C2110
Operační systém UNIX a základy programování
12. lekce
Petr Kulhánek
kulhanek@chemi.muni.cz
Národní centrum pro výzkum biomolekul, Přírodovědecká fakulta Masarykova univerzita, Kotlářská 2, CZ-61137 Brno
)erační systém UNIX a základy programování
)erační systém UNIX a základy programování
-2-
Analýza textových souborů
54	.7332	295	.7275	128	.4090	-508.	1302	-155	.6037	0	.0000
51	.3204	292	.3619	176	.5980	-494.	7423	-164	.7991	0	.1822
40	.6154	273	.9238	164	.5827	-488.	9232	-163	.0629	0	.3793
52	.5044	281	.5944	153	.4570	-484.	6533	-168	.5328	0	.3528
62	.5486	294	.2701	155	.3607	-483.	6872	-169	.1747	0	.0033
Potential function:
ntf = 2, ntb
ipol       = 0, gbsa
dielc     =     1.00000, cut
0, igb = 5, nsnb
0, iesp       = 0 = 999.00000,  intdiel = 1.00000
)erační systém UNIX a základy programování
	54.7332		295.7275		128.4090		-508.1302		-155.6037		0.0000	
	bl. 40.6154 52.5044 62.5486		292.Jbiy 273.9238 281.5944 294.2701		i7b.byyu 164.5827 153.4570 155.3607		-4y4.74^J -488.9232 -484.6533 -483.6872		-lb4.'/yyi -163.0629 -168.5328 -169.1747		D.lti'A'A 0.3793 0.3528 0.0033	
Potential
r±tf
function:
ipol = dielc =
2, ntb 0, gbsa 1.00000, cut
0, igb = 5, nsnb
0, iesp       = 0 = 999.00000,  intdiel = 1.00000
25
)erační systém UNIX a základy programování
Analýza textových souborů
-Rna i-3ri9 -irr
n nnnn
51.3204
292.3619
176.5980
-494.7423
-164.7991
0.1822
40.6154 52.5044 62.5486
273.9238 281.5944 294.2701
164.5827 153.4570 155.3607
■488.9232 ■484.6533 ■483.6872
■163.0629 168.5328 ■169.1747
0.3793 0.3528 0.0033
Potential function
ntf
2,
ntb
0,
Lgb
5,
nsnb
25
diele
-8-7' ybba
1.00000, cut
999.00000,  intdiel =
e-
1.00000
)erační systém UNIX a základy programování
-5-
Průběh vykonávání skriptu
BEGIN { }
}
/VZOR/ { }
END {
• Blok BEGIN (1) se vykoná (pokud je ve skriptu obsažen) před analýzou souboru.
• Načte se záznam ze souboru. Ve výchozím nastavení je záznamem celý řádek analyzovaného souboru nebo proudu. Záznam se rozdělí na pole. Ve výchozím nastavení jsou pole jednotlivá slova v záznamu.
• Pro daný záznam se vykoná blok (2).
• Pokud záznamu vyhovuje VZOR, vykoná se blok (3).
• .... vykonají se případně další bloky ....
• Blok END (4) se vykoná (pokud je ve skriptu obsažen) po analýze celého souboru.
Blok je uzavřen do složených závorek {}.
Výše uvedené programové bloky jsou volitelné.
Ve výchozím nastavení je záznamem řádek souboru.
)erační systém UNIX a základy programování
Regulární výrazy
/VZOR/ {
Pokud záznamu vyhovuje VZOR, tak se blok vykoná.
}
Vzor je regulární výraz.
Regulární výraz je jazyk, který popisuje strukturu textového řetězce. Jazyk se využívá k vyhledávání textových řetězců, k nahrazování části řetězců.
Příklady jednoduchých regulárních výrazů:
TEXT      - je splněno, pokud je v daném záznamu obsažen TEXT (může být kdekoliv) ATEXT    - je splněno, pokud je v daném záznamu obsažen TEXT na začátku TEXT$    - je splněno, pokud je v daném záznamu obsažen TEXT na konci
)erační systém UNIX a základy programování
Cvičení
Ze souboru rst.out vyextrahujte průběh teploty na čase. Průběh zobrazte v gnuplotu.
NSTEP =           1000       TIME(PS)   =               1.000    TEMP(K)   =       305.69 PRESS = 0.0
Etot      =               907.8481    EKtot      =               160.3711    EPtot = 747.4770
BOND      =                40.6154    ANGLE      =              273.9238    DIHED = 164.5827
1-4 NB =                 14.6900    1-4 EEL =               973.2602    VDWAALS = -67.6091
EELEC = -488.9232 EGB = -163.0629 RESTRAINT = 0.3793 EAMBER   (non-restraint)     = 747.0977
Ze souboru rst.out vyextrahujte průběh celkové energie (Etot), kinetické energie (EKtoto) a potenciální energie (EPtot) na čase. Průběh jednotlivých energií zobrazte v gnuplotu. Ověřte, že se součet potenciální a kinetické energie rovná celkové energii.
)erační systém UNIX a základy programování
Pole
AWK používá asociativní pole. Pole má název, k prvkům pole se přistupuje pomocí klíče. Klíč může mít libovolnou hodnotu a typ. Klíčem může být hodnota proměnné.
Přiřazeni hodnoty:
moje_pole[klic]  = hodnota;
Ziskáni hodnoty:
hodnota = moje_pole[klic];
Přiklady:
i = 5;
moje_pole[i]  = 15; print moje_pole[i];
a = "slovo";
moje_pole[a]  = "hodnota";
print moje pole["slovo"],  moje pole[5];
)erační systém UNIX a základy programování
	proměnna	pole
	print pole	proměnna
		
}	•   • •	
Vykoná tělo cyklu pro každý klíč, který byl použit pro uložení hodnoty do pole. Hodnota klíče je uložena do proměnné .
>erační systém UNIX a základy programování
Cvičení
1. Ze souboru rst.out vyextrahujte průběh teploty na čase. Výsledný soubor nebude obsahovat dvě poslední hodnoty, které jsou průměrnou hodnotou a její fluktuací. Průběh zobrazte v gnuplotu.
2. Ze souboru rst.out vyextrahujte průběh teplotu a spočítejte její průměrnou hodnotu. Vypočtenou hodnotu srovnejte s průměrnou hodnotou uvedenou v souboru rst.out. Proč se hodnoty liší?
)erační systém UNIX a základy programování