###################################################
### chunk number 1: 
###################################################
#line 50 "M5201cv02.Rnw"
options(continue=" ")


###################################################
### chunk number 2: 
###################################################
#line 54 "M5201cv02.Rnw"
lattice.options(default.theme = "col.whitebg")
options(SweaveHooks = list(fig = function() par(mfrow=c(1,1))),width=90)


###################################################
### chunk number 3: 
###################################################
#line 252 "M5201cv02.Rnw"
domacnosti <- scan("clipboard", sep = " ")
time <- 1998:2008


###################################################
### chunk number 4: 
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
#line 261 "M5201cv02.Rnw"
TxtX <- "Rok"
TxtY <- "Pocet domacnosti"
plot(time, domacnosti, type = "p", xlab = TxtX, ylab = TxtY)


###################################################
### chunk number 5: 
###################################################
#line 290 "M5201cv02.Rnw"
model1 <- lm(domacnosti ~ time)
summary(model1)


###################################################
### chunk number 6: 
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
#line 328 "M5201cv02.Rnw"
plot(time, domacnosti, type = "p", xlab = TxtX, ylab = TxtY)
abline(lm(domacnosti~time), col = "blue", lty=1)


###################################################
### chunk number 7: 
###################################################
#line 342 "M5201cv02.Rnw"
data.library<-"C:/Users/Marie/Documents/DSP/cviceni/M5201/"


###################################################
### chunk number 8: 
###################################################
#line 354 "M5201cv02.Rnw"
fileDat <- paste(data.library, "DataNiger.dat", sep = "")
(TXT <- paste(scan(fileDat, what = "", nlines = 1), collapse = " "))


###################################################
### chunk number 9: 
###################################################
#line 363 "M5201cv02.Rnw"
dataNiger <- read.table(fileDat, header = F, skip = 2)
names(dataNiger)<-c("Rok","Prutok")
str(dataNiger)
head(dataNiger)


###################################################
### chunk number 10: 
###################################################
#line 372 "M5201cv02.Rnw"
attach(dataNiger)


###################################################
### chunk number 11: 
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
#line 378 "M5201cv02.Rnw"
plot(Rok, Prutok, main = TXT, cex.main = 0.85, type = "l")


###################################################
### chunk number 12: 
###################################################
#line 399 "M5201cv02.Rnw"
model3<-lm(Prutok~Rok + I(Rok^2) + I(Rok^3))
summary(model3)


###################################################
### chunk number 13: 
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
#line 437 "M5201cv02.Rnw"
n <- length(Rok)
gridt <- seq(Rok[1],Rok[n],length.out=500)
Pred3 <- predict(model3, data.frame(Rok=gridt))
par(mar=c(2,2,1,0)+0.5)
plot(Rok, Prutok, type = "l", main = TXT, cex.main = 0.85)
matlines(gridt, Pred3, col="red")


###################################################
### chunk number 14: 
###################################################
#line 458 "M5201cv02.Rnw"
model6<-lm(Prutok~Rok + I(Rok^2) + I(Rok^3) + I(Rok^4) + I(Rok^5) + I(Rok^6))
summary(model6)


###################################################
### chunk number 15: 
###################################################
#line 499 "M5201cv02.Rnw"
delta<-mean(Rok)
RokC<-Rok-delta
model6C<-lm(Prutok~RokC + I(RokC^2) + I(RokC^3)+ I(RokC^4) + I(RokC^5)+ I(RokC^6))
summary(model6C)


###################################################
### chunk number 16: 
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
#line 538 "M5201cv02.Rnw"
gridtC <- gridt-delta
Pred6 <- predict(model6C, data.frame(RokC=gridtC))
par(mar=c(2,2,1,0)+0.5)
plot(Rok, Prutok, type = "l", main = TXT, cex.main = 0.85)
matlines(gridt, Pred6, col="red")


###################################################
### chunk number 17: 
###################################################
#line 566 "M5201cv02.Rnw"
fileDat <- paste(data.library, "nytemps.dat", sep = "")
data <- read.table(fileDat)
str(data)
head(data)


###################################################
### chunk number 18: 
###################################################
#line 571 "M5201cv02.Rnw"
names(data) <- "teploty"
attach(data)


