DNA re-sequencing Boris Tichý DNA re-sequencing CEITEC at Masaryk University 2 • WGS – whole genome sequencing • WES – whole exome sequencing • Geny, panely genů • SNV – single nucleotide variant • CNV – copy number variant Porovnání sekvence s referenční sekvencí (genomem) DNA re-sequencing CEITEC at Masaryk University 3 • Sekvenace DNA bez selekce • Fragmentace – Ultrazvuk – Enzymy – Delší fragmenty (> 300bp) • PCR-free – GC-bias • Paired-end sekvenace • Germinální - 30x pokrytí ~ 100Gb WGS – whole genome sequencing DNA re-sequencing CEITEC at Masaryk University 4 • Selekce kódujících sekvencí • Fragmentace – Ultrazvuk – Enzymy – Fragmenty 150-250bp • PCR • Paired-end sekvenace WES – whole exome sequencing DNA re-sequencing CEITEC at Masaryk University 5 • Selekce kódujících sekvencí • Fragmentace – Ultrazvuk – Enzymy – Fragmenty 150-250bp • PCR • Paired-end sekvenace • Germinální - >50x pokrytí, >3Gb WES – whole exome sequencing DNA re-sequencing CEITEC at Masaryk University 6 • Selekce kódujících sekvencí • Fragmentace – Ultrazvuk – Enzymy – Fragmenty 150-250bp • PCR • Paired-end sekvenace • Germinální - >50x pokrytí Panely genů DNA re-sequencing CEITEC at Masaryk University 7 • Selekce kódujících sekvencí • PCR enrichment • Single primer PCR • Inverzní PCR + capture • Capture + probe extension • Paired-end sekvenace • Germinální - >50x pokrytí Panely genů DNA re-sequencing CEITEC at Masaryk University 8 • Selekce kódujících sekvencí • PCR enrichment • Single primer extension • Inverzní PCR + capture • Capture + probe extension • Paired-end sekvenace • Germinální - >50x pokrytí Panely genů DNA re-sequencing CEITEC at Masaryk University 9 • Selekce kódujících sekvencí • PCR enrichment • Single primer PCR • Inverzní PCR + capture • Capture + probe extension • Paired-end sekvenace • Germinální - >50x pokrytí Panely genů DNA re-sequencing CEITEC at Masaryk University 10 • Selekce kódujících sekvencí • PCR enrichment • Single primer PCR • Inverzní PCR • Capture + probe extension • Paired-end sekvenace • Germinální - >50x pokrytí Panely genů DNA re-sequencing CEITEC at Masaryk University 11 • Tumor x Normal – WGS, WES, panely – Varianty vyskytujících se jen v Tumor ● Jen Tumor – Panely, geny – Varianty germinální i somatické – Interpretace podle VAF, anoatce, ... • UMI, Duplex-seq adaptory – Identifikace PCR duplikátů – Korekce chyb Somatické varianty Thank you for your attention www.ceitec.eu CEITEC @CEITEC_Brno