C5720 Biochemie 22_Citrátový cyklus 11/26/2013 1 Petr Zbořil Obsah •Citrátový cyklus, reakce, význam, energetická bilance. •Anabolický význam, anaplerotické reakce, glyoxylátový cyklus. •Praktické aplikace, technologické využití. • 11/26/2013 Petr Zbořil 2 Citrátový cyklus •Synonyma: cyklus trikarboxylových kyselin - TCA, Krebsův cyklus •Katabolický pochod (nejen, ale převážně) •Spojnice metabolismu sacharidů, lipidů a aminokyselin •Odbourává aktivní acetát vzniklý ooxidační dekarboxylací pyruvátu (pochazejícího z glykolýzy) onebo β-oxidací mastných kyselin – viz příslušná kapitola •Vstupy a výstupy dalších metabolitů •Lokalisován v mitochondriální matrix oÚzká vazba na respirační řetězec oAerobní podmínky – reoxidace redukovaných kofaktorů 11/26/2013 Petr Zbořil 3 Cyklický průběh • •Reakce acetylCoA s oxalacetátem – citrát •Přeměny dehydrogenacemi a dekarboxylacemi •Výstup startovní molekuly oxalacetátu •Formulován H. Krebsem (Oxford 1937), NC 1953 oDílčí zjištění již dříve – A. Szent-Györgyi, F. Knoop, C. Martius • • • • 11/26/2013 Petr Zbořil 4 Průběh TCA 11/26/2013 Petr Zbořil 5 •Enzymy •1 citrátsyntasa •2 akonitasa •3 isocitrát DH •4 a-ketoglutarát DH •5 sukcinylCoA • syntetasa •6 sukcinát DH •7 fumarasa •8 malát DH • + H2O 11/26/2013 Footer Text 6 Citrát syntasa • • • • • • • • •Bez účasti ATP oAldolová kondensace • 11/26/2013 Petr Zbořil 7 Citrát syntasa • • • • • • • •Uspořádaný mechanismus onejprve vazba oxalacetátu opak acetylCoA ohydrolytické místo se zformuje nakonec onehydrolyzuje se acetylCoA, ale citrylCoA o 11/26/2013 Petr Zbořil 8 Citrát syntasa • • • • • • • • •Homodimer (savci) opodjednotky po 49 kDa ozměna konformace 11/26/2013 Petr Zbořil 9 Rovnováhy • •Citrate synthase •Kobs = [Citrate][CoA]/[Oxaloacetate][Acetyl-CoA][H2O] = 2.24 ± 0.11 x 106 • •Citrate lyase •Kobs = [Citrate]/[Oxaloacetate][Acetate] = 2.22 ± 0.16 m-1 - 28,4 kJ/mol • •Ovlivněno [Mg2+] • 11/26/2013 Footer Text 10 Rovnováhy • •1. Citrate synthase, DG0‘= -34.2 kJ/mol, •2. Aconitase DG0‘= + 6.4 kJ/mol • •3. Isocitrate dehydrogenase DG0‘= - 20.9 kJ/mol • •4. -Ketoglutarate dehydrogenase DG0‘= -33.5 kJ/mol • •5. Succinyl-CoA synthetase DG0‘= -4.0 kJ/mol • •6. Succinate dehydrogenase DG0‘= -1.4 kJ/mol • •7. Fumarase DG0‘= -3.8 kJ/mol • •8. Malate dehydrogenase DG0‘= +29.7 kJ/mol • 11/26/2013 Footer Text 11 Dílčí kroky TCA 11/26/2013 Footer Text 12 Akonitasa • • • • • • • •Ustavení rovnováhy •Fe-S protein (klastr Fe4S4) ovnitřní oxidoredukce (no net) oRovnovážný stav 9:1:2 (dle cMg2+) o 11/26/2013 Footer Text 13 Isocitrát dehydrogenasa • • • • • • • • •Dvoustupňová přeměna odehydrogenace odekarboxylace β-karboxylu • 11/26/2013 Footer Text 14 a – ketoglutarátdehydrogenasa • • • • • • • • •Multienzymový komplex – analog pyruvát DH oLipoamid DH stejná 11/26/2013 Footer Text 15 SukcinylCoA