C2110 Operační systém UNIX a základy programování -1- C2110 Operační systém UNIX a základy programování 1. lekce Petr Kulhánek kulhanek@chemi.muni.cz Národní centrum pro výzkum biomolekul, Přírodovědecká fakulta Masarykova univerzita, Kotlářská 2, CZ-61137 Brno C2110 Operační systém UNIX a základy programování -2- Obsah  Přihlašování místní přihlášení, změna hesla  Programové vybavení systémové aplikace, přehled, vědeckotechnické aplikace, vmd C2110 Operační systém UNIX a základy programování -3- Přihlašování  Místní přihlášení  Změna hesla C2110 Operační systém UNIX a základy programování -4Místní přihlášení Místní terminály:  šest textových terminálů (F1 ... F6)  jeden grafický terminál (F7, F8, ...)  přepínání pomocí kláves Ctrl+Alt+F1 ... Ctrl+Alt+F7 Přihlášení:  nutno zadat přihlašovací jméno (login) a heslo (password) Přihlašovací jméno a heslo tvoří identitu uživatele a proto ji zásadně nesdělujeme třetím osobám, neukládáme či zasíláme (např. e-mailem) v nešifrované formě! Operační systém Linux je velmi flexibilní a umožňuje i jiné způsoby míst-ního přihlášení, např. pomocí identifikačních karet či kryptografických klíčů. Více lze nalézt v nápovědě systému PAM (Pluggable Authentication Modules). $ man 8 pam C2110 Operační systém UNIX a základy programování -5Místní přihlášení Textový terminál (F1-F6):  zpřístupňuje příkazovou řádku (CLI – command line interface)  výchozím adresářem je /home/vas_login  grafické aplikace (X11) lze spouštět jen s exportem displeje na vzdálený grafický terminál  odhlášení příkazem exit Grafický terminál (F7):  spouští X11 server a v něm okenního správce (KDE, GNOME, atd.)  okenního správce (WM – window manager) lze zvolit před vlastním přihlášením  umožňuje přímé spouštění grafických programů (GUI – graphical user interface)  příkazová řádka je dostupná pomocí speciálních aplikací  xterm  konsole  odhlášení pomocí nabídky v menu okenního správce C2110 Operační systém UNIX a základy programování -6Místní přihlášení Grafický terminál (F7): Volba desktopového prostředí Přihlašovací jméno Heslo C2110 Operační systém UNIX a základy programování -7- Terminály Příkazová řádka je přístupná přímo z textových terminálů. V grafickém prostředí X11 je nutné spustit vhodnou aplikaci emulující textový terminál. xterm konsole jednoduché, standard na všech UNIXových systémech jednoduché přitom značně konfigurovatelné, dostupné v prostředí KDE Výchozím adresářem je: /home/vas_login C2110 Operační systém UNIX a základy programování -8Příkazová řádka [kulhanek@wolf ~]$ jméno uživatele jméno počítače aktuální adresář (~ znamená domovský adresář /home/vas_login) typ uživatele ($ běžný uživatel, # superuživatel) místo pro příkaz Příkaz se vykoná zmáčknutím klávesy Enter. Historie: pomocí kurzorových šipek nahoru a dolů lze procházet seznamem již zadaných příkazů. Příkaz z historie lze znovu použít nebo upravit a upravený použít. Automatické doplňování: zmáčknutím klávesy Tab (tabulátor) se interpret příkazové řádky snaží dokončit rozepsané slovo. Doplňují se jména příkazů, cesty a jména souborů ... C2110 Operační systém UNIX a základy programování -9Změna hesla, příkaz passwd  Heslo se mění po přihlášení do systému z příkazové řádky pomocí příkazu passwd.  Po jeho spuštění jste dotázaní na současné platné heslo a poté na heslo nové. Nové heslo se je nutné zadat dvakrát, aby se omezily možné překlepy.  Změna se projeví na všech počítačích klastru WOLF.  Heslo by mělo být dostatečně silné. Mělo by obsahovat kombinaci písmen (malých a velkých), číslic a speciálních znaků.  