Homologické modelování proteinů


predikce neznámé 3D struktury na základě její podobnosti ke 3D struktuře známé


Vícestupňový proces:

1)      nalezení podobných 3D struktur

2)      zvolení vhodného výchozího modelu

3)      vlastní homologické modelování (=„zmutování“ modelu na hledanou strukturu)

4)      ověření „správnosti“ modelu numerickými kontrolními kritérii



literatura: např. http://en.wikipedia.org/wiki/Homology_modeling


Vstupy:  veškeré dostupné informace o hledaném proteinu, přinejmenším 1D struktura



Nástroje: [DEL: :DEL]

1) http://www.ebi.ac.uk/Tools/fasta33/index.html  - nástoj FASTA pro

vyhledávání podobných AA sekvencí

2) PDB , databáze známých proteinových struktur, http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

3) WWW servery pro hledání struktur proteinů s podobnou 3D strukturou, např.
PDBeFold                     http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/ssm/

4)  WWW servery pro homologické modelování

5) Vizualizace výsledků


Servery pro homologické modelování – nový test „kvality“ CASP 10 bude zveřejněn v prosinci 2012:
http://predictioncenter.org/casp10/index.cgi


Postup:

1) hledání pomocí nástroje FASTA, identifikace PDB identifikátorů struktur s podobnou primární
strukturou


2) PDB: databáze 3D struktur proteinů


3) hledání prostorově (3D) podobných proteinů




4) Omezení sekvence na oblasti se známými 3D analogy, homologické modelování na vybraném serveru


5) Vizualizace PDB souborů a pozorování (+interpretace) strukturních rozdílů - např. s nástrojem
Swiss Pdb Viewer