C2110 Operační systém UNIX a základy programování -1-
C2110
Operační systém UNIX a
základy programování
Petr Kulhánek
kulhanek@chemi.muni.cz
Národní centrum pro výzkum biomolekul, Přírodovědecká fakulta
Masarykova univerzita, Kotlářská 2, CZ-61137 Brno
Úvod
C2110 Operační systém UNIX a základy programování -2-
Obsah
 Zaměření předmětu
motivace, probírané okruhy, praktické ukázky
 Organizace výuky
harmonogram, forma výuky, hodnocení znalostí, zakončení předmětu
 Klastr WOLF
struktura, pravidla používání, správci, učebna 1.18
C2110 Operační systém UNIX a základy programování -3-
Motivace
MetaCentrum a CERIT-SC
• Národní gridová infrastruktura
• OS Debian
• ca 2500 CPU jader
• CEITEC/NCBR vlastní zdroje cca 850 CPU jader
• 3 x 100 TB úložných diskových polí
• cca 3 TB na uživatele
http://www.metacentrum.cz/
http://www.cerit-sc.cz/
Účet může získat student libovolné vysoké školy ČR.
Superpočítání
Navazující předmět (podzimní semestr):
C2115 Praktický úvod do superpočítání
C2110 Operační systém UNIX a základy programování -4Motivace,
pokračovaní
Alternativní desktopový systém
Výhody: zadarmo, flexibilní a rozšiřitelný, možnost skriptování
C2110 Operační systém UNIX a základy programování -5Probírané
okruhy
Základní práce s OS
Virtualizace
Práce s příkazovou řádkou
Skriptování v jazyce
bash
gnuplot
awk
C2110 Operační systém UNIX a základy programování -6-
Virtualizace
Hostitel: Ubuntu 12.04 Host: Windows XP (virtuální stroj)
C2110 Operační systém UNIX a základy programování -7Zpracování
textových souborů
...........
...........
NSTEP = 6000 TIME(PS) = 206.000 TEMP(K) = 291.69 PRESS = 0.0
Etot = 160.8627 EKtot = 18.5486 EPtot = 142.3142
BOND = 7.2673 ANGLE = 17.6964 DIHED = 13.5633
1-4 NB = 4.8403 1-4 EEL = 199.3739 VDWAALS = 1.5430
EELEC = -101.9700 EHBOND = 0.0000 RESTRAINT = 0.0000
...........
...........
...........
...........
206.000 291.69
...........
...........
Snadná extrakce dat pomocí jazyka AWK.
(výstupy výpočetních programů)
C2110 Operační systém UNIX a základy programování -8Vizualizace
výsledků
Zobrazování extrahovaných dat ve formě grafů (GNUPlot).
C2110 Operační systém UNIX a základy programování -9-
Automatizace
Ukázat video
C2110 Operační systém UNIX a základy programování -10Harmonogram
semestru
Období pro zápis předmětů:
2. září 2012 - 30. září 2012
Výuka: 17. září 2012 - 21. prosince 2012
Období prázdnin: 22. prosince 2012 - 1. ledna 2013
Zkouškové období: 2. ledna 2013 - 13. února 2013
Celkový počet odpřednášených hodin: 14 x 2 hodiny = 28 hodin
Zakončení: kolokvium (2 kredity)
Celková hodinová zátěž předmětu: 2 kredity -> 2x 26 hodin = 52 hodin (viz ECTS Label)
C2110 Operační systém UNIX a základy programování -11Hodnocení
znalostí
Dva průběžné testy: (20 minut) 2x10 bodů
Zakončení:
- finální test (1 hodina) 50 bodů
- skript podle zadání (1 hodina) 30 bodů
=======================================================
Celkem: 100 bodů
Uspěl: >= 80 bodů
C2110 Operační systém UNIX a základy programování -12Klastr
WOLF
C2110 Operační systém UNIX a základy programování -13Struktura
klastru WOLF
univerzitní síť
wolf.ncbr.muni.cz
místní síť
wolf.wolf.inet
wolf
switch
wolf03 wolf04 wolf05wolf02wolf01
wolf06 wolf07 wolf08 wolf23
server pracovní stanice (výpočetní uzly)
veřejně nedostupná doména:
wolf.inet
Operační systém: Ubuntu 12.04 (Precise) LTS
http://www.ubuntu.com/
C2110 Operační systém UNIX a základy programování -14Pravidla
používání
Klastr WOLF je určen výhradně pro účely výuky či pro vědeckou práci v rámci
Národního centra pro výzkum biomolekul.
Dodržují se pravidla užívání počítačové sítě Masarykovy univerzity:
https://is.muni.cz/auth/do/rect/normy/smernicerektora/Smernice_MU_6-2011.pdf
Klastr WOLF Je vysloveně zakázáno používat pro:
 stahování nelegálního obsahu (autorsky chráněná díla apod.)
 rozesílání virů, spamů, nevyžádané pošty a podobných materiálů
 prolomení ochrany jiných počítačů
 čtení, mazaní či změnu nechráněného obsahu souborů jiných uživatelů
Přihlašovací jméno a heslo tvoří identitu uživatele a proto ji zásadně
nesdělujeme třetím osobám, neukládáme či zasíláme (např. e-mailem) v
nešifrované formě!
C2110 Operační systém UNIX a základy programování -15Správci
klastru
Hlavní správce klastru WOLF:
Jakub Štěpán (xstepan3@chemi.muni.cz)
 zakládání nových účtů
 změna zapomenutých hesel
 správa hardware
 správa systému a systémových aplikací
Správce aplikací pro vědecko-technické výpočty (moduly):
Petr Kulhánek (kulhanek@chemi.muni.cz)
Než kontaktujete správce, prodiskutujte svůj problém s vaším kolegou, vyučujícím nebo
školitelem.
C2110 Operační systém UNIX a základy programování -16Učebna
1.18
Učebna s 20 PC
3D vizualizace
Uspořádaní do
výpočetního klastru
Učebna je volně přístupná studentům, kteří jsou členové LCC skupiny a dále
studentům, kterým v daném semestru v učebně probíhá výuka.
Bezpečnost práce!