Přednášky:úterý A11-306, 14:00 - 15:50
Cvičení: úterý A9-316, 7:00-8:50, 9:00-10:50, 11:00-12:50
Datum č. Lekce
17.9.2013 Bi9060 + Bi5000 Bioinformatika – základní definice, molekulárně biologické databáze
cvičení se nekoná
24.9.2013 Bi9060 + Bi5000 přednáška odpadá
cvičení se nekoná
1.10.2013 2 Sekvenování DNA, next generation sequencing
Cvičení - textové vyhledávání v databázích
8.10.2013 3 Genomové projekty, manipulace se sekvenčními daty
Cvičení – formáty sekvencí, manipulace se sekvenčními daty
15.10.2013 4 Bi9060+ Bi5000 Posuzování podobnosti sekvencí nukleových kyselin a proteinů
Cvičení – restrikční mapování in silico, návrh primerů
22.10.2013 5 Mnohonásobné přiložení sekvencí a fylogeneze
Cvičení – párové přiložení sekvencí, BLAST
29.10.2013 6 Počítačové vyhledávání genů a srovnávací genomika
Cvičení - mnohonásobné přiřazení a fylogeneze
5.11.2013 7 Analýza sekvencí proteinů
Cvičení – hledání prokaryotických genů, práce s programy pro srovnávací genomiku
12.11.2013 8 Připrava anotované sekvence DNA pro zaslání do databáze
Cvičení – analýza sekvencí proteinů
19.11.2013 9 Strukturní databáze
Cvičení – zpracování sekvence v programu Sequin
26.11.2013 10 Predikce struktury proteinů
Cvičení – základní strukturní analýzy, vizualizace proteinových struktur v PyMOL
3.12.2013 Bi9060 + Bi5000 Testy k ukončení kolokviem ke každému z předmětů (předtermín, skenovaná písemka)
Cvičení – predikce struktury proteinů
11
Plán výuky předmětů Bi5000 Bioinformatika I - nukleové kyseliny, Bi9060 Bioinformatika II - proteiny
a Bi9061 Bioinformatika - cvičení v semestru Podzim 2013
1
Bi9061
Bi9061
Bi9061
Bi9061
Bi9061
Bi9061
Bi9061
Bi9061
Bi9061
Bi9061
Bi9060
Bi9060
Předmět
Bi5000
Bi5000
Bi5000
Bi5000
Bi9060
Bi9060
Bi9061
Bi9061