•1) IS studijní materiály mt_DNA.rar – soubory ve tvaru jpg, seq a phd •https://is.muni.cz/auth/dok/rfmgr.pl Analýza sekvencí HVI mtDNA •2) Stáhnout Chromas - http://technelysium.com.au/wp/ Analýza sekvencí HVI mtDNA •3) V programu otevřít soubor v programu Chromas Analýza sekvencí HVI mtDNA •4) Reverzní produkt funkcí „revers a complement „ přepsat Analýza sekvencí HVI mtDNA •5) Uložit jako FASTA Analýza sekvencí HVI mtDNA •6) Vložit sekvence z jednotlivých amplifikací do souboru „souhrn sekvenci.doc“ •HVI/1 , 165 pb CCCAAAGCTAAGATTCTAATTTAAACTATTCTCTGTTCTTTCATGGGGAAGCAGATTTGGGTACCACCCAAGTATTGACTCACCCATCAACAACCGCTA TGTATTTCGTACATTACTGCCAGCCACCATGAATATTGTACGGTACCATAAATACTTGACCACCTG • •HVI/2, 137 pb •TACATTACTGCCAGCCACCATGAATATTGTACGGTACCATAAATACTTGACCACCTGTAGTACATAAAAACCCAATCCACATCAAAACCCCCTCCCCA TGCTTACAAGCAAGTACAGCAATCAACCCTCAACTATCA • •HVI/3, 146 pb, •CATAAAAACCCAATCCACATCAAAACCCCCTCCCCATGCTTACAAGCAAGTACAGCAATCAACCCTCAACTATCACACATCAACTGCAACTCCAAAGC CACCCCTCACCCACTAGGATACCAACAAACCTACCCACCCTTAACAGT • •HVI/4, 164 pb, •ACTCCAAAGCCACCCCTCACCCACTAGGATACCAACAAACCTACCCACCCTTAACAGTACATAGTACATAAAGCCATTTACCGTACATAGCACATTAC AGTCAAATCCCTTCTCGTCCCCATGGATGACCCCCCTCAGATAGGGGTCCCTTGACCACCATCCTC • Analýza sekvencí HVI mtDNA •7) Vyznačit primery a poskládat fragmenty jednotlivých úseků mtDNA za sebe Analýza sekvencí HVI mtDNA •8) Zvýraznit rozdíly oproti rCRS •CCCAAAGCTAAGATTCTAATTTAAACTATTCTCTGTTCTTTCATGGGGAAGCAGATTTGGGTACCACCCAAGTATTGACTCACCCATCAACAACCGCT ATGTATTTCGTACATTACTGCCAGCCACCATGAATATTGTACGGTACCATAAATACTTGACCACCTGTAGTACATAAAAACCCAATCCACATCAAAACC CCCTCCCCATGCTTACAAGCAAGTACAGCAATCAACCTTCAACTATCACACATCAACTGCAACTCCAAAGCCACCCCTCACCCACTAGGATACCAACAA ACCTACCCACCCTTAACAGTACATAGTACATAAAGCCATTTACCGTACATAGCACATTACAGTCAAATCCCTTCTCGTCCCCATGGATGACCCCCCTCA GATAGGGGTCCCTTGACCACCATCCT Analýza sekvencí HVI mtDNA •9) Vložit sekvenci do aplikace mitomaster (https://www.mitomap.org/foswiki/bin/view/MITOMASTER/WebHome)a určit haploskupinu • Analýza sekvencí HVI mtDNA Protokol aDNA cvičení 1)Úvod (200 slov) 2)Materiál (200 slov) 3)Metody (300 slov + tabulky) 4)Výsledky a závěr (200 slov) Protokol aDNA cvičení 1)Úvod (200 slov), co je: •mtDNA •HV1 •Haploskupina •Cíle práce •….. Protokol aDNA cvičení •2) Materiál (200 slov): •Zdroj tkáně •Popis zachovalosti kostry •Popis zachovalosti vzorku •Fotografie vzorku Protokol aDNA cvičení •3) Metody (300 slov + tabulky) •Odběr a očištění vzorku •Izolace •Amplifikace + tabulka s rozpisem konkrétní reakční směsi •Příprava na sekvenaci Protokol aDNA cvičení •4) Výsledky a závěr (200 slov) •Fotografie gelu z ELFO • Protokol aDNA cvičení •4) Výsledky a závěr: •Obrázky elektroforetogramů • Protokol aDNA cvičení •4) Závěr •Zhodnotit úspěšnost reakce, vysvětlit selhání reakce •Určit haploskupinu •Popsat haploskupinu •Zasadit do historického kontextu • •TERMÍN ODEVZDÁNÍ PROTOKOLU JE 7.1. 2018 NA BRZOBOHATA@SCI.MUNI.CZ