PPT-podklad-modra Úvod do bioinformatiky a bioinformatické databáze PPT-podklad-modra LL_logo_neg_RGB PPT-podklad-modra qOrganizační informace qStudijní literatura qHistorie bioinformatiky qBioinformatické instituce qBioinformatické databáze qProhledávání databází Osnova 2/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qKolokvium §Písemný test §Celkem 25 otázek s jednou i více správnými odpověďmi §Minimálně 17 správných odpovědí § qBi5000 Bioinformatika I – nukleové kyseliny qBi9060 Bioinformatika II – proteiny qBi9061 Bioinformatika – cvičení Organizační informace 3/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qXiong, J. Essential Bioinformatics. Cambridge University Press, New York, 2006. qClaverie, J., and Notredame, C. Bioinformatics for Dummies 2 ed. Wiley Publishing, Hoboken, 2006 qCvrčková, F. Úvod do praktické bioinformatiky. Academia, Praha 2006. qMisener, S., Krawetz S.A. Bioinformatics: methods and protocols. Humana Press, Totowa, New Jersey 2000. qAttwood, T.K., Parry-Smith, D.J. Introduction to bioinformatics. Longman, Essex, 1999. qBaxevanis, A.D., Ouellette, F.B.F. Bioinformatics: a practical guide to the analysis of genes and proteins. Wiley-Interscience, New York 1998. Studijní literatura 4/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qInformační technologie sloužící k získávání, uchovávání, analýze a distribuci informací týkajících se biomakromolekul q Bioinformatika LRHLGITG--PVTLAVHDWGGMIGFGWALSHHAQVKRLVITNTAAAGTKFDKLTWLDVG--PVDLVVHDWGTI LRHVGIDDVTPLTLAVHDWGGMIGFGWALAHAVQVRRLVMTNTAGTIKLERLTWLDVG---PVDLVVHDWGTI LTWLDVG--PVDLVVHDWGGAIGMGWAVRHPDLVRRIVVLNTAAGT-KLDRLTWLDVG---PVDLVVHDWGTL 5/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qInformační technologie sloužící k získávání, uchovávání, analýze a distribuci informací týkajících se biomakromolekul Bioinformatika Vývoj nástrojů a databází 6/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qInformační technologie sloužící k získávání, uchovávání, analýze a distribuci informací týkajících se biomakromolekul Bioinformatika Vývoj nástrojů a databází porovnání genomů fylogeneze predikce genů a promotorů identifikace motivů prohledávání sekvenčních databází sekvenční přiložení predikce struktury nukleových kyselin predikce struktury proteinů klasifikace proteinových struktur porovnávání proteinových struktur modelování metabolických drah analýza profilů genové exprese predikce proteinových interakcí predikce vnitrobuněčné lokalizace proteinů Strukturní analýzy Sekvenční analýzy Funkční analýzy 7/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qInformační technologie sloužící k získávání, uchovávání, analýze a distribuci informací týkajících se biomakromolekul Bioinformatika Vývoj nástrojů a databází porovnání genomů fylogeneze predikce genů a promotorů identifikace motivů prohledávání sekvenčních databází sekvenční přiložení predikce struktury nukleových kyselin predikce struktury proteinů klasifikace proteinových struktur porovnávání proteinových struktur modelování metabolických drah analýza profilů genové exprese predikce proteinových interakcí predikce vnitrobuněčné lokalizace proteinů Strukturní analýzy Sekvenční analýzy Funkční analýzy 8/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra Nukleové kyseliny 002_trip_e.png 9/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra Nukleové kyseliny 002_trip_e.png Lys lys_e.png 10/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra Nukleové kyseliny 002_trip_e.png Lys lys_e.png aa001_e.png N 11/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra Nukleové kyseliny 002_trip_e.png aa002_e.png N-Lys 12/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra Nukleové kyseliny 003_trip_e.png aa002_e.png N-Lys 13/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra Nukleové kyseliny 003_trip_e.png phe_e.png Phe aa002_e.png N-Lys 14/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra Nukleové kyseliny 003_trip_e.png phe_e.png Phe aa002_e.png N-Lys 15/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra Nukleové kyseliny 003_trip_e.png aa003_e.png N-Lys-Phe 16/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra