logo-IBA logo-MU
© Institut biostatistiky a analýz
ÚVOD DO MATEMATICKÉ BIOLOGIE  I.
prof. Ing. Jiří Holčík, CSc.
•UKB, pav. A29, RECETOX, dv.č.112
•holcik@iba.muni.cz

levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU
© Institut biostatistiky a analýz
þ
þzástupce ředitele
þIBA PřF a LF MU pro výuku:
þ
þ
þ
þ
þRNDr. Tomáš Pavlík, Ph.D.
þe-mail: pavlik@iba.muni.cz
þstudijní administrátorka:
þRadmila Lopuchovská
þlopuchovska@iba.muni.cz       tel.: 549 49 4321
þ

levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU
© Institut biostatistiky a analýz
A KDO JSTE VY ?
http://www.iba.muni.cz/images/noph.jpg

levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU
© Institut biostatistiky a analýz
KDY A KDE SE BUDEME VÍDAT?
þ

levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU
© Institut biostatistiky a analýz
KDY A KDE SE BUDEME VÍDAT?
þ
þUKB, budova A1, Kamenice 3, 6.p,
þ učebna COMPK6
þpondělí jednou za 2 týdny, 10 - 12 hod.
Detail fotografie

levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU
© Institut biostatistiky a analýz
KDY A KDE SE BUDEME VÍDAT?
þ
þUKB, budova A1, Kamenice 3, 6.p,
þ učebna COMPK6
þpondělí jednou za 2 týdny, 10 - 12 hod.
þ
þzačínáme dnes, tj. 19. září 2016
þkončíme 12. prosince 2016
þtakže oficiálně 7 krát

levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU
© Institut biostatistiky a analýz
https://is.muni.cz/auth/dok/rfmgr.pl

levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU
© Institut biostatistiky a analýz
CO OČEKÁVAT OD TOHOTO PŘEDMĚTU?
þ

levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU
© Institut biostatistiky a analýz
CO OČEKÁVAT OD TOHOTO PŘEDMĚTU?
þměli bychom si ujasnit o co v matematické biologii půjde – obecně i v zaměření studia

levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU
© Institut biostatistiky a analýz
CO OČEKÁVAT OD TOHOTO PŘEDMĚTU?
þměli bychom si ujasnit o co v matematické biologii půjde – obecně i v zaměření studia

levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU
© Institut biostatistiky a analýz
http://www.iba.muni.cz/index.php?pg=vyuka--ucebnice

levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU
© Institut biostatistiky a analýz
http://portal.matematickabiologie.cz/

levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU
© Institut biostatistiky a analýz
CO OČEKÁVAT OD TOHOTO PŘEDMĚTU?
þměli bychom si ujasnit o co v matematické biologii půjde – obecně i v zaměření studia þpředmět by
měl sloužit trochu jako průvodce studiem oboru „Matematická biologie“

levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU
© Institut biostatistiky a analýz
CO OČEKÁVAT OD TOHOTO PŘEDMĚTU?
þměli bychom si ujasnit o co v matematické biologii půjde – obecně i v zaměření studia þpředmět by
měl sloužit trochu jako průvodce studiem oboru „Matematická biologie“ þa trochu se seznámit s tím,
co se až dosud v matematické biologii přihodilo,
þ aneb
þ „matematické příběhy biologie“,
þ resp.
þ „biologické příběhy matematiky“

levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU
© Institut biostatistiky a analýz
CO OČEKÁVAT OD TOHOTO PŘEDMĚTU?

B. Vogler, A. Rambousek, A. Alt (učitel matematiky), František Tomaš Bratránek (filozof se
zvláštním zájmem o přírodní vědy), J. Lindenthal, G. Mendel (učitel fyziky- drží v ruce fuchsii),
V. Šembera,
Pavel Křížkovský (hudebník a skladatel), J. B. Vorthey, opat Cyril František Napp (odborník na
biblická studia a botaniku), František Matouš Klácel (filozof se zvláštním zájmem o přírodní vědy)
Aurelius (Antonín?) Thaler Narozen: 13. června 1796 v Jihlavě  Zemřel: 21. června 1843 Aurelius
Thaler byl od roku 1824 do roku 1833 profesorem matematky na brněnském filozofickém učilišti. Byl
členem řádu Augustiniánů na Starém Brně, kde konal botanické pokusy v klášterní zahradě. Považujeme
ho za jednoho z prvních významných moravských botaniků. Je autorem herbáře, který využíval při svém
studiu Gregor Mendel.
Již od r. 1830 konal v klášterní zahrádce pokusy profesor matematiky Aurelius Thaler (1796–1843),
zakladatel klášterního herbáře. Po Thalerově smrti převzal péči o herbář i zahrádku právě Klácel,
který ji (1848) zase předal Mendelovi (jemuž také pomáhal v počátcích jeho přírodovědeckých
studií).

levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU
© Institut biostatistiky a analýz
KREDITOVÝ SYSTÉM
þkredity podle časové náročnosti předmětu
þ zpravidla počet hodin výuky za týden
þ
þUKONČENÍ PŘEDMĚTU
þzápočet – žádný kredit navíc
þkolokvium – 1 kredit navíc
þzkouška – 2 kredity navíc

levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU
© Institut biostatistiky a analýz
PODMÍNKY UDĚLENÍ ZÁPOČTU
þaktivní účast ve výuce
þze 7 (6?) přednášek max. 1 absence (omluvená/neomluvená - všechno jedno)
þasi jednostránková esej na téma:
èCo jsem si představoval(a) pod pojmem „matematická biologie“ a co chci dělat/dokázat v
„matematické biologii“?
èProč jsem si vybral(a) obor „Matematická biologie“?
è

levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU
© Institut biostatistiky a analýz


levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU
© Institut biostatistiky a analýz
KDO JE MATEMATICKÝ BIOLOG?
þodborník s komplexním vzděláním v oblasti matematiky, analýzy dat a informatiky, ale zároveň i
biologie a (bio)medicínských oborů;
https://encrypted-tbn3.gstatic.com/images?q=tbn:ANd9GcTIxBYPWe__4kT71CgB9Fo9QaFgxOXAcxHgszOX_NdAdyy
32Qjz3w
þodborník s invenčním myšlením;
þčlověk schopný analýzy a syntézy poznatků z různých oborů.
http://akce.o106.com/files/einstein-222x300.jpg

levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU
© Institut biostatistiky a analýz
MATEMATICKÁ BIOLOGIE
þMatematická biologie (méně též biomatematika ?!) je obor biologie používající matematické metody
ke studiu živých organismů. Jde o poměrně široký obor, který zahrnuje matematické přístupy ke
zpracování biologických dat (např. bioinformatika a biostatistika) a matematické a počítačové
modelování biologických systémů (např. biokybernetika, ekologie).
þ
http://danq.nantoka.info/zangletritecky/uploads/pl-wikipedie640.png

levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU
© Institut biostatistiky a analýz
MATEMATICKÁ BIOLOGIE
SMĚRY STUDIA
þzpracování, analýza a modelování klinických, fyziologických a epidemiologických dat;
http://www.svod.cz/graph/?sessid=flsa0vrumuivfbk0o6an2lnph1&typ=incmor&diag=C50&pohl=z&kraj=&vek_od
=1&vek_do=18&zobrazeni=graph&incidence=1&mortalita=1&mi=0&vypocet=w&obdobi_od=1977&obdobi_do=2011&s
tadium=&t=&n=&m=&pt=&pn=&pm=&t=&n=&zije=&umrti=&lecba=##
þzpracování a analýza biologických, genomických a proteomických dat;
þzpracování, analýza a modelování environmentálních dat.
p_dna_03.jpg
https://encrypted-tbn0.gstatic.com/images?q=tbn:ANd9GcTW00IaL2xyvvt4MTXo7rIlv9cIEnrzkrEvYtwVckP-xIH
qnfxO

levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU
© Institut biostatistiky a analýz
þVysvětlivky:
þ
þPPK - počet kreditů připadající na povinné a povinně volitelné předměty požadovaný pro
absolvování, bez sportovního, jazykového a pedagogického minima a tzv. univerzitního základu, D/N
značí značí počet kreditů za diplomový/nediplomový obor.
þMin SP - sportovní minimum
þMin JZB/JZM - jazykové minimum v bakalářském/magisterském stupni
þZbývá do 180/120 - (garantovaný) počet kreditů pro volbu studenta
þMax (a) až (d) - maximální počet kreditů, který lze požadovat za předměty skupin (a) až (d)
þMax (a) až (e) - maximální počet kreditů, který lze požadovat za předměty skupin (a) až (e)
þ
þVýjimky schválené AS:
þObor Matematická biologie z bakalářského studijního programu Experimentální biologie (dříve pouze
Biologie) – PPK činí 158.
Studium
PPK
Min SP
Min. JZB/JZM
Zbývá do 180/120
Max
(a) až (d)
Max
(a) až (e)
Jednooborové bak.
140
2
2
36
153
171
Dvouoborové bak. odb.
86/72
2
2
18
171
171
MATEMATICKÁ BIOLOGIE
SCHVÁLENÁ KREDITOVÁ SKLADBA STUDIA

levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU
© Institut biostatistiky a analýz
MATEMATICKÁ BIOLOGIE
STUDIJNÍ PLÁNY
þ1. rok studia
þ
þPodzimní semestr
þPovinné předměty
þBi1010 Fylogeneze a diverzita rostlin 3+2 kr. 3/0 zk
þBi1041 Úvod do studia matematické biologie I
þ 1 kr. 1/0 z
þBi1700 Buněčná biologie 2+2 kr. 2/0 zk
þBi2011 Teoretické základy informatiky 4+2 kr. 2/2 zk
þC7777 Zacházení s chemickými látkami 0 kr. 0/0 z
þMB102 Diferenciální a integrální počet 4+2 kr 2/2 zk
þM1111 Lineární algebra a geometrie I 4+2 kr. 2/2 zk
þ
þDoporučené volitelné předměty
þBi1010c Fylogeneze a diverzita rostlin – cv. 2 kr. 0/2 z
þBi1700c Buněčná biologie – cvičení 1 kr. 0/1 z
þC1601 Základy obecné a anorg. chemie 2+2 kr. 2/0 zk
þ
þ

levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU
© Institut biostatistiky a analýz
MATEMATICKÁ BIOLOGIE
STUDIJNÍ PLÁNY
þ1. rok studia
þ
þJarní semestr
þPovinné předměty
þBi2000 Fylogeneze a diverzita živočichů 3+2 kr. 3/0 zk
þBi3011 Algoritmizace a programování 4+1 kr. 2/2 k
þBi6180 Biologie rostlin 2+2kr 2/0 zk
þC2480 Základy organické chemie a biochemie 2+2 kr. 2/0 zk
þM2B02 Diferenciální a integrální počet II 4+2 kr. 2/2 zk
þM2110 Lineární algebra a geometrie II 4+2 kr. 2/2 zk
þ
þDoporučeně volitelné předměty
þBi2000c Fylogeneze a diverzita živočichů – cv 2 kr. 0/2 z
þBi6180c Biologie rostlin – cvičení 2 kr. 0/2 z
þBi8668 Matematická analýza s použitím MAPLE 2 kr. 0/2 z
þ
þ

levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU
© Institut biostatistiky a analýz
MATEMATICKÁ BIOLOGIE
STUDIJNÍ PLÁNY
þ2. rok studia
þ
þPodzimní semestr
þPovinné předměty
þBi1051 Úvod do studia matematické biologie II 1 kr. 1/0 z
þBi3060 Obecná genetika 3+2 kr. 3/0 zk
þBi5080 Základy ekologie 2+2 kr. 2/0 zk
þC3580 Biochemie 3+2 kr. 3/0 zk
þC7777 Zacházení s chemickými látkami 0 kr. 0/0 z
þM3121 Pravděpodobnost a statistika I 4 kr. 2/2 z
þM4130c Výpočetní matematické systémy 4 kr. 2/2 z
þM5858 Spojité deterministické modely I 4+2 kr 2/2 zk
þ alternace s
þM8230 Diskrétní deterministické modely 4+2 kr 2/2 zk
þ
þDoporučeně volitelné předměty
þBi3061 Praktikum z obecné genetiky 2 kr. 0/2 z
þ
þ
þ

levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU
© Institut biostatistiky a analýz
MATEMATICKÁ BIOLOGIE
STUDIJNÍ PLÁNY
þ2. rok studia
þ
þJarní semestr
þPovinné předměty
þBi2060 Základy mikrobiologie 3+2kr 2/1 zk
þBi4010 Základy molekulární biologie 2+2kr 2/0 zk
þBi4011 Týmový projekt z Matematické biologie 2 kr. 0/2 z
þBi5045 Biostatistika pro matematickou biologii 4+2 kr. 3/1 zk
þBi6790 Biologie živočichů 2+2 kr. 2/0 zk
þM4122 Pravděpodobnost a statistika II 4+2 kr. 2/2 zk
þ
þDoporučeně volitelné předměty
þBi4010c Základy molekulární biologie – cvičení 1 kr. 0/1 z
þBi6790c Biologie živočichů – cvičení 2 kr. 0/2 z
þ
þ
þ

levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU
© Institut biostatistiky a analýz
MATEMATICKÁ BIOLOGIE
STUDIJNÍ PLÁNY
þ3. rok studia
þ
þPodzimní semestr
þPovinné předměty
þBi3101 Úvod do matematického modelování 2+2 kr. 2/0 zk
þBi5008 Bakalářská práce z matematické biologie I.
þ 5 kr. 0/5 z
þBi5011 Seminář k bakalářské práci z Matematické biologie
þ 2 kr. 0/2 z
þBi5440 Signály a lineární systémy (Časové řady) 3+2 kr. 2/1 zk
þBi7492 Analýza sekvencí DNA 3+2 kr 2/1 zk
þBi8600 Vícerozměrné metody 3+2 kr. 2/1 zk
þC7777 Zacházení s chemickými látkami 0 kr. 0/0 z
þM5858 Spojité deterministické modely I 4+2 kr 2/2 zk
þM8230 Diskrétní deterministické modely 4+2 kr 2/2 zk
þDoporučeně volitelné předměty
þM5VM05 Statistické modelování 3+2 kr 2/1 zk
þ
þ
þ

levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU
© Institut biostatistiky a analýz
MATEMATICKÁ BIOLOGIE
STUDIJNÍ PLÁNY
þ3. rok studia
þ
þJarní semestr
þPovinné předměty
þBi6010 Bakalářská práce z matematické biologie II.
þ 5 kr. 0/5 z
þBi6011 Seminář k bakalářské práci z Matematické biologie
þ 2 kr. 0/2 z
þBi8150 Evoluční biologie 3+2 kr 3/0 zk
þ
þBi6084 Bakalářská státní závěrečná zkouška z Matematické biologie
þ 0 kr. 0/0 SZk
þ
þ
þ
þ

levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU
© Institut biostatistiky a analýz
MATEMATICKÁ BIOLOGIE
STUDIJNÍ PLÁNY
þVOLITELNÉ PŘEDMĚTY
þPodzimní semestr
þDoporučené volitelné předměty
þBi1010c Fylogeneze a diverzita rostlin – cvičení 2 kr. 0/2 z
þBi1700c Buněčná biologie – cvičení 1 kr. 0/1 z
þBi3061 Praktikum z obecné genetiky 2 kr. 0/2 z
þBi5447 Databázové systémy v biomedicíně 2+2 kr. 1/1 zk
þBi8600c Vícerozměrné metody – cvičení 1 kr. 0/1 z
þM5VM05 Statistické modelování 3+2 kr 2/1 zk
þPV131 Digitální zpracování obrazu 4+2 kr. 2/2 zk
þ
þVolitelné předměty z širšího oboru
þC1601 Základy obecné a anorganické chemie 2+2 kr. 2/0 zk
þC4300 Chemie životního prostředí I - Environmentální procesy
þ 2+2 kr. 2/0 zk

levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU
© Institut biostatistiky a analýz
MATEMATICKÁ BIOLOGIE
STUDIJNÍ PLÁNY
þVOLITELNÉ PŘEDMĚTY
þJarní semestr
þDoporučené volitelné předměty
þBi2000c Fylogeneze a diverzita živočichů – cv. 2 kr. 0/2 z
þBi4010c Základy molekulární biologie – cvičení 1 kr. 0/1 z
þBi6180c Biologie rostlin – cvičení 2 kr. 0/2 z
þBi6790c Biologie živočichů – cvičení 2 kr. 0/2 z
þBi7527 Analýza dat v R 2+2 kr. 2/0 zk
þBi8668 Matematická analýza s použitím MAPLE 2kr. 0/2 z
þM6130 Výpočetní statistika 3+2 kr. 2/2 zk
þ
þVolitelné předměty z širšího oboru
þC4310 Chemie životního prostředí II - Zdroje znečištění, složky prostředí a jejich znečištění -
technosféra, atmosféra
þ 2+2 kr. 2/0 zk
þ
þ

levy-panel-IBA-se-zavojem logo-IBA-transparent logo-MU
© Institut biostatistiky a analýz
þZA DVA TÝDNY NA SHLEDANOU