PRACOVNÍ LIST V
Pulzní gelová elektroforéza (PFGE)
Vypracoval:
Jméno, Příjmení, UČO …………………………………………………………………………………………………………………
Semestr (skupina) ……………………………………………………………………………………………………………………....
__________________________________________________________________________________
1. In silico PFGE
Pomocí nástroje http://insilico.ehu.es/digest/ proveďte in silico PFGE genomu Staphylococcus
aureus subsp. aureus N315.
Použijte restriktázu SmaI.
a) Kolik fragmentů vznikne takovýmto štěpením.
b) Jaká je sekvence rozpoznávacího místa pro restriktázu SmaI
c) Jakou další restriktázu (případně restriktázy) by bylo možné použít, abychom získali 20 až 30
fragmentů DNA.
d) Jaké enzymy byste využili pro PFGE u jiných druhů bakterií? Uveďte tři příklady.
2. Změna restrikčního spektra:
Na následujícím schématu in silico PFGE genomu S. aureus vyznačte a slovně popište, jak by se na
restrikčním spektru projevila:
a) Integrace bakteriofága o přibližné velikosti genomu 44 kb, který nenese restrikční místo pro
SmaI. Uvažujte začlenění do fragmentu o velikosti 77 889 bp.
b) Mutace vedoucí ke vzniku nového SmaI restrikčního místa, které rozdělí fragment o velikosti
216 659 bp cca na poloviny.
3. Na obrázku elektroforetického gelu genomové DNA vybraných stafylokokových kmenů
štěpených restrtiktázou SmaI vyznačte a slovně popište změnu v restrikčním spektru, která
nastala. Srovnejte s Vašimi výsledky.
a) Integrací fága 53 do genomu kmene PS47
b) Integrací fága 11 do genomu kmene ISP8
c) Integrací fága 47 do genomu kmene ISP8
d) Integrací fága 77 do genomu kmene ISP8
PFGE spektrum a. PFGE spektrum b.
PS47
PS47(53+)
ISP8
ISP8(11+)
ISP8(47+)
ISP8(77+)