### R code from vignette source 'C:/Users/Marie/Documents/DSP/cviceni/M5201/M5201cv11.Rnw'
### Encoding: CP1250

###################################################
### code chunk number 1: M5201cv11.Rnw:70-71
###################################################
options(continue=" ")


###################################################
### code chunk number 2: M5201cv11.Rnw:74-76
###################################################
lattice.options(default.theme = "col.whitebg")
options(SweaveHooks = list(fig = function() par(mfrow=c(1,1))),width=70)


###################################################
### code chunk number 3: M5201cv11.Rnw:459-461
###################################################
fileDat<-paste(data.library,"CO2.dat",sep="")
co2<-scan(fileDat,skip=1)


###################################################
### code chunk number 4: M5201cv11.Rnw:470-472
###################################################
TS<-ts(co2,start=1965,frequency=12)
str(TS)


###################################################
### code chunk number 5: M5201cv11.Rnw:481-483
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
par(mar=c(2,2,1,0)+0.5)
plot(TS,type="o",pch=20,cex=3)


###################################################
### code chunk number 6: M5201cv11.Rnw:524-527
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
fileFun<-paste(data.library,"FunkceM5201.R",sep="")
source(fileFun)
vysl<-SzSmallTrendModif(TS)


###################################################
### code chunk number 7: M5201cv11.Rnw:539-541
###################################################
summary(vysl$model)
anova(vysl$model)


###################################################
### code chunk number 8: M5201cv11.Rnw:561-563
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
par(mfrow=c(1,2),mar=c(5,5,2,0)+0.05)
plot(vysl$model,which=1:2)


###################################################
### code chunk number 9: M5201cv11.Rnw:592-594
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
par(mfrow=c(1,2),mar=c(5,5,2,0)+0.05)
plot(vysl$model,which=3:4)


###################################################
### code chunk number 10: M5201cv11.Rnw:622-624
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
par(mfrow=c(1,1),mar=c(5,5,2,0)+0.05)
plot(vysl$model,which=5)


###################################################
### code chunk number 11: M5201cv11.Rnw:645-648
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
library(car)
par(mfrow=c(1,1),mar=c(5,5,2,0)+0.05)
infIndexPlot(vysl$model,vars=c("Cook", "Studentized", "Bonf","hat"))


###################################################
### code chunk number 12: M5201cv11.Rnw:784-788
###################################################
library(tseries)
res.standard<-rstandard(vysl$model)
shapiro.test(res.standard)
jarque.bera.test(res.standard)


###################################################
### code chunk number 13: M5201cv11.Rnw:806-808
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
par(mfrow=c(1,1),mar=c(2,2,2,0)+0.05)
HistFit(res.standard)


###################################################
### code chunk number 14: M5201cv11.Rnw:855-858
###################################################
library(lmtest)
Time<-1:length(res.standard)
bptest(res.standard ~ Time)


###################################################
### code chunk number 15: M5201cv11.Rnw:872-874
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
par(mfrow=c(1,1),mar=c(5,2,2,0)+0.05)
boxplotSegments(res.standard, seglen = 12, xlab = "Standardised Residuals")


###################################################
### code chunk number 16: M5201cv11.Rnw:914-916
###################################################
Box.test(res.standard)
Box.test(res.standard,type="Ljung-Box")


###################################################
### code chunk number 17: M5201cv11.Rnw:928-933
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
par(mfrow=c(2,1),mar=c(2,2,1,0)+0.05)
acf(res.standard)
mtext("ACF")
acf(res.standard,type="partial")
mtext("PACF")


###################################################
### code chunk number 18: M5201cv11.Rnw:1060-1063
###################################################
library(lmtest)
Time<-1:length(res.standard)
(DWtest<-dwtest(res.standard~Time,alternative="two.sided"))


###################################################
### code chunk number 19: M5201cv11.Rnw:1086-1091
###################################################
n<-length(res.standard)
x<-res.standard[1:(n-1)]
y<-res.standard[2:n]
m.res<-lm(y~x)
summary(m.res)


###################################################
### code chunk number 20: M5201cv11.Rnw:1104-1112
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
par(mfrow=c(1,1),mar=c(2,2,1,0)+0.05)
txt<-paste("D =",round(DWtest$statistic,2),"   rho1 =",
            round(1-0.5*DWtest$statistic,2), "   p-value =",
            round(DWtest$p.value,5))
plot(x,y)
abline(h=0,col="gray")
abline(m.res,col="red",lwd=2)
mtext(txt)