Nukleové kyseliny aa003_e.png N-Lys-Phe 17/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra Nukleové kyseliny ala_e.png Ala aa003_e.png N-Lys-Phe 18/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra Nukleové kyseliny ala_e.png Ala aa003_e.png N-Lys-Phe 19/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra Nukleové kyseliny aa004_e.png N-Lys-Phe-Ala 20/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra Nukleové kyseliny aa004_e.png N-Lys-Phe-Ala 001_dna_e.png 5’-NCG-AAA-TTT-GCG-3’ 21/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra Proteiny MSLGAKPFGEKKFIEIKGRRMAYIDEGTGDPILFQHGNPTSSYLWRNIMPHCAGLGRLIACDLIGMGDSDKLDPSGPERYAYAEHRDYLDALWEALDLG DRVVLVVHDWGSALGFDWARRHRERVQGIAYMEAIAMPIEWADFPEQDRDLFQAFRSQAGEELVLQD funkce 22/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qRevoluce Historie bioinformatiky 23/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra Historie bioinformatiky 112 910 950 39 533 2900× více sekvencí Projekt lidského genomu 24/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra Historie bioinformatiky 112 910 950 39 533 2900× více sekvencí Haemophilus influenzae 25/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra Historie bioinformatiky 112 910 950 39 533 2900× více sekvencí Saccharomyces cerevisiae 26/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra Historie bioinformatiky 112 910 950 39 533 2900× více sekvencí Caenorhabditis elegans 27/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra Historie bioinformatiky 112 910 950 39 533 2900× více sekvencí Homo sapiens 28/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra Historie bioinformatiky 112 910 950 39 533 2900× více sekvencí 29/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qNational Center for Biotechnology Information (NCBI) qEuropean Bioinformatics Institute (EBI) Bioinformatické instituce Lister Hill Center, NIH Campus, Bethesda, MD http://www.ebi.ac.uk/sites/ebi.ac.uk/files/shared/images/PHOTOS/Campus/EBI_dusk.jpg 30/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qNational Center for Biotechnology Information (NCBI) §oddělení National Library of Medicine při National Institutes of Health v USA §Poskytuje Databáze GenBank, PubMed, OMIM, Genome dbSNP, ... §Informace dostupné přes vyhledávací systém Entrez Bioinformatické instituce 31/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qNational Center for Biotechnology Information (NCBI) Bioinformatické instituce 32/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qEuropean Bioinformatics Institute (EBI) §Součást European Molecular Biology Laboratory (EMBL), Wellcome Trust Genome Campus ve Velké Británii §Poskytuje databáze EMBL-Bank, UniProt, Ensembl, InterPro, ... §Informace dostupné přes vyhledávací systém SRS Bioinformatické instituce 33/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qEuropean Bioinformatics Institute (EBI) Bioinformatické instituce ebi 34/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qBibliografie qNukleotidové sekvence qProteinové sekvence qProteinové struktury qGenomy Bioinformatické databáze carb_gray_e.png LRHLGITGPVTLAVHDWGGMIGFGWALSHHAQVKRLVI TNTAAAGTKFDKLTWLDVGPVDLVVHDWGTISRMEEGTWYLKLIRTTVWHQAIVLAEIGTVVCKTQENPA 35/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qPubMed qWeb of Science Bibliografické databáze bibliogr.png 36/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qPubMed §Provozováno National Library of Medicine §Obsahuje více než 22 milionů citací biomedicínské literatury §Integruje MEDLINE, časopisy z oblasti živých věd a online knihy §Prohledávání možné přes Entrez nebo DBGET §Obsahuje kromě abstraktů odkazy na plné texty dostupné přes PubMed Central nebo stránky nakladatelství Bibliografické databáze 37/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qPubMed Bibliografické databáze 38/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qWeb of Science §Komerční databáze §Součást ISI Web of Knowledge §Používá se pro zjištění citovanosti a impaktního faktoru časopisů Bibliografické databáze 39/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qWeb of Science Bibliografické databáze 