PPT-podklad-modra Mnohonásobné sekvenční přiložení PPT-podklad-modra LL_logo_neg_RGB PPT-podklad-modra qMnohonásobné sekvenční přiložení qKonsenzuální sekvence qKonstrukce přiložení qManuální konstrukce přiložení qAutomatická konstrukce přiložení qVyužití mnohonásobného sekvenčního přiložení qPSI-BLAST qDatabáze mnohonásobného sekvenčního přiložení q q § Osnova Mnohonásobné přiložení 2/44 PPT-podklad-modra Mnohonásobné sekvenční přiložení je 2D tabulka, ve které řádky představují jednotlivé sekvence a sloupce představují pozice aminokyselinových zbytků. q q § Mnohonásobné sekvenční přiložení Mnohonásobné přiložení 3/44 PPT-podklad-modra Mnohonásobné sekvenční přiložení je 2D tabulka, ve které řádky představují jednotlivé sekvence a sloupce představují pozice aminokyselinových zbytků. qInformativnější než párové přiložení qVhodné pro analýzu genových rodin qVhodné pro identifikaci důležitých zbytků qBarevně kódované podle vlastností q q q § Mnohonásobné sekvenční přiložení Mnohonásobné přiložení 4/44 PPT-podklad-modra Mnohonásobné sekvenční přiložení C:\Dokumenty\VYUKA\Bioinformatics\SCAN\8_1_fig_attwood.bmp C:\Dokumenty\VYUKA\Bioinformatics\SCAN\8_9_fig_baxevanis.bmp Mnohonásobné přiložení 5/44 PPT-podklad-modra qJediná sekvence reprezentující mnohonásobné přiložení 1. q q § Konsenzuální sekvence C:\Dokumenty\VYUKA\Bioinformatics\SCAN\7_2_attwood.bmp Mnohonásobné přiložení 6/44 PPT-podklad-modra qJediná sekvence reprezentující mnohonásobné přiložení qUkazuje četnost výskytu aminokyselinových zbytků v každé pozici 1. q q § Konsenzuální sekvence C:\Dokumenty\VYUKA\Bioinformatics\SCAN\7_2_attwood.bmp Mnohonásobné přiložení 7/44 PPT-podklad-modra GVLIQVG qHledání korespondence mezi aminokyselinovými zbytky § Konstrukce přiložení GVLIRQSG GVPIRQSG Mnohonásobné přiložení 8/44 PPT-podklad-modra GVLI-QVG |||| | | qHledání korespondence mezi aminokyselinovými zbytky § Konstrukce přiložení GVLIRQSG || ||||| GVPIRQSG Mnohonásobné přiložení 9/44 PPT-podklad-modra GVLI-QVG |||| | | qHledání korespondence mezi aminokyselinovými zbytky § Konstrukce přiložení GVLIRQSG || ||||| GVPIRQSG Mnohonásobné přiložení 10/44 PPT-podklad-modra GVLI-QVG |||| | | qHledání korespondence mezi aminokyselinovými zbytky § Konstrukce přiložení GVLIRQSG GVLIRQSG || ||||| S → V R GVPIRQSG L → P Mnohonásobné přiložení 11/44 PPT-podklad-modra qManuální qAutomatická qClustalW §Nejznámější a nejpoužívanější qMUSCLE §Přesné a velmi rychlé qTCoffee §Velmi přesné a pomalé q q § Konstrukce přiložení Mnohonásobné přiložení 12/44 PPT-podklad-modra qBioEdit §Editor sekvenčních přiložení §Manuální i automatická konstrukce přiložení §Analýza sekvencí §Příprava sekvencí Manuální konstrukce přiložení Mnohonásobné přiložení 13/44 PPT-podklad-modra 1. q q § Automatická konstrukce přiložení vstupní sekvence Mnohonásobné přiložení 14/44 PPT-podklad-modra 1. q q § vstupní sekvence distanční matice Automatická konstrukce přiložení Mnohonásobné přiložení 15/44 PPT-podklad-modra 1. q q § Automatická konstrukce přiložení 1. q q § vstupní sekvence distanční matice evoluční strom Mnohonásobné přiložení 16/44 PPT-podklad-modra 1. q q § vstupní sekvence distanční matice evoluční strom Automatická konstrukce přiložení párové přiložení C a D párové přiložení A a B Mnohonásobné přiložení 17/44 PPT-podklad-modra 1. q q § vstupní sekvence distanční matice evoluční strom párové přiložení C a D párové přiložení A a B párové přiložení konsenzu C/D a A/B Automatická konstrukce přiložení Mnohonásobné přiložení 18/44 PPT-podklad-modra 1. q q § vstupní sekvence distanční matice evoluční strom párové přiložení E s konsenzem A/B/C/D Automatická konstrukce přiložení párové přiložení C a D párové přiložení A a B párové přiložení konsenzu C/D a A/B Mnohonásobné přiložení 19/44 PPT-podklad-modra 1. q q § vstupní sekvence distanční matice evoluční strom párové přiložení C a D párové přiložení A a B párové přiložení konsenzu C/D a A/B párové přiložení E s konsenzem A/B/C/D finální přiložení Automatická konstrukce přiložení Mnohonásobné přiložení 20/44 PPT-podklad-modra qKonstrukce kvalitního párového přiložení sekvencí qIdentifikace konzervovaných zbytků qIdentifikace zajímavých sekvencí