Vědecká publikace (jak písemně prezentovat výsledky) Oborový seminář BGP I, 15. 11. 2012 Typy vědeckých publikací • full article • • letter / rapid (short) communication • review • Mám dostatek dat pro napsání článku? Jsou výsledky tak zásadní, že zaslouží urychlenou publikaci? Vědecký styl a jazyk • (Guide for Authors) • • popisovat výsledky a formulovat závěry jasně, jednoznačně, stručně a výstižně • většinou činný rod – úspornější vyjadřování (carbone dioxide was consumed by plants.... plants consumed carbone dioxide.....) • známá a prověřená fakta – přítomný čas (telomeres are nucleoprotein structures located at the ends of linear eukaryotic chromosomes) • popis experimentů, výsledky – minulý čas (transcription of the TERT gene was below the detection limit in telomerase negative tissues; cells were cultivated in the presence of hypomethylation drugs for 7 days) • • Struktura vědeckého článku • název • • autoři • abstrakt • • • úvod • • materiál a metody • výsledky • • diskuse • • • poděkování • • reference • „supplementary“ materiál • Název • zásadní objev NE Analysis of the AtTERT gene epigenetic properties in telomerase-positive and telomerase negative tissues ANO Developmental silencing of the AtTERT gene is associated with increased H3K27me3 loading and maintenance of its euchromatic environment • žádné zkratky a laboratorní žargon • • přesný, jednoznačný, (pokud možno) krátký • • použít maximum „klíčových slov“ • Klíčová slova: výběr důležitých výrazů – zvyšuje pravděpodobnost, že článek objeví lidé z vašeho oboru (Arabidopsis thaliana, developmental regulation, DNA methylation, histone modifications, telomerase) Abstrakt • sumarizuje problém metodu výsledky závěr • dostatečně detailní • • měl by „souznít“ s názvem • • žádné zkratky, citace, obrázky, tabulky, ... • • někdy (klinické časopisy) strukturovaný abstrakt • • většinou se píše nakonec • Úvod • stručné shrnutí současného stavu problému • • uvést relevantní práce • v posledním odstavci shrnout proč a co zásadního jsme udělali (jinak než v abstraktu) Materiál a metody • dostatečně detailní pro případné zopakování pokusů • nové a méně obvyklé metody uvést detailně, u běžných (izolace DNA, dříve zavedená PCR) stačí citace • popsat všechny modifikace zavedených metod • • jednoznačně popsat použité přístroje a specifické chemikálie (enzymy, kity) • popsat statistické zpracování dat Výsledky • objektivně a dostatečně detailně popsat provedené experimenty a jejich výsledky • řazení kapitol by mělo mít vnitřní logiku (nelze nejdřív uvést výsledky analýzy transkripce a potom popsat validaci referenčních genů) • většinou se neprezentují „raw“ data (mohou být součástí supplementů), ale zpracované obrázky / grafy / tabulky • obrázky a tabulky se číslují podle pořadí výskytu v textu • • legendy k obrázkům musí být natolik detailní a srozumitelné, aby byla informace zřejmá i bez čtení hlavního textu • • na konci každé kapitoly – stručné shrnutí výsledků, ale bez širší interpretace Diskuse • co moje výsledky přinášejí nového v kontextu už publikovaných údajů • shoda / rozpory s dříve publikovanými daty, rozpory je třeba se snažit objasnit • kam a jak moje výsledky posunuly poznání v dané oblasti • je možno prezentovat (rozumné) hypotézy • • je dobré vymezit, jak bude výzkum pokračovat • schémata – jak to podle našich výsledků funguje • • aplikace (??) • • na konci – obecnější shrnutí, závěry Na co si dát pozor!!! • nevyvozovat z výsledků více, než co ukazují • nespecifická vyjádření vyšší teplota, horší růst kultury • zbytečné zavádění nových termínů • • spekulovat v rozumných mezích Reference • cokoliv, co není učebnicová informace, musí být citováno • formát citací je – bohužel – specifický pro daný časopis (guide for authors) • výhodné je používání elektronických knihoven - EndNote • Supplementary data • „raw“ data, která jsou vyžádána recenzenty, případně nám připadají užitečná • kontrolní a optimalizační experimenty • • videa, 3D modely Před odesláním • jazyková revize – nejlépe native speaker nebo language editing companies • zkontrolovat kvalitu obrázků • ověřit si srozumitelnost – dát přečíst „nezainteresované“ osobě • zkontrolovat formát citací • dobře si vybrat časopis (scope, open access) • cover letter • být si jistý, že všichni autoři souhlasí s finální podobou ms Jak se naučit psát vědecké články 1.ČÍST, ČÍST, ČÍST,...... 2. 2. Zkusit NĚCO napsat (materiál a metody, výsledky,...) 3. 3.Tak na popáté se to podaří J Jak urychlit učení se psaní vědeckých článků Naučit se myslet vědecky, podle osnovy vědeckého článku! Vaše vědecká práce je příběh, který by měl z něčeho vycházet a k něčemu konkrétnímu směřovat!!! •Chápat co dělám a proč to dělám •Chápat principy metod – když něco nebude fungovat, můžu vymýšlet modifikace •Vést si pečlivý a podrobný laboratorní deník, každá úloha by měla obsahovat „ideu“ a „závěr“; zaznamenat VŠECHNY experimentální detaily •Výsledky si často a pravidelně zpracovávat do „publikační“ podoby •Vést časté a pravidelné diskuse (se školitelem, s kolegy) – research progress, interpretace výsledků, modifikace postupů, vymýšlení návazných experimentů Proč je publikování důležité • základní výzkum – jediným hmatatelným výstupem je publikace • • peer review – vaše práce prošla kritikou • • kvalita článku – počet citací • • h-index – „kvalita“ vědce Kolik článků daného autora dosahuje vyššího počtu citací, než je pořadové číslo článku podle počtu citací (h = počet článků, které mají počet citací vyšší / rovno h) • h index je jedním z kritérií např. v grantových soutěžích • • IF (impact factor) – kvalita časopisu poměr mezi počtem citací a počtem článků uveřejněných v daném časopise = průměrný počet citací na článek v roce 2010: 187 citací na články z roku 2009, v roce 2009 publikováno 54 článků 318 citací na články z roku 2008, v roce 2008 publikováno 46 článků 505 citací / 100 článků IF = 5.05 (Thomson Reuters)