40/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qGenBank qEMBL-Bank qDDBJ Databáze nukleotidových sekvencí qAnotované kolekce veřejně dostupných nukleotidových sekvencí qData získaná z genomových center a odborných pracovišť qKaždodenní vzájemná synchronizace nových a aktualizovaných dat q“Accession number” - jedinečný identifikátor záznamu, ve všech třech databázích 41/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qGenBank §Založena v roce 1982, provozována NCBI §Přístupná prostřednictvím vyhledávacího systému Entrez nebo systému DBGET §Obsahuje více než 187.000.000 sekvencí (2015) §Nové sekvence možné vložit pomocí BankIt nebo Sequin Databáze nukleotidových sekvencí 42/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qEMBL-Bank §Založena v roce 1980, Provozována EBI §Přístupná prostřednictvím vyhledávacího systému SRS či DBGET §Obsahuje více než 608.000.000 sekvencí (2015) §Nové sekvence možné vložit pomocí Webin nebo Sequin Databáze nukleotidových sekvencí 43/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qDNA Data Bank of Japan (DDBJ) §Založena v roce 1984, provozována National Institute of Genetics §Obsahuje více než 253.000.000 sekvencí (2015) §Nové sekvence možné vložit pomocí Sakura nebo Sequin § Databáze nukleotidových sekvencí 44/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qHlavička §Základní informace o záznamu §Lokus, definice, přístupový kód, klíčová slova, organizmus, reference,.. § § Ukázka záznamu v GenBank 45/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qCharakteristiky §Popis jednotlivých oblastí genu §Promotor, RBS (ribozóm vazebné místo), CDS (kódující sekvence), ... § § § Ukázka záznamu v GenBank 46/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qCharakteristiky § § § Ukázka záznamu v GenBank 47/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qSekvence § § § Ukázka záznamu v GenBank 48/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qUniProtKB qnr Protein Database Databáze proteinových sekvencí 49/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qUniProtKB §Spolupráce EBI, Swiss Institute of Bioinformatics a Protein Information Resource §Centrální úložiště proteinových sekvencí a funkčních informací §Kvalitní anotace - informace o funkci proteinu a jednotlivých aminokyselin, experimentální informace, biologické ontologie, klasifikace, odkazy do dalších databází §Indikace kvality anotace (manuální vs. automatická) § Databáze proteinových sekvencí 50/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qUniProtKB/Swiss-Prot §Vysoká kvalita manuálních anotací §J Manuální anotace – spolehlivé informace §L 549.000 sekvencí (2015) qUniProtKB/TrEMBL §Sekvence konceptuální translací kódujících sekvencí EMBL-Bank §L Automatická anotace – nižší kvalita, možnosti chyb §J 50.825.000 sekvencí (2015) Databáze proteinových sekvencí 51/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qNázvy a zdroj proteinu qVlastnosti proteinu Ukázka záznamu v UniProtKB 52/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qObecná anotace Ukázka záznamu v UniProtKB 53/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qOntologie Ukázka záznamu v UniProtKB 54/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qAnotace sekvence Ukázka záznamu v UniProtKB 55/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qAnotace sekvence Ukázka záznamu v UniProtKB 56/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qSekvence Ukázka záznamu v UniProtKB 57/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qReference Ukázka záznamu v UniProtKB 58/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qnr Protein Database §Databáze proteinových sekvencí NCBI §Kolekce sekvencí získaných konceptuální translací kódujících oblastí GenBank/EMBL-Bank/DDBJ a dále sekvencí z UniProtKB, PRF a RCSB PDB §L většinou automatická anotace – nižší kvalita, možnost chyb §L chybí indikace původu anotace §J více než 25.000.000 sekvencí (2015) Databáze proteinových sekvencí 59/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qProstá sekvence Formáty sekvencí 60/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qProstá sekvence qGenBank Formáty sekvencí 