###################################################
### chunk number 19: 
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
#line 580 "M5201cv02.Rnw"
TXT <- "Prumerne mesicni teploty v New Yorku"
n <- length(teploty)
Time <- 1:n
plot(1945+Time, teploty, type = "l", xlab="Cas", ylab = "Teplota")


###################################################
### chunk number 20: 
###################################################
#line 603 "M5201cv02.Rnw"
modelPeriod<-lm(teploty ~ 1 + I(sin(2*pi/12*Time)) + I(cos(2*pi/12*Time)))
summary(modelPeriod)


###################################################
### chunk number 21: 
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
#line 637 "M5201cv02.Rnw"
n <- length(data$teploty)
gridt <- seq(Time[1],Time[n],length.out=500)
PredPeriod <- predict(modelPeriod, data.frame(Time=gridt))
par(mar=c(2,2,1,0)+0.5)
plot(1945+Time, data$teploty, type = "l", main = TXT, cex.main = 0.85)
matlines(1945+gridt, PredPeriod, col="green")


###################################################
### chunk number 22: 
###################################################
#line 663 "M5201cv02.Rnw"
fileTxt <- paste(data.library, "moths_info.txt", sep = "")
con <- file(fileTxt)
(popis <- readLines(con))
close(con)


###################################################
### chunk number 23: 
###################################################
#line 674 "M5201cv02.Rnw"
fileDat <- paste(data.library, "moths.csv", sep = "")
data <- read.table(fileDat, header = TRUE, , sep = ";")
str(data)


###################################################
### chunk number 24: 
###################################################
#line 683 "M5201cv02.Rnw"
levels(data$Location)


###################################################
### chunk number 25: 
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
#line 696 "M5201cv02.Rnw"
plot(data$Location, data$Number, ylab = "Number")


###################################################
### chunk number 26: 
###################################################
#line 729 "M5201cv02.Rnw"
anova1 <- lm(Number ~ Location, data)
summary(anova1)


###################################################
### chunk number 27: 
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
#line 796 "M5201cv02.Rnw"
plot(data$Lure, data$Number, ylab = "Number")


###################################################
### chunk number 28: 
###################################################
#line 816 "M5201cv02.Rnw"
anova2 <- lm(Number ~ Lure + Location, data)
summary(anova2)


###################################################
### chunk number 29: 
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
#line 860 "M5201cv02.Rnw"
interaction.plot(data$Location, data$Lure, data$Number, xlab = "Location", ylab = "Number", trace.label = "Lure" )


###################################################
### chunk number 30: 
###################################################
#line 881 "M5201cv02.Rnw"
anova3 <- lm(Number ~ Lure*Location, data)
summary(anova3)


###################################################
### chunk number 31: 
###################################################
#line 928 "M5201cv02.Rnw"
fileDat <- paste(data.library, "mite.txt", sep = "")
roztoci <- read.table(fileDat, sep = "\t", header = TRUE)
str(roztoci)


###################################################
### chunk number 32: 
###################################################
#line 932 "M5201cv02.Rnw"
attach(roztoci)


###################################################
### chunk number 33: 
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
#line 945 "M5201cv02.Rnw"
plot(temp, rate, type = "n")

points(temp[genus=="genA"], rate[genus=="genA"])
points(temp[genus=="genB"], rate[genus=="genB"], pch = 16)
legend("topleft", legend = c("genA", "genB"), pch = c(1,16), bty = "n")


###################################################
### chunk number 34: 
###################################################
#line 970 "M5201cv02.Rnw"
ancova <- lm(rate~temp + I(temp^2) + genus)
summary(ancova)


###################################################
### chunk number 35: 
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
#line 1005 "M5201cv02.Rnw"
grid <- seq(from = min(temp), to = max(temp), length.out = 300)
predA <- predict(ancova, data.frame(temp=grid,genus=rep("genA",300)))
predB <- predict(ancova, data.frame(temp=grid,genus=rep("genB",300)))
plot(temp, rate, type = "n")
points(temp[genus=="genA"], rate[genus=="genA"])
points(temp[genus=="genB"], rate[genus=="genB"], pch = 16)
matlines(grid, predA, col = "navy")
matlines(grid, predB, col = "darkgreen")
legend(x = 10.5, y = 0.2, legend = c("genA","genB"), pch = c(1,16), col = c("navy","darkgreen"), bty = "n")
legend(x = 9, y = 0.18, legend = c("genA","genB"), lty = 1, col = c("navy","darkgreen"), bty = "n")