Při zadávání hesla nepoužíváme numerickou část klávesnice, speciální klávesy a přemykače kromě klávesy Shift. Vyvarujete se tak problémům se zadáváním hesla na jiných počítačích. C2110 Operační systém UNIX a základy programování -10Změna hesla - passwd kulhanek@wolf:~$ passwd Enter login(LDAP) password: You can now choose the new password or passphrase. A valid password should be a mix of upper and lower case letters, digits, and other characters. You can use an 8 character long password with characters from at least 3 of these 4 classes, or a 7 character long password containing characters from all the classes. An upper case letter that begins the password and a digit that ends it do not count towards the number of character classes used. A passphrase should be of at least 3 words, 11 to 40 characters long, and contain enough different characters. Alternatively, if no one else can see your terminal now, you can pick this as your password: "freed*frost+groan". Enter new password: Re-type new password: LDAP password information changed for kulhanek passwd: password updated successfully kulhanek@wolf:~$ při psaní se nezobrazují žádné znaky C2110 Operační systém UNIX a základy programování -11Desktopová prostředí Grafický terminál (F7): Volba desktopového prostředí Přihlašovací jméno Heslo C2110 Operační systém UNIX a základy programování -12KDE kde.org C2110 Operační systém UNIX a základy programování -13GNOME gnome.org C2110 Operační systém UNIX a základy programování -14Programové vybavení  Standardní aplikace  Přehled standardních aplikací  Vědecko-technické aplikace  Program VMD C2110 Operační systém UNIX a základy programování -15Standardní aplikace KDE menu - “Kickoff” styl KDE menu - Klasický styl Aplikace dostupné v menu okenního manažeru. Aplikace lze spouštět i z příkazové řádky. Přepínání stylu v kontextové nabídce (pravé tlačítko myši nad ikonou “K”) C2110 Operační systém UNIX a základy programování -16Standardní aplikace Firefox webový prohlížeč OpenOffice/LibreOffice textový editor (Writer) tabulkový kalkulátor (Calc) prezentace (Impress) Gimp editor rastrové grafiky Inkscape editor vektorové grafiky Okular prohlížeč PDF dokumentů Navazující předmět (jarní semestr): C2150 Zpracování informací a vizualizace v chemii C2110 Operační systém UNIX a základy programování -17Vědecko-technické aplikace Přehled dostupných aplikací: $ module $ module versions vmd Přehled dostupných verzí aplikace: Aktivace aplikace: $ module add vmd Spuštění aplikace z modulu vmd $ vmd Vědeckotechnické aplikace, které jsou instalovány v několika verzích (verze aplikace, typ kompilace, paralelní verze), jsou dostupné ve formě modulů. Před použitím aplikace je nutné příslušný modul aktivovat. C2110 Operační systém UNIX a základy programování -18Program VMD Representation Program slouží k vizualizaci (bio)molekul a k analýze výsledků molekulárně dynamických simulací. Program je volně dostupný (vyžaduje registraci) a je dostupný i pro operační systém MS Windows. http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ C2110 Operační systém UNIX a základy programování -19Program VMD Selekce (volba) části molekuly: protein – zvolí všechny aminokyseliny water – zvolí všechny molekuly vody chain X – zvolí řetězec X resname X – zvolí residuum s názvem X resid X – zvolí residuum s číslem X Příklady: chain A chain A B C resname ASP GLU resid 1 resid 1 to 100 Bližší informace: C2150 Zpracování informací a vizualizace v chemii C2110 Operační systém UNIX a základy programování -20PDB Databáze www.pdb.org Obsahuje struktury biomolekul určené metodami rentgenové strukturní analýzy, nukleární magnetické rezonance, teoretické modely. C2110 Operační systém UNIX a základy programování -21- Cvičení PDB: • Najděte protein s PDB kódem 1UZV VMD: • Zobrazte strukturu 1UZV • Zvýrazněte jednotlivé monomerní jednotky komplexu (surf) • Zobrazte sekundární strukturu komplexu (NewCartoon, Color: Secondary Structure). Který strukturní element ve struktuře převládá? • Zobrazte navázaný ligand (resname FUC). Kolik ligandů je v komplexu obsaženo? • Zobrazte vápenaté ionty (resname CA). Kolik iontů je v komplexu obsaženo?