Identifikace bakterií metodou rep-PCR s primerem (GTG)[5]


rep-PCR metody jsou založeny na shlukové analýze PCR produktů získanými s primery komplementárními
k rozptýleným repetitivním sekvencím.


Rozptýlené repetitivní sekvence (Interspersed Repetitive Sequences)

            < 500 bp, nekódující, rozšířeny v genomech prokaryot v různé orientaci a poloze


-         ERIC (enterobacterial repetitive intergenic consensus), REP (repetitive extragenic
palindromic sequence), BOX


-         (GTG)[5] ,popsán u Salmonella spp., Shigella spp., primer: 5'-GTG GTG GTG GTG GTG-3'













Výhody rep-PCR:

-          dobrá diskriminační schopnost - druhově až kmenově specifická

-          dobrá reprodukovatelnost - nutná optimalizace a standardizace

-          jednoduché provedení, časová nenáročnost a rychlost, nízká cena


Nevýhody rep-PCR:

-          problematická mezilaboratorní reprodukovatelnost - přenositelnost výsledků

-          vliv metody izolace DNA, použitý termocykler …