qRekonstrukce fylogenetických stromů qCitlivé prohledání sekvenčních databází Využití mnohonásobného přiložení Mnohonásobné přiložení 21/44 PPT-podklad-modra qKonstrukce kvalitního párového přiložení sekvencí q q § Využití mnohonásobného přiložení Mnohonásobné přiložení 22/44 PPT-podklad-modra qKonstrukce kvalitního párového přiložení sekvencí q q § Využití mnohonásobného přiložení Mnohonásobné přiložení 23/44 PPT-podklad-modra qIdentifikace konzervovaných aminokyselinových zbytků q q § Využití mnohonásobného přiložení Mnohonásobné přiložení 24/44 PPT-podklad-modra qIdentifikace konzervovaných aminokyselinových zbytků §Sloupce s identickými zbytky ve všech sekvencích §Konzervované zbytky jsou důležité pro strukturu nebo funkci q q § Využití mnohonásobného přiložení Mnohonásobné přiložení 25/44 PPT-podklad-modra qIdentifikace zajímavých sekvencí Využití mnohonásobného přiložení Mnohonásobné přiložení 26/44 PPT-podklad-modra qIdentifikace zajímavých sekvencí Využití mnohonásobného přiložení Mnohonásobné přiložení 27/44 PPT-podklad-modra GVLI-QVG |||| | | qRekonstrukce fylogenetických stromů § GVLIRQSG GVLIRQSG || ||||| S → V R GVPIRQSG L → P Využití mnohonásobného přiložení Mnohonásobné přiložení 28/44 PPT-podklad-modra GVLI-QVG |||| | | qRekonstrukce fylogenetických stromů §Předpověď - již neexistujících - sekvencí předků q q § GVLIRQSG GVLIRQSG || ||||| S → V R předek GVPIRQSG L → P Využití mnohonásobného přiložení Mnohonásobné přiložení 29/44 PPT-podklad-modra qCitlivé prohledání sekvenčních databází q q § Využití mnohonásobného přiložení Mnohonásobné přiložení 30/44 http://etutorials.org/Misc/blast/Part+V+BLAST+Reference/Chapter+13.+NCBI-BLAST+Reference/13.8+blast pgp+Parameters+PSI-BLAST+and+PHI-BLAST/ PPT-podklad-modra qCitlivé prohledání sekvenčních databází §PSI-BLAST – detekce slabých biologicky významných podobností q q q § Využití mnohonásobného přiložení Mnohonásobné přiložení 31/44 http://etutorials.org/Misc/blast/Part+V+BLAST+Reference/Chapter+13.+NCBI-BLAST+Reference/13.8+blast pgp+Parameters+PSI-BLAST+and+PHI-BLAST/ PPT-podklad-modra qPrvní iterace q PSI-BLAST Mnohonásobné přiložení 32/44 PPT-podklad-modra qPrvní iterace q Profile Multiple sequence alignment PSI-BLAST Mnohonásobné přiložení 33/44 PPT-podklad-modra qDruhá iterace q Profile PSI-BLAST Mnohonásobné přiložení 34/44 PPT-podklad-modra qDruhá iterace Additional homologs PSI-BLAST Mnohonásobné přiložení 35/44 PPT-podklad-modra qDruhá iterace New profile PSI-BLAST Mnohonásobné přiložení 36/44 PPT-podklad-modra qDruhá iterace Iterated PSI-BLAST Mnohonásobné přiložení 37/44 PPT-podklad-modra MSLGAKPFGEKKFIEIKGRRMAYIDEGTGDPILFQHGNPTSSYLWRNI PSI-BLAST qVstup Mnohonásobné přiložení 38/44 PPT-podklad-modra Skóre E-hodnota PSI-BLAST qVýsledek Mnohonásobné přiložení 39/44 PPT-podklad-modra qSkóre qNormalizované skóre = součet substitucí a penalizací za mezery qNedostatečně kvantifikuje významnost (vyšší je lepší) qE-hodnota qRovna počtu BLAST přiložení s příslušným skóre, která mohou vzniknout náhodou qKvantifikuje významnost přiložení (nižší je lepší) qVýznamné jsou hity s E-hodnotou <0.01 PSI-BLAST Mnohonásobné přiložení 40/44 PPT-podklad-modra Přiložení PSI-BLAST qVýsledek Mnohonásobné přiložení 41/44 PPT-podklad-modra qPfam Databáze mnohonásobného přiložení Mnohonásobné přiložení 42/44 PPT-podklad-modra qPfam Databáze mnohonásobného přiložení Mnohonásobné přiložení 43/44 PPT-podklad-modra qClaverie, J-M., & Notredame, C. (2006) Bioinformatics for Dummies (2nd ed.) Wiley Publishing, Hoboken, p. 436. qXiong, J. (2006) Essential Bioinformatics, Cambridge University Press, New York, p. 352. q qMUSCLE: http://www.drive5.com/muscle/ qTCoffee: http://tcoffee.vital-it.ch/cgi-bin/Tcoffee/tcoffee_cgi/index.cgi qClustalW: http://www.ch.embnet.org/software/ClustalW.html qBioEdit: http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html qPSI-BLAST: http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi qPhyML: http://www.phylogeny.fr/ qPHYLIP: http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html qMPI Toolkit: http://toolkit.tuebingen.mpg.de/ qPfam: http://pfam.sanger.ac.uk/ q q q q q q q q q q q q q q q q q Reference Mnohonásobné přiložení 44/44