61/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qProstá sekvence qGenBank qEMBL Formáty sekvencí 62/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qProstá sekvence qGenBank qEMBL qFASTA Formáty sekvencí > Nejčastěji používaný formát 63/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qWorldwide Protein Data Bank (wwPDB) §Světový depositář proteinových struktur, obsahuje rovněž struktury nukleových kyselin a biomolekulárních komplexů §Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB PDB), Protein Data Bank Europe (PDBe), Protein Data Bank Japan (PDBj), Biological Magnetic Resonance Data Bank (BioMagResBank) §Obsahuje více než 84.000 struktur (2012) §Struktury získané rentgenovou krystalografií (88%) a nukleární magnetickou rezonancí (11 %) § Databáze proteinových struktur 64/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qEntrez Genome qEnsembl qGenomes OnLine Database GOLD q qInformace o zdrojovém organizmu qNukleotidové a proteinové sekvence qGeny v kontextu genomu qAnotace a analýza genomů Databáze genomů 65/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qPřehled prokaryotických genomů Ukázka záznamu v Entrez Genome 66/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qPřehled prokaryotických genomů Ukázka záznamu v Entrez Genome 67/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qInformace o genomu Ukázka záznamu v Entrez Genome 68/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qInformace o genomu Ukázka záznamu v Entrez Genome 69/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qGrafické znázornění genomu Ukázka záznamu v Entrez Genome 70/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qAnotace eukaryotických genomů q § § Ukázka záznamu v Ensembl 71/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qSeznam dokončených a probíhajících genomových projektů q Ukázka záznamu v GOLD 72/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qVysoká redundance dat qChyby v sekvencích qChyby a nepřesnosti v anotacích qPropagace chyb během automatických anotací q § Problémy bioinformatických databází 73/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qTextové prohledávání qSekvenční prohledávání Prohledávání databází prohledání databáze vložení dat 74/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qEntrez qSRS qDBGET q qIntegrují data z různých databází qUmožňují prohledání mnoha databází současně qUmožňují formulaci dotazů pomocí logických operátorů q § § § Textové prohledávání databází 75/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qEntrez §Vyhledávací systém pro databáze NCBI §Integruje data ze 40 různých databází, pouze NCBI Textové prohledávání databází 76/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qSRS §Vyhledávací systém pro databáze EBI §Umožňuje prohledávat i databáze jiných institucí, databáze uživatelů či databáze výsledků vybraných výpočetních nástrojů § Textové prohledávání databází 77/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qDBGET §Vyhledávací systém pro databáze LinkDB §Umožňuje mj. prohledávat databázi metabolických drah KEGG § Textové prohledávání databází 78/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qVyhledávání na základě klíčových slov Ukázka textového prohledávání mouse[ORGN] AND kinase AND (exons OR introns) 1258 152 96 79/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qVyhledávání na základě sekvenční podobnosti § § MSLGAKPFGEKKFIEIKGRRMAYIDEGTGDPILFQHGNPTSSYLWRNI Ukázka sekvenčního prohledávání 80/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qTextové vyhledávání §L chybné, nepřesné či obecné anotace §L synonyma §L velký počet falešně pozitivních a falešně negativních výsledků qSekvenční vyhledávání §L podmínka evoluční příbuznosti §L větší nároky na uživatele §L potenciálně falešně pozitivní i falešně negativní výsledky qVhodné je oba přístupy kombinovat § Problémy prohledávání databází 81/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qClaverie, J-M., & Notredame, C. (2006) Bioinformatics for Dummies (2nd ed.) Wiley Publishing, Hoboken, p. 436. qXiong, J. (2006) Essential Bioinformatics, Cambridge University Press, New York, p. 352. q