• Mikroskopické houby (Bi6620) Nomenklatura Uchovávání hub MASARYKOVA UNIVERZITA PŘÍRODOVĚDECKÁ FAKULTA ÚSTAV EXPERIMENTÁLNÍ BIOLOGIE ČESKÁ SBÍRKA MIKROORGANISMŮ http://www.sci.muni.cz/ccm • http://bccm.belspo.be/images/bccmhome.jpg Nomenklatura * nomenklatura hub se řídila podle Mezinárodního kódu botanické nomenklatury International Code of Botanical Nomenclature (ICBN), * jeho znění může měnit plenární schůze Mezinárodního botanického kongresu * v červenci 2011 proběhl 18. Mezinárodní botanický kongres na němž byly přijaty změny v nomenklatuře hub a houbových organizmů * proběhlo přejmenování na International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants (ICN). Jeho působnost se vztahuje na rostliny, řasy, houby a houbové organizmy • http://www.iapt-taxon.org/nomen/main.php?page=title • ČESKÁ SBÍRKA MIKROORGANISMŮ http://www.sci.muni.cz/ccm http://www.koeltz.com/data/default/images/catalog/large/code.jpg http://www.nhbs.com/images/jackets_resizer_large/16/160879.jpg Nomenklatura • •Nejdůležitější změny * popis nového taxonu (druhu, variety, rodu...) již nemusí být v latině, je možné použít angličtinu * je zrušena dualita jmen pro anamorfu a teleomorfu •Aspergillus nidulans a Emericella nidulans * za platnou publikaci je považována i elektronická publikace * nová mykologická jména musejí být před publikací zaregistrována v "uznávaném úložišti", což je v současné době MycoBank * při publikaci musí být uveden identifikátor jména, přidělený při registraci * ČESKÁ SBÍRKA MIKROORGANISMŮ http://www.sci.muni.cz/ccm Příklad: Subulispora biappendiculata Marvanová, Fungal Diversity, 26:242, 2007 [MB#510545] Nomenklatura •Geomyces pannorum var. pannorum (Link) Sigler & J.W. Carmich • • • * Autor je v nomenklatuře člověk, který popsal určitý taxon * za latinský název taxonu se píše jméno autora (celé nebo ve zkratce) * známější a zažitější autoři se píší ve zkratce (např. L. – Carl Linné) * u méně známých autorů se uvádí jméno celé * Kombinátor je člověk, který reklasifikuje daný taxon a změní tak jeho vědecké jméno, nebo ho přeřadí do jiného taxonu * autor basionymu se pak píše do závorky za vědecké jméno, následuje kombinátor a datum zveřejnění tohoto nového taxonu * ČESKÁ SBÍRKA MIKROORGANISMŮ http://www.sci.muni.cz/ccm rod druhové epitheton autor autoři Nomenklatura •Geomyces pannorum var. pannorum (Link) Sigler & J.W. Carmich • • • •http://www.mycobank.org/BioloMICS.aspx?Table=Mycobank&Rec=58245&Fields=All •http://www.indexfungorum.org/Names/NamesRecord.asp?RecordID=314399 • • * Basionym - v nomenklatuře rostlin a hub: původní název, pod kterým byl taxon popsán, tj. název, na kterém je založen nějaký pozdější platný název * Synonymum - každé ze dvou nebo více vědeckých jmen užitých k označení téhož taxonu * obligátní synonyma – synonyma jednoho typu * fakultativní synonyma – jména různých typů jednoho taxonu * Homonymum - je označení pro název taxonu, který se píše stejně jako název jiného taxonu (tj. stejný název více různých rodů, druhů atd.) * ČESKÁ SBÍRKA MIKROORGANISMŮ http://www.sci.muni.cz/ccm rod druhové epitheton autor autoři Nomenklatura http://www.imafungus.org/Issue/31/05.pdf ČESKÁ SBÍRKA MIKROORGANISMŮ http://www.sci.muni.cz/ccm Nomenklatura •Typifikace - jméno taxonu je nerozlučně svázáno s jeho názvovým typem * Holotyp (také typový exemplář) je exemplář organismu, podle kterého byl druh nebo jiný taxon popsán. Musí se jednat o typického jedince, na němž jsou patrné odlišnosti od příbuzných druhů (taxonů). * určení typové kultury u dříve popsaných druhů a rodů je obtížné neboť většinou nebyly vyznačeny v původním popisu * Izotypy – původní exempláře uchovávané na různých místech * Lektotyp - označení pro exemplář nebo ilustraci, které jsou součástí původního popisu, v případě kdy v původním popisu neexistuje holotyp nebo byl zničen či ztracen * Syntypy – původní identické exempláře * Paratypy jsou další exempláře, které byly použity pro popis druhu, ale nebyly určeny jako typový exemplář * Neotyp - pokud je holotyp ztracen, je možné vybrat nový vhodný exemplář, který co nejvíce odpovídá původnímu popisu (lokalita, substrát, morfologie) * Epitype – vybraný reprezentativní vzorek v případě že typový materiál je dostupný, ale