C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování -1Petr Kulhánek kulhanek@chemi.muni.cz Národní centrum pro výzkum biomolekul, Přírodovědecká fakulta Masarykova univerzita, Kamenice 5, CZ-62500 Brno C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování I C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování I - cvičení 3. Klastr WOLF C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování -2Klastr WOLF ➢ Učebna 1.18 ➢ Struktura ➢ Pravidla používání ➢ Správci C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování -3- Účty https://wolf.ncbr.muni.cz Sledujte aktuální informace v části „Účty“ na stránce: O účty je možné požádat kdykoliv. Účty se prodlužují v období září-říjen. Žádost se skládá ze dvou částí: - přihláška do virtuální organizace NCBR@MUNI - přihláška do skupiny „students“ C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování -4Učebna 1.18 ➢Učebna s 23 PC ➢Uspořádaní do výpočetního klastru Učebna je volně přístupná studentům, kteří pracují na projektech v NCBR, a dále studentům, kterým v daném semestru v učebně probíhá výuka. Bezpečnost práce! https://wolf.ncbr.muni.cz Základní informace: C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování -5Struktura klastru WOLF wolf wolf03 wolf23wolf02 wolfsr univerzitní síť pracovní stanice (výpočetní uzly) Operační systém: Ubuntu 18.04 (Bionic) LTS (http://www.ubuntu.com/) 0.18 1.18 2.11 wolf32 wolf40wolf31wolf30 0.18 wolf01 switch výpočetní uzly Místnosti: 0.18 Serverovna A4/UKB 1.18 Počítačová učebna A4/UKB 2.11 Seminární místnost A4/UKB 0.57 Seminární místnost (knihovna) A4/UKB Všechny uzly jsou přístupné přímo z veřejné sítě. Doména: ncbr.muni.cz wolflr 0.57 zakázáno se přihlašovat C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování -6Pravidla používání Klastr WOLF je určen výhradně pro účely výuky či pro vědeckou práci v rámci Národního centra pro výzkum biomolekul. Závazná jsou pravidla užívání počítačové sítě Masarykovy univerzity: https://is.muni.cz/auth/do/mu/Uredni_deska/Predpisy_MU/Masarykova_univerzita/Smernice_MU/SM10-17/ Klastr WOLF je vysloveně zakázáno používat pro: ➢ stahování nelegálního obsahu (autorsky chráněná díla apod.) ➢ rozesílání virů, spamů, nevyžádané pošty a podobných materiálů ➢ prolomení ochrany jiných počítačů ➢ čtení, mazaní či změnu nechráněného obsahu souborů jiných uživatelů Přihlašovací jméno a heslo tvoří identitu uživatele a proto ji zásadně nesdělujeme třetím osobám, neukládáme či zasíláme (např. e-mailem) v nešifrované formě! C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování -7Pravidla používání .... Na klastru WOLF je dále vysloveně zakázáno: ➢ spouštět úlohy na čelním uzlu (wolf.ncbr.muni.cz) ➢ spouštět úlohy kdekoliv v domovském adresáři (obzvláště datově náročné úlohy) ➢ spouštět úlohy na pracovních stanicích v průběhu výuky (pokud není povoleno vyučujícím) Časově delší úlohy je nutné spouštět pomocí dávkového systému. Bližší informace v C2115 Praktický úvod do superpočítaní. C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování -8Správci klastru – řešení problému Než kontaktujete správce, konzultujte svůj problém s vaším kolegou, vyučujícím nebo školitelem. Pokud problém nevyřešíte, oznamte problém správcům (LCC Support) emailem na support@lcc.ncbr.muni.cz Ve zprávě uveďte ➢ Popis problému, název příkazu ➢ Jméno uživatele, stroje ➢ Kopie chybového výstupu (celý od zadání příkazu) Podrobnosti: https://einfra.ncbr.muni.cz -> Uživatelská podpora C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování -9- Začínáme ➢ Místní přihlášení ➢ Standardní aplikace ➢ Příkazová řádka ➢ Vědecko-technické aplikace ➢ Změna hesla C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování -10Přihlášení – LightDM X manager Volba desktopového prostředí Přihlašovací jméno (Enter) Heslo (Enter) Výchozí klávesnice je anglická (EN). Při použití numerické části klávesnice zkontrolujte, zdali je aktivován NumLock. C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování -11Standardní aplikace ;Hlavní menu Filtrování výsledků Podskupina menu Firefox firefox webový prohlížeč LibreOffice libreoffice textový editor (Writer), tabulkový kalkulátor (Calc) prezentace (Impress) Gimp gimp editor rastrové grafiky Inkscape inkscape editor vektorové grafiky Okular okular prohlížeč PDF dokumentů jméno příkazu, který spouští aplikaci C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování -12- Terminály Příkazová řádka je přístupná přímo z textových terminálů. V grafickém prostředí X11 je nutné spustit vhodnou aplikaci emulující textový terminál: ➢ gnome-terminal (Terminal) ➢ konsole ➢ xterm xterm konsole jednoduché, standard na všech UNIXových systémech Výchozím adresářem je: /home/username jednoduché, přitom značně konfigurovatelné gnome-terminal C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování -13Příkazová řádka [kulhanek@wolf ~]$ jméno uživatele jméno počítače aktuální adresář (~ znamená domovský adresář /home/username) Prompt - typ uživatele / výzvy ($ běžný uživatel, # super uživatel, další možné %, >) místo pro příkaz Příkaz se vykoná zmáčknutím klávesy Enter. Kopírování textu: Ne pomocí Ctrl+C! Pro kopírování textu z terminálu stačí text označit, pro následné vložení stiskněte kolečko (prostřední tlačítko) myši. Automatické doplňování: zmáčknutím klávesy Tab (tabulátor) se interpret příkazové řádky snaží dokončit rozepsané slovo. Doplňují se jména příkazů, cesty a jména souborů (pokud jeden stisk nic nevyvolá, existuje více možností doplnění, opakovaný stisk je zobrazí). Historie: pomocí kurzorových šipek nahoru a dolů lze procházet seznamem již zadaných příkazů. Příkaz z historie lze znovu použít nebo upravit a upravený použít. Historie je přístupná i příkazem history. C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování -14Vědecko-technické aplikace Přehled dostupných aplikací: $ module $ module versions vmd Přehled dostupných verzí modulu: Aktivace modulu: $ module add vmd Spuštění aplikace z modulu vmd $ vmd Vědeckotechnické aplikace, které jsou instalovány v několika verzích (verze aplikace, typ kompilace, paralelní verze), jsou dostupné ve formě modulů. Před použitím aplikace je nutné příslušný modul aktivovat. $ module add vmd:1.9.0 číslo verze se od jména modulu odděluje dvojtečkou aktivuje výchozí verzi modulu zadává se do příkazové řádky, text se píše bez znaku $ jméno modulu a aplikace nemusí být stejné $ module help vmd Dokumentace k modulu: C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování -15Změna hesla C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování -16Změna hesla Standardním příkazem pro změnu hesla v prostředí linuxu je příkaz passwd (man passwd). Na klastru WOLF jej však není možné použít z důvodu využívaní externího správce uživatelských účtů Perun (https://perun.cesnet.cz). Pro změnu hesla (či reset hesla, pokud jste jej zapomněli) tak musíte použít správce eINFRA profile. Bližší informace naleznete zde: https://einfra.ncbr.muni.cz -> e-INFRA profil C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování -17Změna hesla ➢ Heslo by mělo být dostatečně silné. Mělo by obsahovat kombinaci písmen (malých a velkých), číslic a speciálních znaků. ➢ Při zadávání hesla nepoužíváme numerickou část klávesnice, speciální klávesy a přemykače kromě klávesy Shift. Vyvarujete se tak problémům se zadáváním hesla na jiných počítačích. Výchozí klávesnice na klastru WOLF je anglická (EN).