syntetasa • • • • • • • • •Opačný směr •GTP – ekvivalent ATP oSpeciální funkce GTP 11/26/2013 Footer Text 16 SukcinylCoA syntetasa • • • • • • • • • •Účast fosfohistidinu oObecnější mechanismus přenosu ~P 11/26/2013 Footer Text 17 Sukcinát dehydrogenasa • • • • • • • • •Membránově vázaný enzym oOstatní enzymy TCA rozpuštěny v matrix oReoxidace prostetické skupiny FADH2 11/26/2013 Footer Text 18 Sukcinát dehydrogenasa • • • • • • • • •Komplex 4 podjednotek o2 katalytické o2 membránové 11/26/2013 Footer Text 19 C:\Users\Zboril\Documents\=VYUKAnove\=Bioenergetika\Succinate_Dehydrogenase_1YQ3_and_Membrane.png 11/26/2013 Footer Text 20 Fumarasa • • • • • • • • •Adice vody, lyasa •Stereospecificita – L-malát 11/26/2013 Footer Text 21 11/26/2013 Footer Text 22 Stereospecificita adice vody – L-malát Malát dehydrogenasa • • • • • • • • •Kobs = [Oxaloacetate][NADH]/[Malate][NAD+] = 2.86 ± 0.12 x 10-5 •DG0‘= +29.7 kJ/mol 11/26/2013 Footer Text 23 Malát dehydrogenasa • • • • • • • • • • •Aktivní místo MDH • 11/26/2013 Footer Text 24 Malát DH • • • • • • • •Homodimer oGlykoprotein oVázané oligosacharidy •Mitochondriální •vs. cytoplasmatická oFylogeneticky odlišné oProkaryontní předek 11/26/2013 Footer Text 25 Bilance cyk Bilance TCA •Látková •CH3CO.SCoA + 3 H2O + 3 NAD+ + FAD •HSCoA + 2CO2 + 3 NADH + 3 H+ + FADH2 • •Energetická •1 GTP (2 GTP/glukosu) •Další energie se získá oxidací NADH a FADH2 • •Proces striktně respirační – provázán s dýchacím řetězcem 11/26/2013 Footer Text 26 11/26/2013 Footer Text 27 Metabolické vztahy • • • • • • •Zjednodušené schema •Dekarboxylace pyruvátu oireverzibilní proces (živočichové) 11/26/2013 Footer Text 28 Anabolický význam TCA •Vývojově starší oFunkce za anaerobních opodmínek oAdaptace pro aerobní oorganismy •U mikroorganismů oNeúplný TCA za anaerobiosy oSmysl vysloveně katabolický • •Vzájemné vztahy mezi TCA •a metabolismem sacharidů, •lipidů a aminokyselin. •Zvláštní význam má •biosysntetická dráha syntézy •porfyrinů (modře) 11/26/2013 Footer Text 29 Biosyntetické vztahy TCA •Mm • 11/26/2013 Footer Text 30 Sacharidy glukosa Anaplerotické dráhy •Doplnění metabolitů oOdčerpaných z TCA k nezbytným biosyntetickým účelům oPřeváděných na zásobní formy (glukosa) •U živočichů okarboxylace pyruvátu (vzniklého hlavně glykolýzou) oprodukty katabolismu aminokyselin oZávisí na přísunu sacharidů •Mikroorganismy a rostliny oJsou schopny doplňovat metabolity TCA i z jednodušších látek (dvouuhlíkaté metabolity – z MK apod.) oAnaplerotické dráhy nezávislé na přísunu sacharidů o2 enzymy tzv. glyoxylátového cyklu – isocitrátlyasa a malátsyntasa oŽivočichové nemají – nepotvrzené zprávy • 11/26/2013 Footer Text 31 Glyoxylátová dráha (zkratka) • • • • • • • • •Překlenutí dekarboxylačních kroků •2 CH3CO.SCoA HOOC.CO.CH2.COOH + 2 HSCoA 11/26/2013 Footer Text 32 2 malát