Konformace plasmidové DNA
Plasmidová DNA se vyskytuje v jedné z pěti různých konformací. Typ konformace ovlivňuje
elektroforetickou mobilitu této DNA.
Elektroforetická mobilita od nejnižší po nejvyšší:
• Štěpená, otevřená cirkulární forma (nicked): štěpena v jednom z řetězců DNA - NEJPOMALEJŠÍ
• Lineární forma (linear): linearizovaná forma, vznik rozštěpením obou řetězců.
• Uvolněná cirkulární forma (relax circular): oba řetězce DNA jsou neštěpené, k relaxaci dochází
enzymaticky
• Superspiralizovaná denaturovaná forma (supercoiled denatured): jedná se o spiralizovanou formu,
která je ale méně kompaktní tím, že některé oblasti molekuly jsou nespárovány
• Superspiralizovaná forma (supercoiled): spiralizovaná neštěpená, kruhová molekula - NEJRYCHLEJŠÍ