qENTREZ tutorial: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/tutor.html qSRS documentation: http://srs.ebi.ac.uk/srs/doc/index.html qNCBI handbook: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21101/ qUniProtKB manual: http://www.uniprot.org/manual/ q qNCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ qEBI: http://www.ebi.ac.uk/ qPubmed: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed qWeb of Science: http://apps.isiknowledge.com Reference 82/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra qGenBank: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/ qEMBL-EBI: http://www.ebi.ac.uk/embl/ qDDBJ: http://www.ddbj.nig.ac.jp/ qUniProt: http://www.uniprot.org/ qnrdb: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/ qwwPDB: http://www.wwpdb.org/ qEntrez Genome: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome qEnsembl: http://www.ensembl.org qGOLD: http://www.genomesonline.org/ qEntrez: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery qSRS: http://srs.ebi.ac.uk qDBGET: http://www.genome.jp/dbget/ Reference 83/83 Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze PPT-podklad-modra Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze Strukturní biologie Bi9410+9410c §Období: podzim §Rozsah: přednáška 2 hodiny/týden, cvičení 2 hodiny/týden §Vyučující: Mgr. Jan Brezovský, Ph.D. §Osnova: §struktura, stabilita a dynamika biologických makromolekul §makromolekulární interakce a komplexy §stanovení a předpověď struktury, identifikace důležitých oblastí §stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu §aplikace v biologickém výzkumu, návrhu léčiv a biokatalyzátorů § § § § § § § https://encrypted-tbn1.gstatic.com/images?q=tbn:ANd9GcQ73isI4CaascsbIrO9P6EUkn81mbBATNitcfnR1H0Z1zj 3y-peNQ dock http://pymol.sourceforge.net/pmimag/800/virus3600.jpg PPT-podklad-modra Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze §Období: jaro §Rozsah: přednáška 1 hodina/týden §Vyučující: Mgr. Radka Chaloupková, Ph.D. §Osnova: §strukturně-funkční vztahy proteinů §metody exprese a purifikace rekombinantních proteinů §metody strukturní a funkční analýzy proteinů §racionální design, semi-racionální design a řízená evoluce §příklady využití proteinového inženýrství § § § § https://encrypted-tbn1.gstatic.com/images?q=tbn:ANd9GcQrLKXrQgnc9DlB7Dji8Sdi_MLonMc71WWImfWJXo-2kui 6PNv7 http://www.rssynthesis.com/wp-content/uploads/2013/01/recombinant_protein.jpg http://climate.nasa.gov/images/NewPowerPlants1.jpg Proteinové inženýrství Bi7410 PPT-podklad-modra Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze Molekulární biotechnologie Bi7430 (c) 2008 by SM Carr, after Genetix, with permission http://us.123rf.com/400wm/400/400/jarun011/jarun0111109/jarun011110900110/10517468-96-wells-plate-f or-elisa-immunology-testing-method.jpg standard File:Golden Rice.jpg §Období: podzim (každoročně) §Rozsah: přednáška 2 hodiny/týden, cvičení 2 hodiny/týden §Přednášky: Doc. Prokop, Dr. Dvořák, Dr. Bidmanová §Cvičení: Dr. Bidmanová, Dr. Beerens, Dr. Štěpánková, Mgr. Buryška, Mgr. Chrást §Osnova: §proteinové a metabolické inženýrství §molekulární diagnostika a moderní vakcíny §buněčná a genová terapie a regenerativní medicína §molekulární biotechnologie v průmyslu a zemědělství PPT-podklad-modra Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze §Období: jaro §Rozsah: 4 dvou až pětihodinové exkurze §Vyučující: Mgr. Šárka Bidmanová, Ph.D. §Exkurze: -Pivovar Starobrno – http://www.starobrno.cz/ -Erba Lachema – https://www.erbalachema.com/ -Čistírna odpadních vod – http://www.vodarenska.cz/ -Kompostárna – http://www.kompostarna-blansko.cz/ § § § Mikrobiologické exkurze Bi6161 PPT-podklad-modra Úvod do bioinformatiky, bioinformatické databáze §Období: podzim §Rozsah: 4 jednodenní exkurze (8.2.-11.2.2015) §Vyučující: Mgr. Šárka Bidmanová, Ph.D. §Exkurze: -Biotechnologické centrum INBIT – www.jic.cz/inbit -Bioveta – www.bioveta.cz -BioVendor – www.biovendor.cz -Contipro Group – www.contipro.com § § § § Výroba virových vakcín Výroba bakteriálních vakcín http://www.veda.muni.cz/images/stories/stare/Veda_a_vyzkum/2010_rijen/imuna.jpg Biotechnologické exkurze Bi7171