není možná jeho přesná identifikace * Ex-typ živá kultura, získaná z typu. V závislosti na povaze typové kultury, může být nazýván ex-holotyp, ex-neotyp, ex-epitype. ČESKÁ SBÍRKA MIKROORGANISMŮ http://www.sci.muni.cz/ccm Nomenklatura •Jak popsat nový taxon? • * nový název je v latině * nové jméno musí být před publikací zaregistrováno v MycoBank (získání registračního čísla) * nesmí se jednat o homonyma (MycoBank, Index Fungorum , International Plant Names Index, Index Nominum Genericorum) * anglický nebo latinský popis pro nový taxon * určení holotypu (autoři musí použít slovo "holotypus" nebo "holotyp," alternativně "typus" nebo „typ" a citovat číslo a místo kde je exemplář uložen * duplikáty holotypu uloženy v dalších sbírkách jsou izotypy • • ČESKÁ SBÍRKA MIKROORGANISMŮ http://www.sci.muni.cz/ccm Nomenklatura * 8.4. Typové dokladové exempláře jmen taxonů musí být trvale konzervované a nesmí to být živé rostliny nebo kultury. Avšak kultury hub a řas, jsou-li konzervovány v metabolicky inaktivním stavu (např. lyofilizací nebo hlubokým zmrazením), jsou přijatelné jako typy. • * 8B.1. Z materiálu holotypu jména nově popsané houby nebo řasy by se měla, je-li to možné, připravit živá kultura, která by měla být deponována alespoň ve dvou institucionálních sbírkách kultur nebo v genetických bankách. (Takovéto uložení neruší povinnost konzervovat holotypový dokladový exemplář ve smyslu čl. 8.4.) ČESKÁ SBÍRKA MIKROORGANISMŮ http://www.sci.muni.cz/ccm Nomenklatura * 59A.1. Je-li popisována nová morfa houby, měla by být uveřejněna jako nový taxon (např. gen. nov., sp. nov., var. nov.) ČESKÁ SBÍRKA MIKROORGANISMŮ http://www.sci.muni.cz/ccm http://www.mycobank.org/Biolomics.aspx?Table=Mycobank&MycoBankNr_=800958 Campylospora leptosoma Marvanová & Laichmanová sp. nov. ČESKÁ SBÍRKA MIKROORGANISMŮ http://www.sci.muni.cz/ccm J:\CCM\Campylospora\k odeslání\final\opC_leptosoma 600.tif J:\CCM\Campylospora\k odeslání\tree ITS1_ITS2.tif http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JN190871 Campylospora leptosoma Marvanová & Laichmanová sp. nov. ČESKÁ SBÍRKA MIKROORGANISMŮ http://www.sci.muni.cz/ccm Sbírky mikroorganizmů •Organizace sbírek • * Světová federace sbírek kultur (World Federation for Culture Collections - WFCC) * Organizace evropských sbírek kultur (European Culture Collections' Organisation, ECCO) * Federace československých sbírek mikroorganismů (FCCM) • ČESKÁ SBÍRKA MIKROORGANISMŮ http://www.sci.muni.cz/ccm Sbírky mikroorganizmů •Funkce sbírek * deponování a uchovávání kultur v geneticky nezměněném stavu * přispívají k uchování genofondu a ochraně biodiverzity mikroorganizmů ex situ * poskytování kultur výzkumným, diagnostickým a průmyslovým laboratořím, vysokým školám a ostatním vědeckým institucím různých oborů (zemědělství, farmaceutický a potravinářský průmysl, veterinární a humánní lékařství atd.) * uchovávání tzv. patentových kultur, tj. mikroorganizmů, které jsou součástí přihlášky vynálezu (CCM má status mezinárodního ukládacího místa) * izolace, identifikace * výzkumné aktivity v oblasti taxonomie • •http://www.sci.muni.cz/ccm/ • ČESKÁ SBÍRKA MIKROORGANISMŮ http://www.sci.muni.cz/ccm Sbírky mikroorganizmů •Uchovávání kultur * z odhadovaných 1,5 milionu hub ve sbírkách uloženo necelé 1% * cílem uložení je potlačení metabolismu, vedoucí k prodloužení intervalu přeočkování a stabilizaci kultury při zachování morfologických a fyziologických vlastností * nejméně vhodné pro dlouhodobé uchovávání je přeočkovávání kultur na agarových médiích, které jsou uloženy v chladničce a to z důvodu: • - vyššího rizika kontaminace kultury • - degenerace kultury (hromadění somatických mutací) • - znehodnocení kultury roztoči • ČESKÁ SBÍRKA MIKROORGANISMŮ http://www.sci.muni.cz/ccm Sbírky mikroorganizmů •Dlouhodobé uchovávání životaschopných kultur: * ve sterilní vodě (vodních hyfomycety) * na agaru pod parafínovým olejem (nesporulující vláknité houby) * kryoprezervace (lyofilizace) * uložením v kapalném dusíku (při -196 °C) * uložení v hlubokomrazícím boxu (při -70 °C) • •Faktory ovlivňující kryokonzervaci: * kmen * forma buňky * růstové podmínky * způsob zamrazení * použitý kryoprotektans * ČESKÁ SBÍRKA MIKROORGANISMŮ http://www.sci.muni.cz/ccm