TSM
Modelování molekulárních
struktur
Petr Kulhánek
kulhanek@chemi.muni.cz
Národní centrum pro výzkum biomolekul, Přírodovědecká fakulta Masarykova univerzita, Kotlářská 2, CZ-61137 Brno
odelování molekulárních struktur
J Obsah
> Požadavky na zpracování výsledků
> Tématické okruhy
> Dynamika malé organické molekuly ve vakuu
> Referenční manuál
> AMBER
> VMD
odelování molekulárních struktur
-2-
Požadavky na zpracování výsle
Výsledky jednotlivých cvičení budou zpracovány do protokolu, který bude mít následující náležitosti:
• Jméno a příjmení, název cvičení a datum
• Pro každý tematický okruh:
• Stručné shrnutí tématu včetně reakčního schématu, pokud je to vhodné
• Použitý software včetně verzí
• Výsledky (tabulky a grafy)
• Diskuze výsledků dle zadání
• Použitá literatura (např. u experimentálních hodnot) Protokol ve formátu pdf je nutné odevzdat do konce semestru.
odelování molekulárních struktur
-3-
Úkoly
1) Namodelujte molekulu dle vlastního výběru (např. aktivní molekulu léčiva ibuprofen).
2) Připravte vstupní topologii (parmľ) a souřadnice (rst7) pro molekulárně dynamickou simulaci namodelované molekuly ve vakuu v prostředí AMBER dle postupu uvedeného níže.
3) Proveďte ekvilibraci a následně produkční dynamiku o délce 10 ns při teplotě 300K.
4) Zobrazte získanou trajektorii v programu VMD. Kvalitativně charakterizujte dynamiku molekuly.
5) Vyberte charakteristický geometrický parametr(y) (např. vzdálenost, úhel, dihedrální úhel), které co nejlépe vystihuje pozorované konformační přeměny. Zobrazte průběh vybraného parametru v čase, graf bude součástí protokolu.
6) Proveďte histogramovou analýzu vybraného parametru, výsledný graf bude součástí protokolu. Analýzou histogramu určete počet substavů (konformerů) a odhadněte jejich relativní zastoupení.
odelování molekulárních struktur