Expresní DNA microarray
Boris Tichý
2.10.2012
LÉKAŘSKÁ FAKULTA MASARYKOVY UNIVERSITY
Interní hematoonkologická klinika LF MU a FN Brno
Centrum molekulární biologie a genové terapie

Historie
1987 Kulesh et al. - cDNA knihovna na papírovém filtru
Přelom 80./90. - E. Southern – in-situ syntéza oligonukleotidů
1991 – Fodor et al. - světlem řízená paralelní syntéza
1995 – Schena et al. - cDNA expresní microarray
1996 – lidská cDNA microarray
1997 – celogenomová (kvasinka)                            cDNA microarray
1997 – celogenomová (kvasinka)            oligonukleotidová microarray

Typy
High- i low- density
Sondy – krátké i dlouhé oligonukleotidy, cDNA
Sklíčka, cartridge, mikrokuličky, membrány
Jedno- a dvou- kanálové

Aplikace
mRNA
–Celogenomové
–Exonové (whole transcript)
–Cílené – konkrétní dráhy, diagnózy
microRNA
lincRNA (long intergenic noncoding RNA)

Aplikace
Studium efektů stimulů na genovou expresi
–Chemikálie (např. léčiva)
–Fyzikální faktory (záření)
–Gene knock-out (siRNA)
–Gene transfection (např. transkripční          faktory, mutantní alely)
Studium rozdílů mezi vzorky
–Tkáně a orgány
–Diagnózy

RNA
Přepis
–Oligo-dT priming
•Kvalitní RNA
•3' biased sondy
–Random priming – hexa, okta, nona mery
•I degradovaná RNA
•Celý transkript

RNA
QC
elektroforéza – 18S a 28S rRNA (1 : 2-3)
BioAnalyzer
RT-PCR – 3‘ a 5‘ fragment

Affymetrix GeneChip
Krátké oligonukleotidy – 25mery
=> vysoká míra nespecifické hybridizace
=> probe-set – několik sond pro každý gen (~11)
=> perfect match a mismatch sondy (rozdíl ve 13. nukleotidu) – odhad nespecifické hybridizace
=> speciální metody pro zpracování dat