceány Colwellia - rovné, zakřivené G- tyčky, pohyblivé, nesporulující - fakultativně anaerobní, chemoorganotrofní, fermentující, chitinolytické - psychrofilní (rozmezí 0 až 20 °C), vyžadují mořské soli; barofilní - osídlují trvale chladné mořské prostředí, vyčleněny z rodu Vibrio Shewanella - rovné, zakřivené G- tyčky, nesporulující, netvoří cysty, pohyblivé - chemoorganotrofní, fakultativně anaerobní, respiratorní, fermentatorní, mohou vyžadovat Na^+ ionty, psychrofilní, barofilní - (Pseudomonas, Alteromonas); voda, klinické vzorky, potraviny S. putrefaciens – H[2]S pozitivní, výskyt ve vodě S. algae – prostředí, klinický materiál, agarolytická